游戏本传《绯色的碎片》系列
故事主角春日珠纪因父亲调到非洲工作，因此她被叫到外祖母家所在的季封村去，和外婆一起生活。被叫去的真正原因是因为一把名为“鬼斩丸”的刀因某种原因封印开始减弱，而导致村里的神明纷纷骚动了起来，又因主人公的体内流着玉依血脉，被称为“玉依姬”，而玉依姬自太古以来代代都继承著封印“鬼斩丸”的使命。
同时，五位被称为“守护者”守护玉依姬的少年们出现了。游戏中就是描写珠纪在对抗阻止封印的谜样组织逻格斯的过程中，和“守护者”之间产生的恋情。
游戏本传爱藏版《绯色的欠片 茜色的追忆》，追加游戏本传的部分剧情补述。附加外传作品《绯色的碎片 在那片天空下》则交代“鬼斩丸”被封印后，珠纪正式继承玉依姬身份和其他守护者们的互动，并分别经历情人节和秋祭（DS游戏版则追加圣诞节篇章）的事件。
《翡翠之雫 绯色的碎片2》系列
该作故事设定于鬼斩丸封印半年后，一座被高山围绕的沿海村落－锦律见村，主角高千穗珠洲是居住于锦律见村的水杜珠洲学院高中2年级学生，历代负责守护海神神社的最高位海神巫女“玉依姬”的继承者。长年以来，锦律见村的“玉依姬”肩负着祭奉龙神的使命，维护着锦律见村的和平。直至剧情初始时，龙神因故发狂，开始在锦律见村兴风作浪，珠洲的母亲暨先任玉依姬高千穗彩子为平息龙神的愤怒，牺牲自己的生命，连珠洲的义姊八坂真绪亦于抢救珠洲的过程中，不慎遭海啸卷入海里，虽然珠洲为母亲和义姊的遭遇感到哀伤，但还是强忍丧亲之痛，继承母亲的遗志成为继任玉依姬。
历劫归来的真绪再度和珠洲相会，但此时的真绪不仅性情丕变，沾染污浊的邪气，甚至还威胁珠洲将象征最高位海神巫女“玉依姬”的证明“玉依姬的勾玉”亲手交给她，否则将对其不利，转而动身离开珠洲的面前。为了寻回真绪并发掘后者产生异变的实情，珠洲决定踏上旅程，还陆续邂逅几名拥有特殊力量，被称为“守护者”的少年，进而和“守护者”谱出恋情。
本作关于玉依姬和守护者的世界观和历史设定有别于《绯色的碎片》和《白华之槛》，其攸关于丰玉姬和玉依姬的叙述，系取材于日本神话丰玉姬分娩并托子于玉依姬的典故。在《绯色的碎片》登场的珠纪和守护者们，将以协助者的身份客串登场。
《真·翡翠之雫》则是《翡翠之雫》经过剧情重制的游戏版本，在DS版附有“桃花祭”的后日谈结局。
《苍黑之楔 绯色的碎片3》系列
《苍黑之楔》的剧情背景，建立于“鬼斩丸”被封印一年后的夏天，季封村产生的异变忽然袭向珠纪和守护者们，为了查明幕后的真相，珠纪等人决意再次迎接挑战并阻止世界的毁灭。DS平台的游戏版本，附有“红陵祭”的后日谈剧情，叙述珠纪和众角色们参加红陵学院文化祭的经过。
外传资料片《苍黑之楔 迎向明天》补充说明《苍黑之楔》事件落幕后的翌年春天，通过应届入学测验的珠纪和守护者们接获大学的录取通知，面临即将来临的毕业典礼和生活变化，众人进而流露彼此间的心路转折，终结自《绯色的碎片》本传起始的系列故事。剧情模式共分为“大家的结业式”和“与你的结业式”两个篇章，“大家的结业式”为众角色的共同故事线，依据主人公的选择令剧情产生些许变化；“与你的结业式”系承续《苍黑之楔》和指定角色发展出Goodending后的续篇故事线，为主人公和个别角色的恋情作出总结。
