第一期
电视动画《偶像大师灰姑娘女孩》第一季是描述 14 位被选拔加入“灰姑娘企划”(Cinderella Project)的少女成为 346 事务所的偶像候补生，经历波折、困难以及磨炼，最后成功出道，踏上舞台成为偶像的故事。
女主角岛村卯月是一位高中女生，梦想成为偶像的她在课余时努力地学习跳舞，锻炼才能等待机会的来临。虽然在346事务所设立的“灰姑娘企划”招募时落选了，其笑容给制作人留下了良好的印象，因此当“灰姑娘企划”出现三个空缺时，制作人首选了岛村卯月。另外两个空缺分别由涩谷凛和本田未央补上，“灰姑娘企划”其他成员也完成集结，正式启动。
岛村卯月、涩谷凛、本田未央三人比其他成员晚加入“灰姑娘企划”中，可是不久便得到前辈偶像给予的一个演出机会，便是当城崎美嘉的伴舞。卯月、凛、未央这三位新人便开始接受舞蹈特训。作为伴舞的演出表现，很快地卯月、凛、未央三人得到正式出道的机会，结成偶像组合推出唱片。同时间，“灰姑娘企划”中的新田美波、安娜斯塔西娅也合组出道。不过这个安排让其他偶像感到焦急，都纷纷希望自己也能及早出道。其中前川未来的行为最为激进，甚至把346事务所的346咖啡室占领了来作抗议。最后让制作人来解释后事件才得以平息。
虽然努力练习唱歌和舞步，让首次正式演出十分成功。可是由于在当城崎美嘉伴舞所看到的声势和场面，和自己演出时的观众人数相比，本田未央得到了很大的打击，甚至曾一度想放弃继续做偶像。
“灰姑娘企划”的其他成员亦陆续获得出道的机会。接着是神崎兰子以个人单独出道，是“灰姑娘企划”中唯一个人出道的。不善于与人沟通的她经过一番转折，透过绘画才能让制作人明白她的心意，并打造出让她十分满意的坠天使造型。三村加奈子、绪方智绘里、双叶杏结成偶像组合出道，还得到唱片签名会和出席电视游戏节的机会。诸星煌梨、赤城米莉亚、城崎莉嘉结成偶像组合出道，获得商品宣传代言的街头演出机会。余下的二人，前川未来、多田李衣菜也结成偶像组合出道，虽然二人的性格大不相同，很难合得来，最后也能化解矛盾。
在346事务所的盛事“Summer Fest”演唱会举行在即之际，各成员也加紧排练。除了要练好自己的歌曲之外，也要兼顾“灰姑娘企划”14位成员的合唱歌曲的排练。由于制作人有要事委托了新田美波负责安排排练和监督，让新田美波承受很大压力和身心疲倦，终在“Summer Fest”演出当日病倒下来。尽管新田美波不能演出自己的歌曲，也支撑著坚持要在合唱的歌曲中和大家一起出场。新田美波的拼劲和精神以及她的领导能力得到各成员的肯定，认同了她的成为“灰姑娘企划”的队长。“Summer Fest”也在各成员的精彩演出下圆满落幕。
第二期
“Summer Fest”之后，“灰姑娘企划”继续顺利地推进。但此时346Pro公司所属公司董事长的孙女美城常务从美国子公司调回日本，担当为偶像项目主管。上任后立即终止了全公司的偶像项目，改变偶像培养方针为以艺术技能为主导。这对本身以各种娱乐性质为主导的各偶像项目和整个日本公司带来极大的震撼。主角群制作人据理力争，希望保持自己以发挥偶像自身特长的路线，最终美城常务不提供任何支援下允许“灰姑娘企划”的运营，并以年期末的演唱会作为是否继续维持项目的考核。也以此作为对其他反对其方针的人的下马威和考验。
