星元122年――

在众多企业扩展到宇宙并构筑巨大经济圈的时代，

有一名少女自边境地区·水星转来MS产业的最大企业“贝纳里特集团”旗下所经营的“阿斯提卡西亚高等专门学园”。

她名为苏莱塔·墨丘利。

内心纯真的少女随着胸口鲜红的闪烁亮光逐步迈向新世界。

机械设定

制作方公开的本系列作品中登场MS采用了与以往作品中出现的机动战士所不同的设计，有着独特的腿部构造，使其在动作表现上较以往更为出色。

风灵高达（ガンダム?エアリアル，Gundam Aerial）

主角机动战士风灵高达采用与历代高达一样的三色配色，有着圆润的腰部、前卫的装甲以及醒目的腰身。在万代公开的HG模型中，该机在头部、胸部和腿部都使用了透明部件，胸部则有着如预告片中一样的类似发光的部分。头部下巴位置线条干净给人以女性的感觉，在模型SD化后，比HG和设定图稿更明显地体现出了头顶天线部位半透明结构，以及双眼间白色面具上类似鼻子的设计。大腿部的装甲在直立时遮蔽住的膝关节，在活动时才会显露。

采用了“GUND型”的机动战士“GUND手臂”的其中一机，装备了由十一个GUND单元组成的盾牌，亦可以用作全方位攻击，GUND单元亦可以安装在机体身上成为“BIT-ON模式”。

魔灵高达（ガンダム?ルプリス，Gundam Lfrith）

与正片主角风灵高达不同，魔灵高达在同样前卫的设计下较少显现透明部分。该机在胸口黑色部分呈现出本作系列机械设计的感觉，且在双肩开口部展现出类似管状设计。

采用了革新技术“GUND型”的机动战士“GUND手臂”，装备了由七个GUND单元组成的盾牌，GUND单元亦可以安装在机体身上成为“BIT-ON模式”。

魔灵高达 量产试作型（ガンダム?ルブリス 量産試作モデル，Gundam Lfrith Pre-production model）

魔灵高达的量产试作型，背包装备了收纳GUND单元的大型发射器。

异端审判者（ベギルベウ，Beguir-Beu）

异端审判者在机体各处凸显了半球状设计的部件。投入了最新技术的高性能机体，搭载了两颗有线式兵器“非动力炉”，可射出攻击。

本作首次将高达系列的舞台放到了名为“宇宙纪元”的世界中，在这个时空下，人类分为在地球土生土长的“自然人”以及被称为“调整者”的基因改造人类。故事剧情的主要矛盾冲突由自然人对调整者的能力的嫉妒和憎恶派生，进而产生仇恨，最终几乎所有调整者都移民到了外太空，在由他们自己设计名为P.L.A.N.T.的巨大轨道空间殖民地内，自号为“P.L.A.N.T.”并过着田园诗般的生活。但是地球和P.L.A.N.T.之间最终还是爆发了战争。

地球分为两个主要派系：“地球联合”由大多数自然人国家组成，主要是欧亚联邦和大西洋联邦，以及一个被称为“蓝色宇宙”的自然人至上主义团体，其口号是“为了保护我们的蓝色和纯净的世界”。“地球联合”不是一个统一的联盟，各民族国家之间存在着各种内斗和不信任；第二个主要的地球国家是欧普联合首长国，一个坚定的政治中立和孤立主义国家，位于由世袭君主制统治的小太平洋岛屿上，而且其公民中包含有部分调整者。

在故事开始前，发生了两件大事，其一是被称之为“血之情人节”的悲剧。事件中，隶属于P.L.A.N.T.的一个空间殖民地“尤尼乌斯7号”被地球联合的核弹摧毁；其二是P.L.A.N.T.发起了反击，将中子干扰器深埋在地壳中，使所有的核反应、远程雷达和无线电都被干扰而不能运作，进而导致地球大部分地区没有电力和通信，并使得机动兵器需要依赖可充电电池来驱动。

