闪电十一人
第一季—明日之星足球大赛篇
故事一开始，主角圆堂守就读于雷门中学，一开始雷门是一个很弱的足球学校，非常热爱足球的圆堂创立足球社。但是由于社员人数严重不足加上帝国学园也向雷门提出友谊赛的 情况。圆堂辛苦的招募球员终于找齐十一个人，开始和帝国学园比赛。于是由于雷门中学的兴起，雷门中学决定进军“明日之星足球大赛”。经过一番的特训与决斗，雷门终于打败拥 有神之水的世宇子国中得到全国冠军。
第二季—威胁的侵略者篇
雷门足球队获得全国冠军后，一颗黑色的足球摧毁雷门中学。这是自称外星学园的人们的战帖。然而，雷门开始和外星学园战斗，一开始是先和由雷杰带领的“双子星风暴”战斗 ，经过了多次挑战，终于打败双子星风暴，但是，接下来等著圆堂等人的是第一层级的极限零度、最终层级的太阳火焰和钻石冰晶，还有最后的创世纪。圆堂等人为了阻止外星学园到 日本各地寻找高手组成最强的足球队跟外星学园展开交战。
第三季—迈向世界的挑战篇
打败外星学园的雷门中学在某日突然号召全日本最强足球选手，圆堂、风丸、鬼道、豪炎寺、吹雪、浩人(外星学园最终层级队伍-创世纪的前任队长- 古兰)、染冈、栗松、土方、绿川(外星学园队伍-双子星风暴前任队长-雷杰)、目金、纲海、立向居、木暮、壁山、武方胜等皆有受邀参予国家代表选手选拔比赛，还有新的队员 有受邀，飞鹰征矢、宇都宫虎丸、不动明王(真·帝国学园前任队长)。比赛规则是：二十二人分为两组，一组由十一个人比赛，而且不可使用团体必杀技(两人以上所组成的招式) 。入选的有：圆堂守、风丸一郎太、鬼道有人、豪炎寺修也、基山浩人、栗松铁平(后来因为脚伤回日本修养，吹雪回归闪电日本)、土方雷电、绿川龙次(后来由佐久间代替上场) 、吹雪士郎(后来因为脚伤在日本修养，由染冈代替)、纲海条介、立向居勇气、木暮夕弥、壁山塀吾郎、飞鹰征矢、宇都宫虎丸、不动明王，共计十六个人创立“闪电日本队”(I nazuma Japan)。之后“闪电日本队”以日本代国家表队跟世界各国的代表队进行竞赛，经过不少的挫折与挑战后终于获得世界冠军。
闪电十一人GO
第一季—第五院篇
前作主角圆堂守所率领的日本代表队“闪电日本队”在FFI(Football Frontier International)世界大赛获得优胜的10年后，一位最喜 欢足球的少年松风天马因为憧憬圆堂等人的闪电十一人，于是进入雷门中学加入雷门足球队。不过那时受到社会高度评价而且人材辈出的足球队却已经消失，而让足球完全腐败。不知 为何全国足球被叫作“第五院”的组织所控制，如果不依照他们的指示踢球就不能比赛。而“第五院”的种子选手剑城京介只以一人之力就将整个雷门足球队打得遍体鳞伤。于是他们 为了找回十年前的足球精神，新雷门十一人们将要和成为雷门足球队教练的圆堂一起共同奋战……
第二季—时空之石篇
在神圣之路(HOLY ROAD)的决赛完结之后，天马某日回到雷门中学却发现虽然是同样的学校但足球社不存在，足球部的队员都说他们从未踢过足球。此时信助劝天马加 入别的部社，面对像平行世界般的现象，天马觉得非常困惑。在这个时候一个神秘的少年阿尔法(アルファ)出现在天马面前，并要从天马夺去足球。在与阿尔法(アルファ)争夺足 球的期间，天马误入一个奇怪的空间之中，在那里，天马看到的是没有足球的世界，并且中学时代的圆堂与剑城优一一同来到未来，面对著未知且强大的敌人，天马等人要将如何应付 ……
第三季—银河篇
时空之石事件之后，在神圣之路大赛足球场即将举办全新日本闪电十一人选拔，在获选的选手中，除了天马、剑城以及神童外，全是其他学校从没碰过足球的新手!?他们要如何 整顿球队迎接世界的挑战呢?