《白华之槛 绯色的碎片4》系列
故事背景建立于距离《绯色的碎片》千年前的平安时代，该作主角词纪系当代肩负守护和封印鬼斩丸使命的“玉依姬”，因为幼年时期身为先任玉依姬的母亲卯纪之死，深陷咎责之情而无法从过去的囚梏解脱。然而随着其和“守护者”们的邂逅和相恋，词纪的命运亦逐步产生了变化。《白华之槛》的游戏本片共有15种结局，每位可攻略对象个别有Bad ending、Normal ending、Good ending的结局模式，其中仅有一个结局承接《绯色的碎片》和《苍黑之楔 绯色的碎片3》系列的历史设定。
附属外传《白华之槛 四季之诗》，则是额外描述词纪在世界恢复和平后，和其他守护者互动所发生的故事。《四季之诗》分为“春”、“夏”、“秋”、“冬”四个篇章，部分原本于《白华之槛》无法攻略的角色，将于《四季之诗》成为可攻略的对象。
该作是《绯色的碎片》和《苍黑之楔 绯色的碎片3》系列的前传，并补充说明部分《绯色的碎片》和《苍黑之楔 绯色的碎片3》登场角色的祖先的经历。
《绯色碎片 新玉依姬传承》系列
主角藤森沙弥是居住于寒名市的高中2年级学生，原本过着极其平凡的生活。某个月夜，沙弥偶然和名为鬼崎刀真的持刀少年相遇，之后却经常发现无人查觉的诡异气息和谜样生物，加上几名神秘的少年们不断地接近她，令其深陷苦恼之中。后来沙弥在险遭不明生物袭击之际，被先前于月夜里邂逅的刀真所救，以刀真为首、集结在现场的五名少年，宣称沙弥正是他们负责守护的“玉依姬”，而他们则是随侍在玉依姬身边的“守护者”，环绕在沙弥和守护者之间的冒险故事就此展开。
《新玉依姬传承》是绯色碎片系列里，唯一将剧情背景设定于现代都市的作品。守护者皆由《绯色的碎片》的配音员担纲演出。
动画剧情
某一日，平凡的女生春日朱纪(三宅麻理惠 配音)在回老家的途中遭到了魔物的攻击，索性被少年鬼崎拓磨(杉田智和 配音)所救。之后，惊魂未定的朱纪被祖母告知，长久以来，村中封印着一把名为“鬼斩丸”的妖刀。而此刻，妖刀的魔力开始渐渐苏醒，从而吸引了大量魔物前来聚集。作为“玉衣”的唯一后人，朱纪拥有着将妖刀再次封印的能力和责任，为此，一场华丽的冒险就此展开。
在朱纪的身边，出现了被称为“守护五家继承人”的男子们，保护朱纪的安全，就是他们的职责所在。除了鬼崎拓磨之外，还有傲娇自负的鸦取真弘(冈野浩介 配音)，冷静温柔的狐邑祐一(浪川大辅 配音)，年长可靠的大蛇卓(平川大辅 配音)等人。在斩妖除魔的同时，朱纪也和这些可靠的保护者们产生了深深的羁绊。
滑头鬼，是统领着百鬼夜行的妖怪总大将。十三岁的奴良陆生(福山润 配音)看似是一名普通中学生，喜欢着同班同学家长加奈(平野绫 配音)。但其实他有四分之一的妖怪血统，是大妖怪“滑头鬼”的孙子。他被 “奴良组”众妖怪尊称为少主，身边有个叫及川冰丽(崛江由衣 配音)的亲信。但他一心只想当一个普通人类，不肯承认自己是妖怪的事实，更不愿继承奴良组三代目之位。
四年前一次意外，使他觉醒了妖怪之血，暂时恢复了妖怪的相貌，但是到了白天，他又变回了人类的模样并且还会忘记自己是妖怪这件事。自此以来，奴良陆生仍过着平静的人类生活。但其实自觉醒之日起，他便已经立下志愿要继承奴良组三代目，站在众鬼之巅，成为魑魅魍魉之主。
