上条当麻是学园都市的一名高中生。在这座位于东京都西部的封闭都市中，学生占到了总人口的八成，“超能力开发”被列为绝大多数学生的必修课，在Level 0到Level 5的等级排名上相互竞争。不幸地，上条当麻被评定为无能力者；但他的右手有着能将一切异能消除的不明力量，他本人称其为“幻想杀手”。似乎是连同神的祝福一同抹杀的关系，他每天都过着不幸的生活。

暑假的一天，在宿舍的阳台上，上条当麻遇见了一位挂在阳台栏杆上的修女。她自称“禁书目录Index”，脑海中装有十万三千册“魔道书”，正在从不为人所知的“魔法”世界逃亡。就这样，上条一脚踏进了魔法与科学的纷争。

本作的世界观以现实世界为蓝本，但并未说明详细历史时期，大致可以推测故事发生在虚构的近未来[d]。其历史与现实世界有共通点（如前两次世界大战、冷战等；亚雷斯塔更是现实中存在的人物），但也有显著的差异。

学园都市是科学势力的大本营，同时也是本作的主要舞台。位于日本东京西部，居住着230万人口，其中八成人口是学生，而这些学生大都是超能力开发的实验对象。学园都市具有领先世界20-30年的科技实力，掌握着多种近未来高科技兵器，并公开地培养超能力者；事实上是由统括理事会所主导的、严格封闭的国中之国。

而魔法势力则较为分散，主要由名目繁多的宗教组织和魔法结社构成，也有不属于任何组织的魔法师存在。教会势力中，十字教有三大主要教派：英国清教、罗马正教和俄罗斯正教（分别以英国圣公会、天主教和东正教为原型）；而魔法结社则包括以黄金黎明为源头的黄金系结社、依靠北欧神话理论的“捣蛋鬼”，阿兹特克系的“有翼者的归来”等。魔法势力之间常会出于各自不同的目的互相斗争，魔法师出于个人信念私自行动的现象也广泛存在。

在魔法势力与科学势力之外，尚有两不从属的一般组织与国家，如美国；作品中也出现了许多虚构的政权，除学园都市外，还有“伊莉沙里纳独立国同盟”、“巴格吉城”等。

本作中，除“现实世界”之外，尚存在更高等级的、无法以一般手段探知的其他次元的“位相”；神、魔神、天使、妖精、无法以语言名状的高等级存在[e]，也均在作品中有所提及。

停战以来已经过了三年的现在，被称为“战灾”的混乱仍然持续著的帝国。为了使帝国从战灾中振作起来，在军队里设置了专门对应的部门，就是帝国陆军情报部第3课（通称：陆情3课）以及实动小队“非战特攻队(Pumpkin Scissors)”。故事从爱丽丝·L·马尔文少尉与蓝戴尔·欧兰多伍长在某个村子里相遇开始。