闪电十一人 阿瑞斯的天秤
第一季—阿瑞斯的天秤篇
时间线坐落在第一部作品后的平行世界。雷门中学足球队在Football Frontier大赛中取得优胜，外星学园并未出现及袭击雷门中学，FFI世界赛未登场，雷 门于亲善纪念赛对上西班牙少年联盟冠军队伍，以0比13惨败，雷门众人感受到不同次元的强大，为了未来的世界赛，与逼出寄宿著神秘力量的存在和强化全国少年足球总体实力， 雷门Football Frontier大赛的夺冠成员全员以强化委员之名义，被分散到各地的国中，此平行世界的中学足球队必须有赞助商才能营运足球队。之后，在伊那国岛 有一群热爱足球的中学生，因为伊那国中学的校长觉得伊那国岛无法继续追随足球的热潮加上毫无经费请赞助商，从而废止足球部。突然有个神秘赞助商表示，要是他们转入雷门并且 赢过一场的话，就提供伊那国赞助。主人公们认为这是他们最后的机会。为了证明他们对足球的热忱，决定前往东京入读雷门中学参加比赛。作品剧情将从三位主要角色稻森明日人、 灰崎凌兵、野坂悠马的视角个别展开，故事将围绕著阿瑞斯天秤的力量而出发。
第二季—猎户座的刻印篇
飞向世界!最强的十一人开始!最后“迈向世界的大门”开启了!足球日本代表“闪电日本”终于宣布了! 其中包括稻森明日人，灰崎凌兵，野坂悠马。 来自不同学校的菁英选手聚集在一起。 此外还增加了一个与海外日本籍选手一起比赛的新手“一星充”，现在国家足球队日本代通往世界的船将驶向大海了。然而等待著是远远超过他们预期的试炼。 神秘的组织“猎户座的使徒”，策略，背叛，冲突---。 大家期待的世界足球大赛FFI(国际级水平明日之星足球大赛)现在开始。闪电日本!飞向世界!
闪电十一人 英雄们的伟大之路
原预计在 2018 年发售的《闪电十一人》系列最新作《闪电十一人 阿瑞斯的天秤》，经过多次延期后原预计在 2019 年内发售，如今宣布再度延期至 2023 年发售，并同时将本作更名为《闪电十一人 英雄们的伟大之路(イナズマイレブン 英雄たちのグレートロード)》。
Level-5 表示，因游戏在开发过程中遇上数个问题，导致本作在还没发售动画就已经先播完的情况，对此感到非常抱歉。同时表示，原先除了本社之外还委托了外部公司 一同协助开发本作，但今后为了追求更好的游戏品质，决定改由社内自行开发。
也因此，本作将由原先标题《闪电十一人 阿瑞斯的天秤》改名为《闪电十一人 英雄们的伟大之路》，除了原本以《闪电十一人 阿瑞斯的天秤》为基础设计的内容之外，还会另外新增篇章，让过去角色在本作中登场。
第一部 无印篇
《神奇宝贝》（Pocket Monsters）共分为关都地区石英联盟、橘子群岛橘子联盟、城都地区城都联盟三篇，其中城都联盟还包括了一小段漩涡列岛大赛的故事。在橘子群岛时，小刚留在内木研究所，换小建和小智、小霞一同旅行，直到城都联盟，才又由小刚回锅。该系列简称为“无印”（因没副标题得称）。
大部分观众以为，《神奇宝贝》只有275集（这里指由石英篇到城都篇一般TV版），实际上神奇宝贝有276集，中国台湾的中视及中国香港的无线电视没有引进第38集“电脑战士3D龙”，因为日本在播出第一年（1997年）的12月16日，许多日本观众（青少年以下观众居多）因看了这集动画而引发光敏性癫痫送医，造成一阵大轰动，史称3D龙事件。原因就出在那集皮卡丘从3D龙身上跳出来，对迎面而来的导弹使出电击绝招，导致导弹爆炸发出强烈的闪光，红色和蓝色的光快速替换，如果一直盯着萤幕看的话，就可能会引发所谓的光敏性癫痫。这次的事件让神奇宝贝停播了一段时间，不过在日本观众热烈的反应及支持下，隔年4月16日终于复播了，但当地收视率大跌，并且制作公司也对制作动画的规则重新作了讨论，避免以后再发生类似的事故。而之后这集也被日本官方冻结，也导致3D龙和其进化型系列再也没出现在动画上。
第二部 超世代