剧情大纲
觉醒篇(第1卷;第1-8话)
奴良陆生是奴良组第一代大头领奴良滑瓢的孙子，从小就和奴良组的百鬼打成一片。原本立志当上妖怪首领的他，得知妖怪私下所做的坏事后放弃了梦想，转而想当了不起的人类。然而就在九岁那年，得知青梅竹马的朋友家长可奈搭乘校车遇上事故后，陆生在危机之下，妖怪的血液首次觉醒，并且率领奴良组前往搭救受困的可奈一行人，却发现这是为了夺取奴良组继承权、企图暗杀他的叛徒——元兴寺所为，陆生当场处决了叛徒，但事后变回人类并忘了这件事。
四年后，陆生与可奈，连同当年校车埋覆事件的当事者都升上了国中。雪女(及川冰丽)与青田坊伪装成人类陪伴陆生上下学，由古老阴阳师家族来到浮世绘町修行的少女-花开院由罗也转到陆生班上就读。之后与身为义兄弟的鸩喝下首次交杯酒后，随着接连遇上许多事件。
牛鬼篇(第2卷-第3卷;第9-17话)
由于清十字清继组成清十字搜奇侦探团后，要求展开外出集训，陆生与冰丽只得半自愿的跟随侦探团员，来到捩眼山的别墅展开集训。没想到此地是牛鬼的根据地，清十字怪奇侦探团员分别遇上牛鬼的部下牛头丸与马头丸袭击他们。冰丽为了保护陆生遭牛头丸重伤，陆生与牛头丸交战后亲自会晤牛鬼;由罗和其他女性侦探团员遭马头丸袭击之际，被奴良组的三羽鸦所救;后来得知牛鬼是为了组织着想，陆生原谅了牛鬼，并请求他继续协助奴良组，并在审判牛鬼的会议中宣布成为少头领，一旦达到妖怪成年年龄(13岁)便成为奴良组第三代大头领。
紫镜篇(第3卷;第18-20话)
可奈自从六岁那年，某次放学见到一面古怪镜子后，便屡次做着怪梦，梦中的声音总是一再提到“13岁来接她”。13岁生日当天放学后，可奈被妖怪紫镜纠缠上，千钧一发之际被妖化陆生所救。事后可奈请求妖化陆生让她更了解他的事，于是妖化陆生带领可奈来到妖怪的世界，可奈因此度过了这辈子以来最难忘的生日。
四国八十八鬼夜行篇(第3卷-第6卷;第21-47话)
身为奴良组干部的狒狒，某天遭四国八十八鬼夜行的刺客杀害。四国八十八鬼夜行企图增加势力范围，此事让奴良组提高戒备。先是风之妖怪鞭袭击滑瓢不成反被击败;袖挽大爷对清十字怪奇侦探团员夏实施加诅咒，黑田坊与陆生联手解决此事;随后在中学的学生会长选举会，奴良组与犬神的战斗引发了骚动;被派遣至四国八十八鬼夜行调查的牛头丸与马头丸，发现了隐神刑部玉章的力量来源：一把能击退妖怪的刀“魔王小锤”，却也遭受重伤。短暂归来休养期间，青田坊、黑田坊、首无、雪女、河童与陆生饮下妖铭酒作为效忠，双方人马后来在街上引起大规模的战斗。最终玉章落败，狒狒之子猩影渴望为父报仇时，滑瓢与隐神刑部狸(玉章之父)现身说明原委。此战后来以和解作结尾，但作为和解条件，玉章必须为先前牺牲的妖怪举行悼念。
邪魅篇(第6卷;第48-50话)
清十字怪奇侦探团收到来自滨海小镇的少女-菅沼品子的委托，由于邪魅占据了小镇住处，让当地居民日夜不宁，连神社司祭驱赶也无效，因此请求清十字怪奇侦探团解决此事。陆生与冰丽察觉状况有异，决定深入调查，却发现了邪魅与菅沼家的关联真相，以及当地黑帮与神社司祭联合利用式神，吓跑当地居民并且低价收购土地的恶劣行径。事后邪魅加入了奴良组的百鬼夜行，与陆生共饮妖铭酒，此事才圆满落幕。