每集列表

话数	中文标题	日文标题	脚本	分镜	演出	作画监督
Episode:1	透明的9号	不可视の9番	冨冈淳広	秋山胜仁	仁昌寺义人	日下部智津子
Episode:2	战灾复兴部队	戦灾复兴部队	ほそのゆうじ	稲垣隆行	远藤広隆	菅沼栄治
Episode:3	身为高贵之人	其は贵きものなりて	神山修一	岩田义彦		中岛渚
Episode:4	皴裂的肖像	ヒビ割れた肖像	ほそのゆうじ	越智博之	小高义规	村田峻治
Episode:5	肤浅的男人们	あさはかな者达（おとこたち）	福嶋幸典	仁昌寺义人		山本佐和子
Episode:6	富饶的时间	豊饶（ほうじょう）な时间	神山修一	岩田义彦	米田和博	小暮昌広
Episode:7	跳舞与被迫跳舞的人	踊る者踊らされる者	冨冈淳広	阿部雅司		菅沼栄治
Episode:8	在雪原中燃烧	雪原に燃えて	ほそのゆうじ	越智博之	岩田义彦	村田峻治
Episode:9	晨雾中的女人	朝雾の女	福嶋幸典	秋山胜仁	仁昌寺义人	日下部智津子
Episode:10	南瓜与剪刀	カボチャとハサミ	神山修一	田中雄一	唐戸光博	中岛渚
Episode:11	寂静的前兆	静かなる胎动	冨冈淳広	狩生豊	远藤広隆	小暮昌広
Episode:12	看不见的痛楚	见えざる痛み		阿部雅司		原修一
Episode:13	粗野的美味	粗野にして美味	神山修一	米田和博		菅沼栄治
Episode:14	火焰仍未消逝	焔、いまだ消えず	ほそのゆうじ	越智博之	武山笃	村田峻治
Episode:15	迷走中的选择	迷走する选択	福嶋幸典	岩田义彦		清水裕辅
Episode:16	开膛手	斩り裂きし者	冨冈淳広	田中雄一	小高义规	日下部智津子（レイアウト） 寺野勇树（原画）
Episode:17	不被救赎的黑暗	なお救われぬ暗たち	ほそのゆうじ	越智博之	浅井义之	合田浩章
Episode:18	微弱的战斗力	小さな戦力	神山修一	あおきえい	仁昌寺义人	小暮昌広
Episode:19	甜蜜的陷阱	甘い罠	冨冈淳広	阿部雅司		原修一
Episode:20	演员入场	演者入场	神山修一	狩生豊 木村隆一	唐戸光博	清水裕辅
Episode:21	木偶与人像	木偶と偶像	ほそのゆうじ	田中雄一	武山笃	田中雄一
Episode:22	孤独的天平	孤独な天秤		越智博之	浅井义之	村田峻治
Episode:23	接着甜蜜的陷阱	そして甘い罠	福嶋幸典	[明孝一	米田和博	菅沼栄治
Episode:24	军人・平民・贵族	军人・平民・贵族	冨冈淳広	稲垣隆行	仁昌寺义人	日下部智津子

背景为安那托勒与度西斯两国进行战争、并有超高技术组织基尔特公会负责两国间调停的世界“普雷斯提尔”（Prestale）。

住在安那托勒边境城镇诺齐亚的一对青梅竹马克劳士与拉薇，驾驶着父亲们所遗留的“先锋艇”（一种小型的飞行艇）进行空中运送的工作，并梦想着有一天能穿越连优秀的父亲们都无法突破的大风暴区（Grand Stream）。

故事就从有一天，他们接受了一项送信到战争最前线“米纳纪斯”的任务展开。

登场船舶

先锋艇（Vanship）

安那托勒的小型双人座飞行艇，前座为飞行员；后座的导航员则负责飞行技术、周边警戒、填装弹药等。在空中运输方面相当活跃，也有投入军用方面。让克劳迪亚（claudia）在克劳迪亚管中高速循环产生浮力来飞行，因此不需仰赖基尔特公会的飞行单位，也意味着自由的象征。严格说来是违反了基尔特的协定，但因规模小而被默许。然而如此一来的先锋艇驾驶都很粗暴，普遍被认为是一群无法无天之徒；当事者们也颇有自知之明，更为此感到自豪。有许多人认为先锋艇一大据点的诺齐亚其街道相当危险。

在各地都有举办先锋艇竞赛，从非正式到有奖金、以及讲求团队默契的持久赛等规模各式各样。

军务上在过去顶多为联络机用途，且结合对先锋艇的负面印象，军方内部也对先锋艇驾驶带有歧视。

最早将先锋艇用于战术上的即为亚力克斯，指挥塔琪安娜与艾莉斯优秀的先锋艇驾驶进行强行侦察、鱼雷攻击来有效打击度西斯舰队。有了这个先例，苏菲亚在与戴芬妮对战时所制定的战术便以先锋艇为中心，严重打击基尔特舰队。

银之战舰（Silverna）

戴芬妮发动政变、从镇压中逃亡出来的汉弥尔敦、巴席安努、达格贝家余党所乘坐的船舶，安那托勒用其飞行单位极为机密建造的船只。除了飞行单位外，还有从基尔特逃脱的人们带来的各种技术，可以想见是对基尔特带有反抗意志的安那托勒皇帝用来当作心腹而建造的。从装甲、舰炮开始各式装备都违反了基尔特工会的协定，因此能与基尔特战舰对等战斗。在外观上，船身较安那托勒标准型战舰要来的小许多、基本色调为黑是其特征。虽然也可做为先锋艇的母舰，但比起安那托勒标准型战舰所能搭载的数量似乎也较少。