之后美城常务从整个公司偶像资源中抽选适合其方针实施的偶像来推行新路线的工作，但大部分偶像不满其方针和培养理念，拒绝其安排的工作，甚至如木村夏树、安部菜菜等偶像选择调入到“灰姑娘企划”中继续工作。
美城常务最终在新组建的项目“Project Krone”中，试图从主角群的“灰姑娘企划”中调走涩谷凛和安娜斯塔西娅到其计划中。安娜斯塔西娅所属组合“LOVE LAICA”的同伴新田美波愿意让安娜加入到新项目，并且表示自己能独立应付，很快就转入到新项目中;但涩谷凛由于新组合有自己的同校同学，希望协助同学作为新人能顺利出道，但又担心影响到其自身原有的“new generations”，本田未央意外听到这个消息，经过考虑决定自行独立出道，最后和涩谷凛、岛村卯月三人相互交流后，仍为这样三人分开出道会更好。最终，“LOVE LAICA”和“new generations”由于人员变动而冻结，“Rosenburg Engel”和“*”增加新成员，卯月和小日向美穗另组新组合，“灰姑娘企划”以如此阵容和作为对抗项目的“Project Krone”一同进入秋季演唱会，接受去留的考验。
在秋季演唱会中，“灰姑娘企划”和“Project Krone”都取得了非常圆满的成果，而且“Project Krone”的鹭泽文香在上场前不适，灰姑娘制作人及时指挥“灰姑娘企划”上场维持气氛，之后在岛村卯月和本田未央的鼓励下，涩谷凛所在的“Traid Primus”也顺利登场演出。秋季演唱会最终顺利落幕。
秋季演唱会后，“灰姑娘企划”成员的知名度大增，但只是不断鼓励别人的岛村卯月反而察觉到自己毫无进展而感到不安，要求回到训练所练习。制作人允许她的要求并让其他组员调整工作岗位，众人期待着卯月的归来，而凛和未央给卯月的鼓励让卯月最终召回勇气，而从自己的角色曲找回了自己的笑容。在年期末演唱会，得到全公司偶像支持的灰姑娘演唱会大获成功，在幕后制作人也向美城常务阐述了每个不同风格的偶像都能找到让粉丝欣赏的亮点，让美城常务彻底折服并认同了制作人的想法。“灰姑娘企划”最终得到保留并继续发展。
故事发生在一个与现代社会相近，但充斥着被称为“恶魔”的怪物横行的世界。恶魔是带着动植物、概念等所有事物的名称而诞生，超越人类智慧的怪物。人们认为该名称越是恐怖，恶魔的力量就越大。恶魔可以透过补充人类的血液维持力量和治愈伤势。占据人类尸体的恶魔称为“魔人”，虽有人类的外貌，但人格是恶魔，但有少数可保持理性的特例。恶魔猎人是指与恶魔缔结契约，以消灭恶魔为业的人，包括政府辖下的“公安对魔特异课”和民间的恶魔猎人。
故事大纲
贫困的少年电次为了偿还亡父留下的巨额债务和生计，与链锯恶魔波奇塔合作猎杀恶魔。某夜，电次遭到丧尸恶魔暗算并被肢解，濒死前，波奇塔自愿以契约的方式和电次的心脏结合，让他重获新生并拥有变身成链锯人的力量，代价是电次必须让波奇塔看到他的梦想。电次宰了债主后，被公安对魔特异课第4课收留，与早川秋和搭档帕瓦同住。