花开院家篇(第7卷;第51-57话)
青田坊与黑田坊出外饮酒，却遇上了来自花开院家族的两位阴阳师龙二与魔魅琉，青田坊还遭对手雷击麻痹倒在垃圾堆。另一方面，陆生经过空地时遇上了独自修练的由罗，同时龙二与魔魅琉为了寻找由罗，对留着妖怪血统的陆生出手。由罗为了庇护陆生受伤，陆生情急下变成妖化状态与两人搏斗，一度因为对方使出的强力式神陷入苦战。后来因为奴良组赶来救援，龙二与魔魅琉这才罢手离去，并且给由罗留下尽快赶至京都的讯息。由罗得知了陆生与雪女的真实身份，也对陆生有所改观。
四百年前京都篇(第7卷-第8卷;第58-66话)
某个晚上，陆生因为持有刀弥弥切丸被置行堀短暂窃去，夺回刀后又遇上了找寻烟管的爷爷滑瓢。爷爷因而忆起四百年前京都被丰臣家与妖怪占据的时期，当时年轻的滑瓢与陆生的奶奶璎姬因缘邂逅彼此，滑瓢甚至当着众妖怪面前向璎姬求婚。后来发现璎姬被羽衣狐掳走后，滑瓢率领奴良组全体妖怪前往讨伐羽衣狐。由于花开院家第13代阴阳师花开院秀元协助，羽衣狐遭两人联手击败，但滑瓢历经此战役，被羽衣狐夺去一个内脏导致寿命减短。秀元将弥弥切丸转让给滑瓢后，奴良组的妖怪离开了京都。滑瓢与璎姬结婚，生下一子奴良鲤伴(陆生之父)，后来鲤伴与若菜(陆生之母)婚后生下陆生。
远野篇(第8卷-第9卷;第67-77话)
自从由罗得知本家急需她的协助后，回到了京都。陆生一直对此事感到忐忑不安，因而向爷爷提出想要前往京都的要求;但是滑瓢认为陆生的实力还不足以对抗京都的妖怪，短暂交手后，在某日安排手下妖怪，将陆生带到东北远野隐之里展开修行。起初陆生对于“畏”的掌握一窍不通，吃了不少苦头;但在镰鼬之铸铎协助指导之下，以及与鬼童丸的短暂交手，陆生慢慢掌握了“畏”的发动关键。在结束修行同时，陆生却回想起幼年目睹父亲惨遭杀害的画面。后来在远野认识的妖怪们决定和奴良组合作，搭乘飞船前往京都。陆生亦决定要终结三世代来与羽衣狐的因缘。同一时间，羽衣狐在京都的八大封印大开杀戒，花开院家、京都、全日本危在旦夕。
现世京都篇(第10卷-第16卷;第78-134话)
清十字怪奇侦探团来到京都的九坂神社做调查，却遇上了妖怪袭击。雪女与青田坊在神社与由罗会合，并且护送清十字怪奇侦探团员至花开院本家避难，得知了羽衣狐卷土重来的真相，由罗随后也和花开院的其他阴阳师加入封印保卫战;另一方面，由远野妖怪和奴良组聚集而成的联合军，在前往京都途中，由于铸铎表示对奴良组现况和实力的担忧与不信任，引起奴良组不满，铸铎和首无甚至因此引发了肢体冲突。因为鸩及时出面圆场，才化解冲突。随后奴良组众人与京都妖怪展开空战，导致宝船严重受损，在鸭川迫降。奴良组与远野妖怪先后激战京都妖怪，与由罗、花开院十三代秀元以及雪女会合，却不幸被土蜘蛛重创，连冰丽也被土蜘蛛掳走。牛鬼现身将陆生带离现场，在三天内指点陆生学会了新的技巧-“业”。另一方面，十三代秀元与由罗开始将受到解除的封印分别归位。花开院27代当家主遭到妖怪重创，将花开院的希望托与由罗后与世长辞。秀元亦因破军的法术时限，委托秋房与由罗迎战京都妖怪后，短暂的消失在众人面前。
