20XX年8月，东京的银座突然打开了“门(ゲート)”并从中出现了大量的怪物及仿若古罗马的骑士组成的军队，杀死了大量的平民，后称此事件为“银座事件”。

在事件发生后的七天，击败敌方军队并顺利攻占异世界的“门”的日本政府，称“门”另一边的幻想世界为“特别地区”(简称“特区”)，同时为了调查及防止类似“银座事件”的情况再次发生而派出自卫队(官方称特地派遣)，确保“门”的掌控。

在“银座事件”活跃的主角伊丹耀司(动机是“这样下去同人志贩卖会就要中止了!”)，在事件后晋升为二等陆尉(相当于中尉)，并率领一只侦察队深入“特区”，在为了调查遭炎龙毁灭的村子时结识并与三位美少女(魔法使、精灵、亚神)一起行动。

“银座事件”的当事人要求日本政府向“帝国”讨回赔偿，但对没有人权及国际法等概念的帝国交涉十分的困难。这时垂涎“特区”利益的世界各国也开始干涉自卫队在“门”的另一边的行动。

“门”的另一边，自卫官不断与住在靠近自卫队的桥头堡的避难村民交流，日本(地球)的文化在“特区”逐渐的传播开来。

原作漫画

双星相识篇(漫画第1-18话;动画第1-20话)

阴阳师候补的少年焰魔堂辘轳舍弃了过去想成为阴阳师的梦想，每天浑浑噩噩的度日。某天，辘轳与同为阴阳师的少女化野红绪一同被选为“双星之阴阳师”，赋予了两人将会结合，诞下“神子(太极)”以终结长年来和“污秽”的战斗的使命，并强制两人同居过着夫妇生活。被迫接受而对此感到不满的两人就此踏上了同心协力祓除污秽的道路之上。

双星黎明篇(漫画第19-33话)

双星两人为了前往土御门岛打倒石镜悠斗，斑鸠家的斑鸠士门和斑鸠小夜对双星进行测试，期间由于小夜咒力太强，因而被婆娑罗圣丸和冰铇发现并将其绑走，双方便展开激战，最终成功击倒圣丸和冰铇、救回小夜，但却也让红绪失去了咒力。

土御门诸岛篇/御前试合篇(漫画第34-50话)

辘轳与音海茧良终于抵达了众星云集之岛──土御门岛，上岛后面对众人对双星的质疑，拒绝加入十二家，反而自己成立了焰魔堂宗家，努力修行并寻找伙伴并参加比武大会“波达罗盈城御前试合”。大会中对上岛上实力第三的水度坂勘九郎，由于自身经历与勘九郎相似，因此协助勘九郎解除心结，最后苦战后获得胜利，并羸取了岛上众人的认同。

化野红绪篇/觉醒太阴篇(漫画第51-54话)

失去咒力红绪相当绝望之时，此时红绪的仇人神威突然出现，并提议去找婆娑罗千怒以恢复咒力。找到千怒后，千怒举行觉醒太阴的仪式，同时也告知双星诞生的历史及力量来源。期间，婆娑罗赫夜也正在寻找双星，并与神威对上。

悠斗讨伐战篇/婆娑罗对决篇(漫画第55-76话)

在御前试合落幕的同时，婆娑罗无恶与杠在祸野深处策划着阴阳师毁灭计划。在阴阳师们执行祓除污秽作战时，以加布罗为首的银镜、卧蛇、四皇子等四名婆娑罗与悠斗突然同时在各个地点现身发动攻击，并虐杀了一大群的阴阳师。同一时间，上位婆娑罗无恶带领大量污秽入侵土御门岛，引起巨大的混乱和阴阳师的伤亡。失纵已久的悠斗，也终于与焰魔堂辘轳展开决战。

动画原创

列岛霸乱篇(动画第21-31话)

全国各地发生的“龙黑点”事件令现实世界渐渐堕入地狱，为了阻止这场异变，最强阴阳师集团“十二天将”与神秘女孩小枝联手阻止敌人。阴阳师VS污秽的史诗决战重磅上演。

天地鸣动篇(动画第32-40话)

“龙黑点”事件后，被暗无封印起来的阴阳师首领有马能否化险为夷再次登场。十二天将的能力与过去各是什么。当主角等人焰魔堂辘轳和化野红绪亲眼目睹惨烈的战斗后，他们的羁绊是否会更进一步。

破星篇(动画第41-50话;动画版最终章)

激战过后耗损咒力的十二天将落入暗无的陷阱。辘轳将与宿敌悠斗展开最后的激烈交锋，面对实力强大的悠斗，被称为“双星阴阳师”的少年少女会想出什么方法成功应对，席卷现实世界与祸野的终极大战隆重揭幕，胜利的天平会倾向哪一边。