设定

人类的负面情绪累积混杂后会形成咒灵并对人类造成危害，日本每年不明死亡或失踪年均超过1万人大部分因此造成，只有使用被称为咒力的能量才得以祓除，而负责祓除的人称为咒术师。由于咒术师是利用负面能量(具体分为咒力和术式)与咒灵现场战斗的人，常常亲眼经历无辜杀害或悲惨死状，他们面对死亡时不可能不带有悔恨恐惧或愤怒，所以常见他们每一个战斗时总会呈现一副狰狞或者感到兴奋的模样，因此带出个人战斗风格和各自性格阴暗短处，而平常生活训练中咒术师也必须自主学会控制汲取负面情绪如杀意作为咒力。日本有两间咒术教育机构，分别位于东京和京都的咒术高等专门学校。咒物是带有强大咒力的物品，通常因难以破坏而被咒术高专保管，若经过妥善封印，可以当作地方设施辟邪。一旦出现事故，就派遣咒术高专相关人员进行处理。

剧情

高中生虎杖悠仁的祖父在逝世前嘱托他要尽可能助人，并希望他能在众人簇拥下死去。虎杖悠仁遇见来学校寻找特级咒物的伏黒惠，他为了解救因咒物而身陷危机的学长姊，吞下诅咒的手指，让“宿傩”这种诅咒跟自己合而为一。他得知只有自己能对付宿傩后，认为这是自己的使命，便加入东京咒术高专，成为最强咒术师五条悟的学生，和伏黑惠、钉崎野蔷薇成为同学。

宿傩不断地想支配虎杖的肉体。在对抗某个咒灵时，虎杖为了击败它而让宿傩控制了自己的身体，虽然宿傩轻易地取胜，但也将虎杖杀死。在宿傩和虎杖缔下誓约后，他便将虎杖复活。虎杖接受训练后，跟随咒术师七海参与实战，他们击退了由对人类的负面情绪产生的咒灵“真人”。真人决定与诅咒师夏油一派合作，共创一个只有诅咒、没有人类的世界，为了达此目的，他们要抑制五条悟并集齐宿傩的二十根手指，让宿傩取回完整的力量。

在东京与京都的咒术高专交谊会中，京都的校长下令杀掉身为宿傩容器的虎杖。在团体对战竞赛中，虎杖透过与东堂的切磋，学会控制咒力的方法。在双方热战方酣之际，真人和花御等特级咒灵入侵交谊会，取得高专保管的手指。五条在学生时代的过去表明，夏油在某次任务后对保护非咒术师的信念开始动摇，并想创造一个只有咒术师存在、不再有咒灵的世界，因此和五条分道扬镳。夏油之后遭五条杀死，但遗体被不明人士利用。

夏油一派以涩谷平民为人质，逼五条孤身对阵，尽管五条展现压倒性的强势，但他还是被以特级咒物“狱门疆”封印，虎杖等人动身营救他。

曾为咒术师的诅咒师一派，与现今身负除妖重责的咒术师们，各自为了自身的目的而相互战斗，一段惊天动地的咒术大战，逐步在日本上演。

西国一流间谍“黄昏”奉命调查东国政治家多诺万·德斯蒙之政治阴谋。然而，德斯蒙深居简出，唯一公开露面的场合只有他儿子所就读的东国名校——伊甸学园举办的恳亲会，故只有让“自己的小孩”进入伊甸学园就读，并以家长的身份参加恳亲会，才有机会与其接触。为顺利执行任务，黄昏以“劳埃德·福杰”的身份掩人耳目，并先后找到“女儿”阿尼亚和“妻子”约尔组建一个临时家庭，殊不知阿尼亚其实是有读心能力的超能力者“实验体007”;而看似温柔善良的妻子，另一身份是职业杀手“荆棘公主”。三人互相隐瞒真实身份，就此过起虚假的家庭生活。

本作的剧情以19世纪末不列颠治世时代的英国为背景。英国贵族莫里亚蒂伯爵的少爷艾伯特·詹姆斯·莫里亚蒂一直想将阶级制度当道、人人生而不平等的英国整顿一番，他在一间孤儿院中发现一对兄弟，兄弟中的哥哥怀抱着和他相近的理想，以及过人的才学，艾伯特于是将兄弟俩收为家族的养子。1866年三人策划了一场火灾，将莫里亚蒂宅邸所有人全部烧死。哥哥窃取了莫里亚蒂家族次子威廉·詹姆斯·莫里亚蒂的名字，而弟弟也成为莫里亚蒂家族的正式成员路易斯·詹姆斯·莫里亚蒂。三人继承了家族的一切，开始他们的改革事业。

13年后的1879年，威廉以21岁之龄当上了大学教授，艾伯特成为陆军中校，而路易斯则担任威廉的副手。三人的目标是解决掌握大权的邪恶贵族和阶级制度，为此他们采取的方针是借由将伦敦化为“犯罪都市”，以有意义的“死亡”和“犯罪”来惊醒英国国民。在多名忠心手下的效力之下，威廉在幕后以“犯罪顾问”的身份消灭了多名邪恶贵族，艾伯特也取得秘密情报局MI6的指挥权。在一次行动当中，威廉遇见了侦探夏洛克·福尔摩斯——也就是詹姆斯·莫里亚蒂未来的宿敌。威廉希望将他纳为自己计划的一部分，借由设局让他侦破邪恶贵族的死，进而将贵族的腐败事迹公诸于世。就这样，詹姆斯·莫里亚蒂和手下抱着不惜一死的决心，持续将英国推往他们理想的样子。