故事背景始于自从开发FRACTALE系统(フラクタル・システム)成功后，人类不再需要工作就能生活下去。这样的乐园维持了千年，系统仍然运作，可是再没有人能准确解析系统的状态。居住在世上大部分的人类，依然相信只要系统维持运作，就能永远的幸福下去。可是随着某小岛的FRACTALE系统开始崩坏，故事进入序幕。

每天过着平淡生活的少年克莱因救下了因被人追赶而堕崖的少女芙琉奈。这次的偶遇使克莱因的心神起伏不巳，然而一晚过后芙琉奈却突然消失得无影无踪，只遗留了一枚胸针。芙琉奈说这是她笑容的泉源，看了克莱因婴孩时期的笑容后更相信胸针能守护着克莱因。胸针内封印着一个跟芙琉奈相似的女孩奈莎。克莱因与从胸针具现化的奈莎一起踏上找寻芙琉奈的旅途，终于发现FRACTALE系统的秘密......

用语

FRACTALE系统 (フラクタルシステム)

又称“分形系统”，为22世纪网络化的科学产物，是数量高达数兆的电脑的总称。通过植入体内的FRACTALE终端定期向浮空服务器传送生活数据，使所有人能得到基本的保障，并且赚取一定数量的收入。系统主宰著世界，造就了一个就算不工作也能保证生活、没有争端的世界。

浮空服务器

又称“Balloon”(气球)，漂浮在平流层固定点的高空浮动服务器中继站。

FRACTALE终端

微型装置，能植入人体内，能对人体的营养进行调节，也能培植药剂成分，防止人体患病。还能使人直接与电子分身沟通。可是会使人容易受跟收发器同步协调的影响。个体能除去FRACTALE终端以避免系统的监控，但同样会丧失系统所带来的利益。

星

实为卫星般的收发器，围绕着地球运转，主要用作数据连输(像现今的互联网)，也负责与植有FRACTALE终端的个体进行协调，当人凝视星时，就会自动获得当事人的数据。

奉星祭 (星祭り)

由修道院举行的“庆典”。与普通的节日不同，人们需要靠近向一条指向天空的天线，亦要凝视着在天线上方的“星”。修道院对外称参加奉星祭是为了获得星的庇护，但事实上是更新人体中的纳米机器，即“洗脑”，以使人们摒弃不必要的疑惑。另外，在更新过程中，装有FRACTALE终端的人都将无法移动。此外，附有FRACTALE终端的人可以带上特制的眼镜，以避免与“星”进行同步更新。

迷失千年运动 (ロストミレニアム運動)

是为了摆脱FRACTALE系统而诞生的运动。参与运动的有不同的部族，其中就包括以桑达(Sunda)为首的部族“格拉尼茨家(Granitz family)”，有关“格拉尼茨家”详情请参见格拉尼茨家。

修道院 (僧院)

由教士主理的教派，负责维护FRACTALE 系统。鼓励人民对星许愿，以协调人体。院内设有高科技武器，作防卫用途。

电子分身 (ドッペル)

名称取自德文doppelgänger的简称doppel，真实世界内以虚拟的层面互动地呈现一个人。大部分分身为真人创立的代替物，一般的电子分身外型以机器人为主，但也有例外，如奈莎的外型跟人类无异。电子分身能触碰及被触及，能拥有像真人般的感觉，但只有奈莎为唯一的例子。电子分身由数据组成，因此能渗透入电子显示屏，在任何地方随意出现。可是遇上电流干扰，分身便会消失。

无名男主角升入大一，对未来充满希望，渴望能够结识黑发美女，妄想握住梦幻瑰宝——瑰丽而充实的校园生活，然而现实却是如此遥远。他加入各种充满了“爱”的社团，却改变不了自身的宅男气息，无论如何也无法忍受周围“友爱”的氛围而不得不逃离社团，缩回到小小的“四叠半宿舍”。他结识了损友小津，被拉入了荒诞、疯狂而又无意义的生活漩涡中——诱拐充气娃娃香织小姐、找寻传说中能去除任何脏污的梦幻圆鬃刷、充当不择手段追讨逾期借书者的图书馆警察、为贡献自己成为京都观光资源而不论刮风下雨都在哲学之道苦读并辩论西田几多郎的《善的研究》……浑浑噩噩地度过两年后，真想干脆回到闪光的大一再重来一次大学生活啊!然而无论是他加入电影社“禊”或写着“弟子招募”的可疑社团，还是加入垒球社“暖暖”、秘密机构“福猫饭店”，他都必然的要遇到小津，无法摆脱浪费生命的魔咒。也许认命地当个“无法过充实的学生生活星球人”会更好一点?四个平行世界中展开的故事，就此纠缠展开……

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2029年，日本因突然爆发的”Apocalypse Virus（天启病毒）“的蔓延而陷入了混乱之中。处于无政府状态的日本，受到了由超国家之间所组织成的名为“GHQ”的组织的武力介入并接受其统治，东京的六本木更成为被封锁的地区。之后又以名为“lost christmas（失落的圣诞）”的事件为契机，日本失去了独立国家的实质权力，并被赋予了表面上的自治权，由此人们开始享受短暂的和平。

时光流逝，10年后的2039年。少年樱满集怀抱着抑郁的心境，并对世间冷眼相待。樱满集是在天王州第一高校就读的高中二年生，与同学们保持着一定距离的同时，度过着闲散而又平静的日子。

然而集安稳的日常在某一天突然宣告结束。那天放学后，在自己中意的老地方和一名少女不期而遇。少女名为楪祈。她正是集所憧憬，并在网上有着巨大影响力的歌手。而她也有不为人知的一面。祈正是由17岁青少年恙神涯所率领的“葬仪社”——一个在被封锁的城市中歌颂着从”GHQ“手中得到”日本的解放“而赌上性命不断孤独地战斗着的抵抗组织——的成员之一。

集在祈与涯引导之下，与葬仪社而发生了关联。尔后因为关系紧迫获被女主使用了虚空基因组，他的右手上出现了“王之刻印”。通过刻印，集可以自在地从人的身体里抽取出名为“void（虚空）”的物质，并以借此为武器得到战斗的力量。然而这也仅仅是，他所背负的“罪之王冠”的物语的开幕罢了……