鸣海孝之是一位面临考试的三年级学生，每天平平凡凡地生活。他与死党平慎二及水泳部主将速濑水月一直是好友的关系。后来他认识了一直对他有好感的凉宫遥。在速濑水月穿针引线下向孝之表白成功。

同样喜欢孝之的正是他的好朋友速濑水月，她知道孝之和凉宫遥开始恋爱后变得迷失。在暑假结束的一天，当孝之正赶往与凉宫遥约会途中遇到速濑水月，她以生日的借口希望孝之买一只戒指作为生日礼物，怎知这就是恶梦的开始：当孝之来到与凉宫遥的约会地点时，看到一个已经在处理中的伤害现场以及染血的蝴蝶结，那人就是为了等待迟到的鸣海孝之而遇上车祸的凉宫遥。

三年后，孝之放弃大学深造而成为餐厅侍应，水月放弃游泳而成为OL，两人过着同居生活。一天孝之收到凉宫遥苏醒的消息，但凉宫遥的记忆还停留在三年前，孝之、水月及凉宫遥的家人欺骗凉宫遥，说她在昨天遇到车祸。孝之在这三年里仍然无法忘记凉宫遥，正面临影响三人命运的交叉点。由于电视动画版是依据游戏版水月路线的结局，2007年推出OVA版(游戏中凉宫遥结局)。

每集列表

OVA列表

剧情大纲

第一部 江户篇（1～6）

女主角风在某次偶遇之下遇到了两位正在流浪的武士，无幻与仁。结下梁子的两人打算分出高下，而风斥喝两人停战，并委托两人一起寻找有向日葵气味的武士，三人就此踏上旅程。仁是无住心剑道场的弟子，因为杀死师父而屡遭其他弟子追杀，除此之外，他们的旅途也总是充斥刀光剑影。他们解决了两个帮派之间的斗争，按照荷兰东印度公司使节提供的线索前往长崎。

第二部 长崎篇（7～14）

三人出了箱根关所，沿途打工筹措旅费，经过滨松后，三人在海边遇到无幻的旧识骸，他们同样被流放的罪犯，曾结伙当过海盗。无幻再次接受骸的邀请参与抢劫，不料遭他陷害，死里逃生之后，才知道仁、骸和自己同样遭到骸的妹妹小坐设计，但他饶了小坐一命。

第三部 关西篇（15～26）

抵达大阪之后，三人因为迟迟找不到“有向日葵气味的武士”而争执，一度分道扬镳，在两人问清楚风的理由后，三人重修旧好。风得到了那位武士名为霞清藏的线索，她向两人坦白该人就是抛弃自己的父亲，且要在找到父亲后打他一顿。三人在旅途中结识了瞽女沙罗，她因为孩子被人要胁而奉老中之命无幻和仁拔刀相向，尽管她的武艺远超过两人，但在知道自己只是遭到利用后，沙罗自愿败给了无幻。其后，官府再派出过去被称为剑神的刈屋景时追杀仁，同时杀死参与岛原之乱的霞清藏及其亲族。

风抵达霞清藏所在的生月岛。她被与无幻有仇的三兄弟掳为人质，负伤的无幻为了让风脱困而弃械，之后险胜三兄弟。风终于找到了卧病在榻的霞清藏，他虚弱得令风无法下手，在风简短交待自己和母亲的消息后，霞清藏向女儿道歉，之后他被刈屋杀死。仁在与刈屋对决时，得知他便是使自己和师父反目的原因，运用了师父传授的最终招式将其击败。

旅程告终的无幻与仁终于得以再战，他们的刀在交锋时双双断裂，而两人也放下了决斗的念头，成为了彼此的伙伴，随后，三人分道扬镳。

公元2191年，地球人类于史上首次与地球外智慧生命体接触，两者之间并引发战端。对方名为“卡米拉斯”。在拥有压倒性军事力量的卡米拉斯攻击下，地球防卫舰队即将溃灭，且由于卡米拉斯冥王星基地发射的游星炸弹对地球不断轰炸，将人类逼进地下都市，大地一片枯竭，大气遭到污染，地下都市中则因能源不足、饥饿、暴动等状况将人类逼入绝境。并且覆盖地表的污染亦往地下都市侵蚀。

2198年，地球接收了来自异星人行星的“次元波动引擎”技术供应，并开启了星际航行用宇宙战舰“大和”号的建造计划。

2199年1月，经科学家估计后得出，人类距离灭绝只剩下一年的时间。冲田十三提督所率的联合国宇宙军第一舰队，在冥王星宙域开始了“メ号作战”。这场战斗中，有一艘暗号代码为“天照”(アマテラス)的宇宙船飞入太阳系。于火星等待“天照”的古代进与岛大介，将坠落宇宙船中的座舱回收，并由撤退的宇宙战舰 雾岛号 收容回到地球。

回到地球，于“天照”计划中回收的“波动核心”被装进“大和”号，成为主要能源核心。古代等人均以遴选乘员身份受到召集。虽然他们估计受到召集是因为要启动宇宙移民计划“出云计划”(イズモ計画)，但实际上发动的，却是以前往异星人行星接收污染净化系统为目的的“大和计划”(ヤマト計画)。

于地球拔锚的大和号，成功于太阳系内突破光速。带着人类最后的一线希望，踏上了这场以一年为限的33万6千光年旅程，前往大麦哲伦银河星球。