故事讲述重考生本须和秀树，身无分文只身来到东京却想拥有一部价格昂贵的人形电脑。于东京，人形电脑是非常普及的家电。他心想“如果可在垃圾堆中捡到一部就好了”，却如他所愿在东京的一晚捡到一部人形电脑。由于该电脑没有装上任何软件， 故此只会以“唧(chi)”作应对，故他把该电脑命名为小唧，并与小唧朝夕相对。

当秀树发现小唧拥有很高的学习能力，就常购买书给小唧。之后，秀树又发现小唧有别于一般人形电脑，例如没有装上任何软件却会自行活动，可强行进入其他电脑而不被发现，更特别的是一般电脑的开关制都设于耳朵后，但小唧的却在阴道内。

其后秀树更发现公寓的管理员日比谷千岁原来是制造小唧的科学家之妻子(小唧的母亲)。原来，小唧从前有个与她一模一样的姐姐芙蕾亚，芙蕾亚却爱上自己的父亲而极其难过，最终系统负载过重“死了”(电脑系统损坏且难以维修)。临死前，小唧硬把姐姐的记忆接收到自己身上。随后小唧遭到重置失去了记忆。她在死之前说了“请把我放远一点!”(后于垃圾堆处巧被秀树所发现)。最后，秀树与小唧互相相爱。

2029年，日本因突然爆发的”Apocalypse Virus（天启病毒）“的蔓延而陷入了混乱之中。处于无政府状态的日本，受到了由超国家之间所组织成的名为“GHQ”的组织的武力介入并接受其统治，东京的六本木更成为被封锁的地区。之后又以名为“lost christmas（失落的圣诞）”的事件为契机，日本失去了独立国家的实质权力，并被赋予了表面上的自治权，由此人们开始享受短暂的和平。

时光流逝，10年后的2039年。少年樱满集怀抱着抑郁的心境，并对世间冷眼相待。樱满集是在天王州第一高校就读的高中二年生，与同学们保持着一定距离的同时，度过着闲散而又平静的日子。

然而集安稳的日常在某一天突然宣告结束。那天放学后，在自己中意的老地方和一名少女不期而遇。少女名为楪祈。她正是集所憧憬，并在网上有着巨大影响力的歌手。而她也有不为人知的一面。祈正是由17岁青少年恙神涯所率领的“葬仪社”——一个在被封锁的城市中歌颂着从”GHQ“手中得到”日本的解放“而赌上性命不断孤独地战斗着的抵抗组织——的成员之一。

集在祈与涯引导之下，与葬仪社而发生了关联。尔后因为关系紧迫获被女主使用了虚空基因组，他的右手上出现了“王之刻印”。通过刻印，集可以自在地从人的身体里抽取出名为“void（虚空）”的物质，并以借此为武器得到战斗的力量。然而这也仅仅是，他所背负的“罪之王冠”的物语的开幕罢了……

全世界被产业革命的波澜推动，自近世变迁至现代之时，不死的怪物“卡巴内”突然出现。卡巴内被钢铁的皮膜包覆，只要心脏不被破坏就不会消灭。被卡巴内啃咬的人几乎会变成卡巴内，并开始袭击人类。之后卡巴内爆发性地增殖，并覆盖全世界。

远东岛国“日之本(日ノ本/ひのもと)”的人们，为了对抗卡巴内的威胁，而在各地建造名为“驿”的城市并困守在其中，想方设法残存下去。能够在驿之间来往的只有装甲蒸气机关车(通称“骏城”)。驿之间通过各自生产物的融通，总算是保全生活。

某天，穿越前线的骏城之一“甲铁城”来到显金驿。为了车辆的清扫整备而被召唤的生驹，目击到从义务性的卡巴内检阅中被免除的不可思议少女。当晚，生驹与自称“无名”的那位白天的少女再会，此时一架骏城“扶桑城”突然暴走并突入了显金驿，那架骏城乘员全灭而且全部变成了卡巴内，卡巴内从骏城向显金驿溢出。如同要从被恐慌袭击的人浪中逆行一般，生驹奔跑着。这一次不能逃避，与卡巴内的战斗开始了。