在脱离有一餐没一餐的日子后，电次开始思考自己的梦想。虽然电次的上司玛奇玛把电次当狗一样对待，但电次还是对她一见钟情，且特别想揉她的胸部。他在击败蝙蝠恶魔后，搭档帕瓦为了报答他而答应让他揉胸部，但电次却在揉完后感到空虚并陷入困境。在经玛奇玛指点后，电次了解到应该注重心灵上的交流，玛奇玛也和他约好只要打倒枪之恶魔就帮他实现愿望。枪之恶魔盯上了电次的心脏，前民间恶魔猎人泽渡茜便与它缔约，取得大量枪支后动用黑帮暗杀对魔特异课的成员。电次的多位同事因此阵亡，残存的成员被整并成一课，由玛奇玛统领。在玛奇玛派部下击溃黑帮后，也追查出枪之恶魔的动向。
虽然电次倾心于玛奇玛，但在他因避雨邂逅了于咖啡店打工的蕾洁后，心意一度动摇。然而蕾洁是枪之恶魔的同伴，在蕾洁表明自己只是想获得链锯的心脏，并使用炸弹恶魔的能力逼电次就范后，双方展开激战。电次获胜后相约与她远走高飞，但蕾洁却在与电次见面前被玛奇玛拦下并遭到杀害。在与蕾洁的战斗中，电次身为链锯人的身份透过新闻开始广为人知，各国恶魔猎人纷纷出动暗杀他。
为了保护电次，公安派出了大批人马，在与杀手的激战中死伤惨重，电次则中了杀手“圣诞老人”的暗算而倒地。圣诞老人等人召唤了地狱恶魔，将激战范围内的电次等人送进地狱。面对地狱中强大无比的黑暗恶魔，许多公安和杀手都惨遭杀害。圣诞老人因为完成与黑暗恶魔的契约——将链锯恶魔的心脏带给它，因而得到了黑暗恶魔力量，企图杀死玛奇玛。玛奇玛前往地狱将还活着的电次等人拉回人间，随后让电次与圣诞老人开战。经过一番苦战，电次成功消灭了圣诞老人，之后回归普通的日常生活，并照顾在战斗中身心受创的帕瓦。
公安准备对枪之恶魔发起讨伐，然而玛奇玛却告诉电次、秋和帕瓦，枪之恶魔早已被击败，如今它被分成好几个肉片由各个国家保管。此次行动名义上是讨伐枪之恶魔，实际上是为了抢夺其他国家的肉片，也就是国与国的战争。不久，秋透过签约的未来恶魔看见了未来——自己和帕瓦都将被电次所杀。为了改变未来，秋寻求玛奇玛的帮助，并愿意付出所有与她签定契约，只求电次和帕瓦幸福。结果玛奇玛“支配”了秋的存在，使用他和其他她支配的人一起迎击美国派来先发制人的枪之恶魔。
战斗告一段落后，在玛奇玛的设计下，变成枪之魔人的秋找到了电次，在回忆停留在过去的情况下无意识地攻击电次，电次不得已只能变成链锯杀了他。秋的死让电次濒临崩溃，于是使用当初与玛奇玛的约定（杀死枪之恶魔就帮他实现愿望），让自己变成玛奇玛的“狗”，服从她的指挥，如此一来就不用感到痛苦。然而契约成立后，玛奇玛随即杀了帕瓦，并揭露电次封闭的回忆——他童年时差点被酗酒的父亲所杀，结果为了自保就杀害了父亲——来摧毁电次的心智，使他彻底服从自己。
由公安岸边发动的讨伐玛奇玛行动随即开始，玛奇玛命令电次出击，使他转换成完全的链锯恶魔型态，瞬间摧毁了对方的战力。面对岸边的质问，玛奇玛坦白了自己的立场。链锯恶魔在因为濒死而转换成波奇塔型态之前，是只要有人呼救就会出动的“地狱的英雄”（不过呼救者是恶魔的话也会被链锯杀掉），其攻击力可和地狱的恶魔匹敌，还拥有强大的再生能力，更重要的是被其所吃的恶魔将会永远被抹除。而玛奇玛是链锯恶魔的崇拜者，身为与日本政府签约的“支配恶魔”，她希望能让链锯恶魔屈服，再支配着它将苦难消灭，创造人人幸福的世界。玛奇玛唤出以前和链锯恶魔激战过的存在以及支配的人围攻链锯恶魔，链锯恶魔因为民众的声援而弱化，最后被玛奇玛打败。
