202X年，名为「兰道夫症候群(ランドルフ症候群)」的症状感染扩散至全世界，受到感染的人将陷入昏睡无法苏醒。同时，在南极发现了充满异形与未知资源的巨大地下世界「阿萨伊拉姆(アサイラム)」。人类为了解开「兰道夫症候群」的原因、获得异形的DNA情报以及丰富的地下资源，人们纷纷前往深渊之中。

癫痫性脑病是一种伴有疯癫与沉睡不醒症状的新型疾病。这种新型病魔正一点点蚕食着人类。而其原因，是在南极发现的巨大地底世界——避难所。那里有着与地面世界不同的异形生物、以及未知的资源。或因对财富的向往、或因组织的阴谋、抑或是一己的私愿，人们纷纷赌上性命前往这个充满谜题的新世界深层。这其中便有一位少年，他怀着一个愿望，向着避难所的最前线进发。

故事发生于一个平行宇宙地球的世界。在那里有超能力的人都被称为伐刀者，他们能将灵魂转化为武器，被称为魔剑。在破军学院，及格的魔法骑士都被获选代表学院参加由日本的七所魔法骑士学院主办的学院七星剑武祭比赛，以选出七星剑王。由于破军学院在比赛的排名滑落，学院理事长新宫寺黑乃下决心寻找问题的解法。黑铁一辉是学院的F级伐刀者，由于魔法才能低而被当作是落第骑士。但欧洲国家，法米利昂国的公主史黛菈·法米利昂却是A等顶级伐刀者之一。

史黛菈在转校破军学院的第一天，被安排与一辉同居一房。一辉不经意间发现史黛菈半身裸的时候，后者挑战前者决斗，条件是输者须终身服从胜者。史黛菈虽输决斗，但最终他们俩同意成为室友。故事讲述他们俩一起训练的冒险旅程，以便能获取代表学院参加七星剑武祭比赛的资格。