东京都立程久保高中二年级的少女川岛南，去看住院的好友宫田夕纪，决定代替已住院的夕纪，帮忙加入棒球部当经理。南上任后，目标定为带着棒球部打进甲子园。

但南平日全是看而不做，不知怎样才好时，在书店内误拿了一本美国管理学大师彼得·德鲁克（Peter Drucker）1973年著作的管理学入门书《管理：任务、责任、实践》（Management: Tasks, Responsibilities, Practices）。《管理》里面写的是企业经营和组织论的本质工作。

南看完这本书，深受感动，决定采用其书内的人事管理模式，思考着顾客的定义、市场、管理学及创新的重要性，将其管理知识运用在棒球部内的管理改革上，一步步把棒球部重新架构。南的棒球部管理现在开始，并带领棒球部前往朝甲子园迈进……。

正传“罪与罚与赎罪的少女(罪と罚と赎いの少女)”

“那アイ(眼/爱)会改变命运”(「そのアイ(眼/愛)が運命を変える」)

失去姐姐而过著懒散生活的男主角・皋月驱和他的青梅竹马水奈瀬由佳，突然一同被卷入一个染红的世界。然而，与另外4位来自相同世界少年少女一同被卷入到这个事件中，并且以打倒黑骑士们为目的。为了生存下去，并结束“赤之夜”，他们与黑骑士们的战斗也就此开始。

CrossOver追加平行外传“虚空镜界(虚ろなる镜界)”

“这是新世界的魔术(Real)”。(「これが新しい世界の魔術(リアル)」)

Xbox 360版追加的新系列，正外传两个故事开始于同一剧情时间点，男主角天见修隐藏他是位现代科学和魔术融合的“现代魔术师”的身份，并把距离他周围的时间、地点由手机发出。同时街上也谣传著“只要一看见分身(双重存在)后、之后就会行踪不明”。修以他身为现代魔法师的直觉察觉到这令人不安的迹象，就开始调查这起秘密失踪案件。但是他们在解决“双重存在”的问题并接连击败最后的主谋时，却使那能够对抗奈落陨落的力量“人工翠玉碑”彻底消失，于是百野刊在此之后开始正式插手正传的赤夜(幻灯结界)事件(虚空镜界篇自此结束，此时正传剧情尚未完结)。

后传“- Resona Forma -”

本作囊括Before·If·After三个故事，补完本篇中未能详细描述的过去与未来。

before

在原作‘11eyes -罪と罚と赎いの少女-’中登场，阻挡在主角面前的不死魔女“リーゼロッテ·ヴェルクマイスター”。本作将要描述这位魔女在过去与‘禁书目录圣省’的6位使徒展开壮烈死战之时的故事。

if

她唯一心爱的男人，是与她在约550前并肩作战的ドラスベニア国王，维拉德(ヴェラード)。维拉德使用拥有看见未来力量的魔具‘劫之眼 (アイオンの眼)’，让时间追溯到莉婕罗堤尚未成为魔女，走向残酷命运之前的时代，为了阻止纯洁少女 "莉婕罗堤·威尔克麦斯达"(リゼット·ヴェルトール)成为魔女而奔赴战场的故事。

after

原作‘11eyes -罪と罚と赎いの少女-’1年后的世界。由于魔女·リーゼロッテ而被迫面对严苛战斗的主角们，踏上了拯救世界的旅途，在这个过程中，主角与同伴们产生无法磨灭的羁绊。草壁美铃、橘菊理等三年级生，从虹陵馆学园毕业。驱等人则升级，各自欢乐的过著和平的学园生活。在平淡的日常生活中，他们面临了新的烦恼。

使大陆陷入混乱的“代理契约战争”之后的十年，加入了独立贸易都市哈斯曼(Independent Trade City Of Houseman)自卫骑士团的瑟希莉因为受到暴徒袭击而折断了自己的剑。拯救了被穷追不舍的瑟希莉的是一名少年——刀匠路克。路克拥有一把连大剑也能斩断的奇妙形状的武器“魔刀”。瑟希莉就请求路克帮忙打造一把新的剑。

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