帕瓦凭借著电次生前喝下她的血液复活，将电次救走，虽然电次已无生存欲望，但帕瓦立下电次将来一定要重新去找转生后的她的契约，将血液都交给电次让他复活。复活后的电次在岸边的帮助下休养，并看到电视上大家的声援而振奋精神。电次变成链锯，只身前往墓地和玛奇玛对峙。玛奇玛带着大量她支配的人，以数量优势攻击电次。电次斩杀了玛奇玛手下的大将，但身负重伤。玛奇玛意图彻底打倒他，于是让他恢复再战斗，最后徒手挖出了波奇塔的心脏，宣告自己的胜利。然而她所战胜的链锯只是波奇塔变成的，维持人类状态的电次混在玛奇玛支配的公安里头，趁着这时用帕瓦血液制成的链锯砍杀玛奇玛。电次早已察觉，玛奇玛眼里一直就只有链锯恶魔，没有电次这个“人类”的存在，所以偷袭才能得手。
战斗结束后，电次将玛奇玛的身体烹煮后吃了下去，打算将她吸收来共担罪业。岸边将没有记忆的支配恶魔本体那由多从中国带回来，为了避免再次被日本政府利用，于是交给电次照顾。在梦境中，波奇塔告诉电次，自己的愿望是被人拥抱，但因为力量太过强大而难以实现，而电次已经帮它实现了，所以它希望电次也能实现支配恶魔的愿望——与人建立对等的关系。在波奇塔的建议下，电次抱着那由多沉沉睡去。故事的最后，电次进入高中就读，并继续担任铲除恶魔的链锯人。
黑发少女“缠流子”在某一天突然转入了“本能字学园”，在这里她遇见了“美木杉美九郎”老师以及好友，甚至穿上了以“战维”为名的谜样纤维编成的战衣和“鬼龙院皋月”为首的整个学校为敌，所有故事就在此，环绕着热血及友情展开。
阴云密布的本能町，在神秘恐怖的本能字学园，高高在上的学生会长鬼龙院皋月（柚木凉香 配音）只手遮天，她通过“极制服”统领校内的学生，极制服由所佩戴的星星数量分级，级别越高拥有的战斗力就越强。这一天，一个背着单片太刀剪的女孩出现在本能字学园门口。她叫缠流子（小清水亚美 配音 ），为了调查杀害父亲的真正凶手而来到这个凶险的所在。谁知她刚刚到来不久，便遭到蟇郡苛（稻田彻 配音）、猿投山渦（桧山修之 配音）等学生会四天王的阻击。
关键时刻，缠流子意外得到父亲制作的黑色神衣，由此战斗力大增。连番激烈的战斗在本能字学园展开……
本能字学院(本能字学園(ほんのうじがくえん))
流子转校所到的巨型都市学院，由鬼龙院家族掌控，最大首脑是学生会长鬼龙院皋月，下有学生会四大天王负责各项工作分配。
本能市(本能町(ほんのうまち))
本能市学园所在的城市，位于东京湾中的人工岛，为鬼龙院家的私有地。全市根据学生住民的星级分有不同居住区域，并由此而伴有巨大的区域性贫富差距。学生一旦被勒令退学则同时会被赶出本能市。
最终回后半片段中，该城市最后沉入海面下。
极制服(極制服(ごくせいふく))
皋月赋予学生会成员的特殊学校制服，能够让人获得远超普通人的力量。
从三星到一星共分为三种等级，而普通无星学生则只能穿着普通学校制服。学生会中枢的四天王为三星，社团部长为两星。
制服的制作仅由本能字学园裁缝部完成，并使用了称为战斗生命战维的材料。
并且极制服中的星数是以混入衣料中的生命战维百分比来计算，一星为10%、二星为20%、三星为30%。
神衣(神衣(かむい))
使用100%生命战维缝制而成。流子的鲜血和皋月的纯洁皆为神衣。设计暴露度极高。神衣的使用者必须为神衣献出自身的血液才能够发挥神衣所赋予的力量。要发挥出神衣的全部力量必须要求神衣和使用者融为一体，而由此同时会增加神衣的暴露度。