后来，为了因应电玩GBA版（红宝石、蓝宝石版）的推出，精灵宝可梦于2002年11月21日播出《精灵宝可梦 超世代》（Pokémon Advanced Generation）系列。在城都联盟结束后，小霞跟小刚因为各自有事而和小智告别，小智为了重新出发，于是只带着皮卡丘前往丰缘地区，在那里认识了新人训练家小遥和其弟弟小胜，后来小刚重新加入，于是四人展开全新的冒险，在传统故事上保持角色互动的新意。
《精灵宝可梦 超世代》共分为丰缘地区丰缘联盟及关都地区对战开拓区两篇，和前面的剧情不一样的就是，故事变成了两个主线，小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区，而小遥则以成为协调训练家努力，挑战各地的华丽大赛，取得缎带勋章，好参加大型庆典，两人都为了达成各自的目标，与宝可梦一同奋斗。全新的比赛内容在支持者间得到好评，使之在系列往后有所延续。
第三部 钻石&珍珠
2006年秋季，为配合电玩NDS版（钻石、珍珠版）的上市，动画同步推出全新的系列《精灵宝可梦DP 钻石与珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl）。对战开拓区篇结束后，小遥为了挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小刚也因为道馆有事而回去了，小智则受到了小茂的激励，独自一人带着皮卡丘和偷偷跟来的长尾怪手前往新的地区神奥地区。新登场的女主角小光，其蓝本取自于电玩NDS版（钻石、珍珠版）的女主角。另外于2007年，为庆祝电视版播映十周年，东京电视台曾多次播映一小时特别篇（即连续播映两集）。
在《精灵宝可梦DP 钻石与珍珠》中，新人训练家小光为了成为顶尖的协调训练家，而从双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取宝可梦。而同一时间，小智也抵达了神奥地区，并在那里和为继续宝可梦培育家（饲养家）修行而前来的小刚再度会合。在因缘巧合下，小光救了小智的皮卡丘并把火箭队打飞，三人于是结伴旅行，展开了在神奥地区的冒险。故事和《精灵宝可梦 超世代》一样是有两个主线：小智为参加神奥联盟，挑战道馆；小光则为成为顶尖协调训练员而参加华丽大赛及华丽大型庆典。本作和以往不同的是小光的戏份大幅增加，于其比赛中经历比其他女主角更多高低起跌，也有更多需要单独应对的剧情处境，戏份可说是第一个有办法和小智相提并论的。
第四部 超级愿望
第一季
而后于由于任天堂于2010年推出NDS版全新作（黑、白版），动画也跟着推出新作，新作名为《精灵宝可梦 超级愿望》（Pokémon Best Wishes！），于2010年9月23日开始播映，在结束了神奥地区的旅程后，小智与妈妈和大木博士一同乘飞机前往合众地区。在那里，小智结识了带着牙牙的少女艾莉丝，及宝可梦酒侍兼道馆馆主天桐，三人于是一同展开在合众地区的旅程。艾莉丝的蓝本是取自电玩“精灵宝可梦白版”的第八道馆训练家（黑版2、白版2则成了冠军），动画则设定为以成为龙之大师为目标的少女 动画的角色成长设定的还不错 也是目前唯一会超能力的女主角。原本担任搞笑恶役的火箭队两人一猫组，在此作改变形象，成了认真的反派角色，并且秘密地执行神秘任务，为往后的剧情埋下了一些谜样的伏笔。而此作恢复为只有一个主线──小智为参加合众联盟而挑战道馆。
第二季
随后于2012年夏季，为配合电玩NDS版（黑版2、白版2）的上市，动画也正式进入第二季。在第二季中，除了原班人马外，更请回了前作的女主角小光和神奥冠军竹兰回来助阵，不仅许多第一季没有出现的旧宝可梦纷纷登场，同时更加入了“幻之宝可梦”美洛耶塔作为小智等人的伙伴，并且增添了新的主轴—火箭队对美洛耶塔的阴谋、世界锦标赛及合众联盟，为新一季带来了不一样的风气。