另一还可做为特色的即船上所装备的多连装彻甲喷进弹。在设定方面似乎很混乱，第八集初次登场时是像回转炮一样发射；在与乌尔班号和基尔特对战时是从多发射出口发射并搭载推进力的小型弹头。另外小说版描写成“会从尾部喷火的巨大炮弹”（动画版的多连装彻甲喷进弹看起来为多发的小型炮弹），反而会被乌尔班号级的鱼雷都当成近身武器拦截。动画中与乌尔班号对战时机关全开和多连装彻甲喷进弹的发射让人混乱，显得演出与作画的不自然。根据村滨章司部落格上的记载，负责企画和文艺的铃木贵昭在设定上相当细微复杂，其设定连导演也无法完全掌握，多连装彻甲喷进弹会如此混乱才会被做联想。

流亡号（EXILE）

上古人类从荒废的世界（推测为地球）移民到普雷斯提欧之际所用的移民船。起降用的气闸虽在度西斯的湖底，第一次移民作战后就一直停泊在安那托勒与度西斯之间，在回归原来世界的准备完成前长时间处于待机状态，而当时使用暴风所建构的防护壁即为大风暴区。基尔特工会隐瞒此事实并予以传说化，再独占过去人们的科技做为支配普雷斯提尔的基础。

艾儿薇丝为再次启动流亡号的活体关键，其诞生即意味着发动回归原来世界的作战时机已届成熟。而要启动艾儿薇丝做为关键，所需的密码即为流传在基尔特四大家族的谜诗。补足艾儿薇丝诞生的戴芬妮，小心翼翼地不让支配普雷斯提尔的“流亡号”离开自己身边，并企图将艾儿薇丝与四首谜诗占为己有。以上可说是《最后流亡》故事的开端。

待机模式的流亡号在船身覆有坚硬的装甲，会将靠近物体全以触手攻击。其威力大到足以一击摧毁乌尔班号级战舰与基尔特战舰。

专有名词

戴芬妮政变事件

原本基尔特公会是由艾拉克莱、达格贝、巴席安努、汉弥尔敦四大家族组织合议制经营。然而，年纪轻轻即成为艾拉克莱当家的戴芬妮·艾拉克莱却是个没有基尔特禁欲精神的异端份子。戴芬妮企图压制基尔特，于是调动自己的亲卫队将达格贝、巴席安努、汉弥尔敦的当家赶出基尔特，掌握了基尔特大权。此后的戴芬妮又对普雷斯提尔的管理不感兴趣，使得世界变得更加混乱。

气象控制装置故障

控制着普雷斯提尔气象的装置发生异常，使得度西斯异常寒冷化与安那托勒异常暖化。之后于基尔特大权在握的戴芬妮却因无意管理普雷斯提尔就没有进行修复的工作，使得气候异常益发严重。特别是度西斯的寒冷化已严重到让他们打算移民到安那托勒。