第三话中表明，神衣是由100%战斗生命纤维所组成的服装，且在主人完全抛弃羞耻心并接纳其存在的时候才能发挥最大的战斗力。否则神衣会无意识的吸取主人的血液，使主人越发衰弱。能够吸收对手极制服上的战斗生命纤维。
生命战维(生命戦維(せいめいせんい))
缝制极制服和神衣的特殊纤维材料。一星极制服中占比10%，两星极制服占比20%，而神衣则100%由生命战维缝制而成。
所有生命战维皆来自于名为“原初生命战维”的外星生命体上，吸收能量的方式为透过感应生物体内的神经电流来增强力量，但因地球的生物并无法负荷生命战维带来的力量，因此改为附着在体外的方式来吸收电能。
战维丧失(戦維喪失(せんいそうしつ))
描述极制服的使用者败给流子和鲜血的状态。具有“战意丧失”和“纤维丧失”的双重意义。此时极制服的木端会粉碎成灰，同时战斗生命纤维也会被鲜血所吸收。
十三话中针目缝也用类似的技巧使鲜血被击破。
No迟到Day(NO遅刻デー(ノーちこくデー))
为整顿无星学生的纪律，风纪部每学期所举行的例行学校活动。清晨4时贫民窟会响起警笛声以示活动开始，学生必须克服重重陷阱并在8时30分前到校并在班会上点名报到。迟到者会被勒令退学。没能穿越陷阱的学生往往会自行举办模拟班会，表示接受被退学的现实。
这一天贫民窟学生并不能乘坐单轨电车上学，而必须经由风纪委员部所规定的、陷阱重重的道路到达学校。
反制服游击队(反制服ゲリラ(はんせいふくゲリラ))
裸体海滩的隶属突击队，目的为反抗生命战维。
干扰弹(ジャミング弾)
针对极制服而开发的类似缝针状的子弹。使用特殊的金属制成。射入神衣或者极制服即可切断使用者和战斗生命纤维的联系，使对方无力化。并在大文化体育祭中被本能字学园改良加以利用。
绊糸(絆糸(ばんし))
无论是极制服或神衣都必备的、类似神经中枢的关键。同时也是使生命战维的能力能够具现化在衣服上的重点。
一至三星的极制服都只有一条绊糸，但神衣的绊糸却不只一条，因此鲜血在其中一条绊糸被切断之后依然能够运作自如。
原初生命战维(原初生命戦維(げんしょせいめいせんい)
于数万年前降临在地球上的外星生命体，并选择当时灵长目中具有较高智能的智人为寄生对象，而此一行为也促使了人类的进化。但并未在人类的历史中留名，但其却选择在人类进化到具有相当水平的程度前进入休眠，因此仅对人类留下了“穿衣蔽体”的习惯。在故事开始前二十年，由鬼龙院罗晓接触到此一生命体，并协助其完成终极目标。
受到罗晓的呼唤而带着所有的Covers前往本能字学园。之后短暂回归鬼龙院宅，接着确定已储存能量完毕之后便自地下突破，笔直地往本能字学园前进。
据宝火所述，当生命战维成功覆盖整个行星之后，会吸收整个行星的生体能源并直接引爆，使生命战维再次散布到宇宙中作繁殖，此即地球上的原初生命战维的终极目标。
被流子打破核心之后落在本能町外的海面上，而后被罗晓操控，回到本能字学园来意图吸收在场所有人类，被苛与裸体海滩强行破坏后与缝及罗晓融合。
Covers(カバーズ)
由原初生命战维产生的布片状士兵，在初始状态必须仰赖原初生命战维的丝线传递能量。一旦将人类吸收进去后便能将人类作为能量来源而不需要原初生命战维的能量供给，仅有碎成两半的缚斩-蛟龙、饿虎，以及两把片剪太刀能够确实破坏Covers。