领悟了“业”的陆生与其他妖怪抵达第三封印，顺利救下冰丽，再度与土蜘蛛交战。土蜘蛛领教了陆生“业”的力量，动身离去。同时滑瓢也赶到了京都和羽衣狐再次相会，被京都妖怪创伤。在秀元的引导下，陆生抵达羽衣狐的待产地，与其他京都妖怪决战。羽衣狐也在此时顺利产下了鵺(安倍晴明)。但是就在晴明突破巨婴外壳没多久，羽衣狐的宿身却忆起被羽衣狐附身前的记忆，羽衣狐因为宿身的问题，不得不脱离宿身，最后坠入地狱。晴明以百鬼之主自居，代替羽衣狐率领京都妖怪对抗陆生等人。然而晴明却因为身体无法适应，最终带领多数京都妖怪走入地狱之门。
事后，滑瓢现身向陆生说明，鲤伴在迎娶若菜为妻以前，曾和一名叫山吹乙女的女幽灵结为夫妻，乙女认为结褵多年却无子嗣是自己的错，留下诗句并且离开。后来在地狱里，因晴明的计划而被视为鲤伴的弱点以及羽衣狐的宿身，因此以小女孩的姿态被复活，并且与陆生相遇，而她的记忆与身躯都受到控制，最终杀害鲤伴然后成为羽衣狐宿身。乙女再度回忆起和鲤伴之间的记忆，便在陆生的怀里辞世。陆生恳求滑瓢将三代大头领的位阶传给他，并且希望能亲自为父亲与乙女报仇。秀元告知滑瓢，晴明约在一年后从地狱卷土重来，并且与陆生委托花开院秋房重铸已经粉碎的妖刀弥弥切丸。回到浮世绘町后，陆生正式成为奴良组第三代大头领。
腊月篇(第16卷;第135-137话)
京都战役结束四个月后，奴良组的干部成员有了大幅的变化，牛鬼成为奴良组干部管理员，青田坊、黑田坊、冰丽晋升为奴良组干部。为了准备腊月庆典与收集“畏”，冰丽被派遣到曾经由母亲雪丽管辖的锦鲤地区，并且在古董市的摊贩手中，得到名为“大正浪漫硝子”的冰钵，被寄宿冰钵里的付丧神阿凉认做主人，还将多个冰钵里的付丧神收为己有。一开始锦鲤地区的荒川一家对冰丽表现不友善的态度，但后来因为冰丽勤奋的态度，以及为了保护人类挺身对抗濑户大将的勇气，荒川一家对冰丽彻底改观，并且在事后决定服从冰丽，阿凉等诸多冰钵付丧神也成为了冰丽的组员。腊月时节，奴良组举办宴席庆祝腊月，鸦天狗也带着三名子女回到故乡探望妻儿，新的一年也就此来临。
百物语组篇(第16卷-第21卷;第138-184话)
某次放学后，陆生从猩影口中得知最近流传的“小径怪谈”并介入调查，两人还联手杀死了引发“小径怪谈”的真凶切裂魔，却意外得知百物语组开始侵犯奴良组领域的消息。另一方面，竜二和由罗收到调查命令，去调查一座传说中的“食人之村”，并且歼灭了因怪谈而生的妖怪，还发现有人借机搜集百物语的异常迹象。就在这时，一只名为“件”的妖怪发出“不杀死半人半妖的奴良陆生，日本就会大乱”的预言，结果，人类开始追击陆生。在陆生忙于逃命时，突然被百物语组的妖怪袭击，并得知原来一切都是他们的所为，更在保护人类时被发现其妖怪的真实身份。此时，百物语组向奴良组发出“如能在天亮前在东京内找出百物语组中的7位干部(手、耳、口、脸皮、脑、鼻、骨)并把他们都灭掉，就是奴良组的胜利”的挑战，使陆生不得不开始这“捉迷藏”的赌注。
御门院家/清净篇(第23卷-第25卷;第185-207话)
