那是与我们的地球相似，存在着魔力的世界。二十世纪初，突然出现的敌人“涅洛伊(异形军)”，以压倒性的武力与瘴气的污染大举入侵。人类将唯一的希望寄托在能够驱动魔力机械装置“飞行脚”和“翱翔内裤”、具有魔力的“魔女”们身上;而从世界各国齐集的她们，被称为“强袭魔女”。

小说版“索穆斯没人要中队系列”

1939年，欧洲大陆面临异形军侵略的危机，远离欧陆战场的扶桑皇国决定派遣陆海军的魔女援助欧洲。在皇国近海异形军袭击事件“扶桑海事变”中声名大噪、一跃成为国民英雄的魔女穴拭智子，十分期待自己能被派遣至卡尔斯兰。然而，就任的目的地是欧洲最北境的索穆斯，同伴尽是表现不佳、被各自祖国如同资源回收般送到这里、实力与干劲都低人一等的魔女。集结各国问题儿童、被戏称“没人要中队”的“索穆斯义勇独立飞行中队”，究竟要如何抵挡异形军的威胁?

动画版

1944年，欧洲大陆已殆半沦陷，世界各国纷纷为此筹备反攻作战计划。集结各国素质优异的年轻魔女，联合军第501统合战斗航空团“STRIKE WITCHES”就此成立。在这之中，扶桑皇国出身的宫藤芳佳，因为稀有的强大魔力潜能而被501航空团教官坂本美绪相中。尽管最初因父亲之死而相当排斥参与战争，芳佳在领悟自己的能力可以用来拯救受战火波及的人们以后，带着父亲遗留的飞行脚，加入为人类战斗的行列……

就读大学的超级索尼子，除了是个学生，也担当游戏角色、写真偶像、平面模特儿以及服务员的工作，还跟富士见铃、绵拔风璃一同组成了三人乐团“第一宇宙速度”，并在其中担任主唱兼吉他手。性格努力、唯一的缺点是优柔寡断的她，却也认真度过属于她的每一天。

在有一次的表演中，因铃和风璃的缺席，索尼子只能独自登上舞台，然而这次的表演成为她人生的转捩点。

在宇宙中，存在着五个世界，夜晚和魔法支配的黑色世界(Darkness Embraces)、祈愿与众神守护下的红色世界(Terra Rubli Aurora)、科学和电脑管理的白色世界(System;white=E.G.M.A.)、武器与军队统治下的绿色世界(Gruneschild)以及蓝色世界地球。

某天，因连接五个世界的“门”突然敞开，这现象称作World Connect(世界接续)，为世界走向毁灭的信息。一旦支撑著世界的力量之源—世界水晶失去力量，一旦五个世界完全连接，一切便会毁灭，也就是世界崩溃(World End)。

而为了拯救世界的少女们被集结在蓝色世界上的青兰岛，因她们拥有特殊能力异能而被人们称为“进化者”，能与“进化者”连接并增幅其能力者称为“∝操纵者”。为了防止世界崩溃(World End)，她们将和乌洛波洛斯战斗到最后。