之后于2013年，在合众联盟结束后，动画又另外推出了两个第二季的新章节“Episode N”和“Da！”（杰可罗拉冒险！）章，“Episode N”是以游戏中的超人气角色N及反派等离子团的阴谋做为主轴所展开的故事。尽管在游戏（黑、白版）中N是偏向反派定位的角色，不过在动画中更多是做为较为正向的角色。另外原先于前一章结束任务的火箭队两人一猫组亦再次回归，并再次结合其前几部的形象，退场时会说“好讨厌的感觉”。而在“Da！”章，小智一行人告别了合众地区，打算搭船回到关都地区，顺路经过了杰可罗拉群岛，在那里遇见了很多宝可梦及新鲜或怀念的事，也为接下来的《精灵宝可梦XY》做了缓冲。
第五部 XY,XYZ
第一季, XY
2013年秋季，精灵宝可梦电玩进入了全新的3DS纪元（X、Y版），动画亦再次推出全新的系列《精灵宝可梦XY》（Pokémon XY）。告别了艾莉丝与天桐，这次小智在“Da！”章结识的记者三色堇带领下，前往卡洛斯地区，在那里他邂逅了天才发明少年，同时也是道馆馆主的希特隆、以及他的妹妹柚丽嘉、和小时候曾有一面之缘的少女莎莉娜，并与他们一同展开在卡洛斯地区的冒险。和以往的女主相比，莎莉娜的设定有些不同，除了以前曾和小智见过面外，甚至还是继小霞以来再次对小智拥有好感描述的女主，加上开播以来深入刻划人物性格的剧情及高品质的作画，尽管收视率初期没预想的高，仍受到观众不少正面评价。其冒险地图“卡洛斯地区”是以法国做为蓝本，因此多处场景皆是取材自法国实地场景。此作从中段开始再次分为两个主线：小智为参加卡洛斯联盟而挑战道馆，而莎莉娜则以宝可梦表演家为目标参加三冠卫星赛。
第二季, XYZ
在《精灵宝可梦XY&Z》动画中，首次大幅增加“传说宝可梦-基格尔德(Z)”的动画原创剧情，也首次在动画中出现正统游戏中未出现的宝可梦型态变化(牵绊变身)，更是替主角小智原创了一只型态差异的宝可梦小智版甲贺忍蛙，也是在游戏中未曾出现的宝可梦。
第六部 太阳&月亮
《精灵宝可梦 太阳与月亮》简称日月，内容为主角小智留在家中的宝可梦魔墙人偶在抽奖活动抽中大奖，一家人而前往阿罗拉地区度假。后来小智就读宝可梦学校，并暂居库库伊博士家里，在此认识了洛托姆图鉴和许多就读宝可梦学校的伙伴，如卡奇 水莲 玛奥 马玛内 莉莉艾。并和他们一起加入究极防卫队，让究极异兽回到原本的世界。在阿罗拉地区得知地区型态与Z纯晶/手环，而主角小智也获得一只卡璞·鸣鸣给的Z手环。本作以跟过往不同的软Q画风呈现人物，喜剧效果演出也大幅增加，并跟随游戏设定，以有限范围内的日常生活剧情代替持续旅行为主轴。在动画启播20周年的契机下，电视动画和剧场版动画的故事不再有关连和制作计划正式分离。
第七部 新无印/旅途篇
本作在播放前，官方率先预告内容不会单纯对照游戏《宝可梦 剑／盾》，而是会整合系列至今为止所有地区和宝可梦，制作全新的世界旅行故事，并确认不会加入副题。此外，本作亦直接采用了剧场版第20作重新设计的标志。
这部动画评价两极，加入被网友戏称“一球超人”的小豪做为主角之一，对大部分宝可梦几乎都是一球收服，既不重视培育、视宝可梦如大量收集之玩物，也去掉过去宝可梦与人的羁绊。引起极大的争议，且将过往传说宝可梦如水君，不仅被一球收服、且被过场的猎人虐待，更造成大量观众不满。
但是由于小智这部没有弱化、热爱对战、展现出优秀的冠军、好前辈等形象，而且掌握Mega进化、Z招式、极巨化三大对战系统，本部小智的目标挑战世界锦标赛，最终打赢丹帝成为世界最强训练家。
就读大学的超级索尼子，除了是个学生，也担当游戏角色、写真偶像、平面模特儿以及服务员的工作，还跟富士见铃、绵拔风璃一同组成了三人乐团“第一宇宙速度”，并在其中担任主唱兼吉他手。性格努力、唯一的缺点是优柔寡断的她，却也认真度过属于她的每一天。
在有一次的表演中，因铃和风璃的缺席，索尼子只能独自登上舞台，然而这次的表演成为她人生的转捩点。