基尔特组件

是驱动克劳地亚矿石而能让大型船舰空浮的组件，由基尔特公会提供给各国，又称克劳地亚组件(Claudia Unit)，搭载于大型的船舰上，操作者必须是基尔特人。

最初的国际战争之中，基尔特公会可以以召回组件来惩罚制裁耍手段犯规的一方。

后来在与基尔特的战争期间，戴芬妮常以召回组件来大伤反抗的舰队，所以最后在大风暴区的大反击，一开始就是要先解决掉舰内空浮组件旁的基尔特人。

银之战舰与乌尔班号的空浮组件是由逃出戴芬妮叛变的基尔特人于安纳托勒所制造，在基尔特方并没有登记，也就是操作者不必理会来自基尔特的召回命令。

关键谜诗

分别流传于艾拉克莱、达格贝、巴席安努、汉弥尔敦四大家族用以启动EXILE的关键，分别为：

艾拉克莱家族

问：“存在于天空彼岸的是”（空の彼方にあるものは）对“指引迷路的孩子回到母亲手中的东西，EXILE”（迷い子を母の手に導くもの エグザイル）。

达格贝家族

问：“把大地染成金色的波浪”（大地を金色に染める波）对“抚育生命的气息，麦之大地”（命を育む恵の息吹 麦の大地）。

巴席安努家族

问：“天使的降落之路”（天使の降りる道）对“天空的飓风之路，伟大风暴”（そは大いなる風の道 グランドストリーム）。

汉弥尔敦家族

问：“存在于记忆彼方的是”（記憶の彼方にあるものは）对“一切诞生与回归之地，蓝色之星”（全てが生まれ全てが帰る場所 青い星）。

每集列表

话数	原文标题	中文标题	脚本	分镜	演出	作画监督
第1话	First move	第一步	千明孝一	佐山圣子 千明孝一	千叶大辅	しんごーやすし
第2话	Luft Vanship	空中先锋艇		前田真宏	磨积良亜澄	ムラオミノル
第3话	Transpose	切换点	神山修一	関野昌弘	土屋浩幸	田中雄一、戸仓纪元
第4话	Zugzwang	紧急状况	山下友弘	六南匁次	千叶大辅	堀内修
第5话	Positional play	步步逼近	富冈淳广	米谷良知	吉田彻	谷口守泰、中本尚子 佐野惠理、植田二三子
第6话	Arbiter attack	审判者的攻击		加瀬充子	远藤広隆	恩田尚之
第7话	Interesting Claus	引人入胜的克劳士	神山修一	坂田纯一	西村大树	戸仓纪元、藤川太
第8话	Takeback	起手有回真小人	山下友弘	大久保富彦	渡辺纯央	ムラオミノル
第9话	Calculate Alex	精打细算的亚力克斯	富冈淳广	千明孝一	浦田保则	祝浩司、细越裕治
第10话	Swindle	设陷诈骗		大桥誉志光	青木新一郎	小林冬至生、神本兼利
第11话	Develop	各就各位	神山修一	笹岛启一	秋山胜仁	冈崎洋美、清水贵子
第12话	Discovered attack	隐藏式攻击	富冈淳广 铃木贵昭	吉田彻		谷口守泰、中本尚子 佐野惠理、植田二三子
第13话	Isolated pawn	孤立的小兵	千明孝一	小仓陈利	远藤広隆	安彦英二
第14话	Etude Lavie	拉薇练习曲	山下友弘	大久保富彦	则座诚	堀内修
第15话	Fairy chess	出人意表	富冈淳广	大桥誉志光	磨积良亜澄	戸仓纪元
第16话	Breakthrough	突破作战	神山修一	越智博之		原修一
第17话	Making material	备齐材料	富冈淳广	吉田彻		谷口守泰、中本尚子 佐野惠理、植田二三子
第18话	Promotion Sophia	苏菲亚升级		千明孝一 前田真宏	土屋浩幸	しんごーやすし、久嶋浩徳 小林冬至生
第19话	Sicilian Defence	西西里式防御	山下友弘	若林汉二		中井准
第20话	Grand Stream	伟大风暴	神山修一	大桥誉志光	浦田保则	ムラオミノル
第21话	Rook Dio	城堡迪奥		小仓陈利 吉田彻	浦田保则 吉田彻	奥野浩行、角石亜兰
第22话	Queen Delphine	戴芬妮女王	富冈淳广	秋山胜仁	秋山胜仁 岩田义彦	冈崎洋美、清水贵子
第23话	Castling Lucciola	骑士鲁修拉	千明孝一		磨积良亜澄	久嶋浩徳、奥野浩行
第24话	Sealed move	封印行动	山下友弘	松尾慎		谷口守泰、中本尚子 さのえり、植田二三子
第25话	Quiet move	安静的一步	富冈淳广	あおきえい		恩田尚之、堀内博之
第26话	Resign	弃子	千明孝一	本谷利明 若林汉二 千明孝一	若林汉二	堀内修