“它们就在你的身边”——在新科技发展的近未来，社交网络上流传着被称为“全息幽灵”(Hologram Ghost)的真假不明的怪奇现象的传闻。初中一年级学生天之河宙，因为启动了父亲失踪后留下的被称为“生命手环 数码器-V-”(Vital Bracelet Digivice-V-)的神秘设备，开始能看到大家看不见的未知生物——“数码兽”。

从与父亲所托付的顽皮数码兽“伽马兽”相遇的那天开始，宙就被卷入了各种怪奇现象中。盗取人类时间的“缝口男”，或是在夜晚徘徊并掳走人类的“木乃伊男”……全息幽灵，就在大家身边伺机而动。由此开始，便是无人知晓的世界背后的故事。宙、伽马兽和伙伴们一起，踏入了生存着数码兽们的不可思议的世界中。

第1期

某天，老牌网游《幻境神话》在引入第十二次资料片改版“开拓智域”之后，将日本三万名在线用户囚禁在了游戏中。其中游戏资历8年的大学生城惠也被卷入了异世界之中。

不断的与怪物战斗、连死了也无法结束的情况。不知道接下来会发生什么的玩家们充满了不安，“大和”地区最大的都市“秋叶原”就这样失去了秩序。

曾经如同一匹孤高的狼般的城惠和老朋友直继、美少女刺客晓一起创立了公会“记录的地平线”。

于是，在这个与游戏十分相似的世界，不善与他人交往的内向大学生和伙伴们就此一起踏上了从废墟秋叶原开始改变世界的旅程。

第2期

自从城惠等冒险者们被关进网络游戏《幻境神话》的世界，时间已经过了半年。

当初充满着混乱的都市秋叶原，由于自治性的组织“圆桌会议”的结成，取回了活力和平稳。更借着桑托利夫半岛的地精防卫战，与游戏世界的居民“大地人”加深了彼此间的信赖。最后，大地人贵族们的领袖的柯文家的千金——蕾妮希雅，作为大使前往秋叶原赴任了。

渐渐踏入冬季，冒险者们对于在这个异世界该怎样行动、以什么为目标，都各自在摸索着。不论是在秋叶原的街头、西方的都市、北方的大地、甚至是遥远的异国，冒险者们的思想相互碰撞、交错着……到底会有什么样的冒险在等待着城惠和他的同伴们呢？