P.L.A.N.T.是一个技术强国，尽管人口非常少，但是开发了许多新技术使得能够与地球方面相匹敌。而对机动兵器的开发使得他们在战争开始时占尽优势。

故事开始于中立的欧普联合所拥有的太空殖民地赫立奥波利斯，秘密开发了5台先进的机动战士，用于投入地球联合的部队，以换取他们的技术数据与中立的欧普联合军队进行共享。此外，赫立奥波利斯还为地球联合军建造了一艘独特的航母战列舰——“大天使”号作为5台机动战士的母舰。该殖民地遭到调整者军队扎夫特部队的攻击，其目的是窃取新型的机动战士。在扎夫特军入侵期间，一名欧普联合的学生，同时也是调整者的基拉·大和在看到朋友处于危险之中时，驾驶GAT-X05“突击高达”以抵挡入侵者，但在随后的战斗中，殖民地遭到严重破坏。随着赫立奥波利斯的解体，幸存者们登上了“大天使”号，开始了他们前往阿拉斯加地球联合基地的旅程。在前往阿拉斯加的旅程中，基拉驾驶突击高达击退了一系列来自扎夫特军的袭击，但在与他童年好友阿斯兰·萨拉的一次战斗中，双方差一点都被对方击杀。基拉在袭击中幸存下来，并由一名盲人牧师带到一个P.L.A.N.T.太空殖民地，在调整者家中修养。在此期间，大天使号抵达了阿拉斯加，但是扎夫特军对那里发起了全面攻击，压倒性的击退了地球联合部队。

在地球联合即将溃败的时候，基拉驾驶ZGMF-X10A“自由高达”前往阿拉斯加，这是一台搭载有高度先进的核动力和反中子干扰器的扎夫特机动战士，由P.L.A.N.T.最高评议会主席西盖尔·克莱因的调整者女儿、P.L.A.N.T.流行歌星拉克丝·克莱因授意偷走。利用自由高达，基拉结束了扎夫特和地球联合两军之间的战斗，但阿拉斯加基地随后还是被摧毁了。大天使号最终逃亡了中立国欧普联合。最终大天使号和新造舰“草薙”号离开地球进入太空，之后他们与拉克丝·克莱因领导的P.L.A.N.T.反对派和他们窃取的扎夫特军新造战舰“永恒”号（原本用于支援扎夫特军造机动战士用）汇合，共同组成“三舰同盟”以结束自然人与调整者之间战争的共同目标。在冲突中，阿斯兰得知基拉幸存下来并依照命令追捕他以夺回自由高达，与此同时获得了同样强大的原型机动战士ZGMF-X09A“正义高达”。然而，在得知作为P.L.A.N.T.最高评议会激进派领导人的父亲帕特里克·萨拉计划实施种族灭绝之后，阿斯兰抛弃了他的父亲并加入了“三舰同盟”。在最终战斗中，地球联合部队部署了装备有中子干扰器对消技术的核武器，该技术是从自由高达和正义高达动力系统的被盗数据中复制而来的。地球联合部队打算用核武器摧毁P.L.A.N.T.太空殖民地，但被扎夫特的创世纪阻止，这是一种搭载有微波激光器的超级武器，旨在对自然界进行种族灭绝。在三舰同盟的干预下创世纪最终被击毁并结束了战斗。随着和平条约的签署，战争最终结束。

永远本来与妹妹刹那生活在战国时代的森林中，4岁时森林发生大火，两姊妹失散，永远在寻找刹那的途中遭时代树传送到令和时代，被日暮草太收养。转眼间十年过去，在战国时代担任赏金猎人的诸叶与除妖师刹那，为了拿下妖怪三目上臈互相较劲，却被三目上臈夺去二人分别拥有的珍珠，混战中她们也被时代树传送到现代，永远和刹那重逢，但刹那却因为幻梦蝴蝶的咒术失去对永远的记忆。为了夺回刹那的梦境和记忆，永远跟着诸叶、刹那回到动荡不安的战国时代，展开冒险。

永远、刹那、诸叶，是继承了妖怪与人类血脉的半妖少女们。

幼时被卷入森林大火而分离的双胞胎少女，永远与刹那。永远穿过时代树的穿越时空之隧道，从战国时代来到了现代。她被戈薇的家族日暮家养育长大，成长为精通武道的女中学生。另一方面，留在战国时代的妹妹刹那，在已经成为除妖师首领的琥珀手下以除妖为业。诸叶是戈薇与犬夜叉的女儿，作为赏金猎人得到了「妖怪杀手诸叶」这一别名，每天都在进行除妖的工作。

自从永远与刹那分离以来过了10年。时代树的穿越时空之隧道再度开启。永远与出现在现代的刹那重逢，但刹那不知为何忘记了永远的事情。

包括与刹那一同来到现代的诸叶在内，永远她们这些「半妖的夜叉姬」，开始在现代以及战国时代尽情大闹!