与百物语组一战结束后，竜二来到奴良组本家告知陆生弥弥切丸已完成，命他速到秋房所在的恐山取刀。随后陆生、竜二、铸铎、冰丽四人来到远野寻找赤河童了解有关御门院家的事情。在赤河童那里，他们见到了一张在250年前记录下的，画有御门院家历代当主形象的画卷。并得知御门院家使用了长生之术使其子孙活了250年之久。
陆生召集全国百鬼之主组成联合军对抗晴明。突然御门院第七、九、十、十一代当家在晴明回来前率先攻击九州的百鬼的消息传来，陆生就立刻前往九州。九州之战陆生成功击退，之后晴明归来。
陆生重整军备准备进攻螺旋城时，御门院第三 七代先下手为强进攻到奴良组大本营，大本营就由奴良组初代头领和初代成员防守。在龙二的帮助下，突破了天海所设下的“双螺旋结界”，陆生与百鬼集于葵城大门前，准备与晴明一决雌雄。
葵螺旋城·最终决战篇(第25卷;增刊号3话)
陆生在百鬼的帮助下，突破了两个葵螺旋城的离殿，凭着自己的意念击败了御门院二代，羽衣狐为确定晴明的用意而与其正面交谈，但最后还是打了起来，这时陆生与前来支援的土蜘蛛等攻上螺旋城正殿，陆生、羽衣狐领着各自的百鬼一同对抗安倍晴明，最后陆生和羽衣狐用鬼缠做最后攻击。结果陆生杀死晴明，获得胜利，但伤势过重由羽衣狐带到半妖之里治疗养伤。
全剧终：因为陆生养伤归来与补办庆功宴而向全国的百鬼发出邀请，最后画面雪女冰丽迎接陆生归来及羽衣狐目送。
注：羽衣狐的登场是初代头领所复活。与晴明一战是因为与山吹乙女的灵魂融合成了拥有母性的妖怪后，为了切开与晴明所造成的一切。与山吹乙女的灵魂融合后的羽衣狐视陆生为她的儿子一般。
用语解释
| 名词 | 简介 |
|---|---|
| 百鬼夜行 | 由妖怪首领统率的妖怪部队，在每个百鬼夜行旗下还有细分组别。一旦某个妖怪首领落败后，与战胜那方的妖怪首领互饮交杯酒，即意味着投降，而且必须跟随在胜利方的百鬼夜行殿后。当首领越强悍，百鬼夜行也会随之增强。 |
| 妖铭酒（交杯酒） | 在妖怪的仁侠世界里，酒杯代表着不同种族妖怪同志们缔结的血盟。当妖怪愿意成为妖怪首领的百鬼夜行成员，并宣誓对其效忠时，就得和首领互饮交杯酒。义兄弟朋友之间的酒杯是五五分，代表对等的立场，但当时妖怪渴望七三分的酒杯，代表发誓效忠的七三分酒杯，是没有真正信赖的话，无法做到的契约。 |
| 回状（通告书） | 向妖怪界宣布放弃妖怪首领位阶的书信，一旦发出通告便不可反悔。 |
| 一番街 | 由奴良组管辖的地区，属于妖怪界的娱乐场所，各种娱乐和餐饮事业在此经营。主要管理人是奴良组的化猫组员，此地区只在夜晚营业，到了早上便自动打烊。 |
| 浮世绘町 | 本作的主要故事舞台，陆生和奴良组本部的居住地。 |
| 魔道 | 当人类极端的负面精神接触到了灵性，便会坠入魔道，化成妖怪。 |
| 土地神 | 每个妖怪首领家里，都会有土地神的存在，虽然本身战斗力不高，却是“畏”的核心。一旦妖怪领土的守护神消失了，等同领地遭受剥夺，因此对于领地内的土地神会特别保护。对土地神而言，人对祂们的信仰，就是祂们的力量来源。只要该尊土地神长久不受供奉祭祀，力量与身型会逐渐缩小，严重者甚至从此消失。奴良组的收入也是来自于人们对土地神们的奉财。 |
| 阴阳之力 | 这世界的法则，由阴与阳形成。阴指的就是妖怪，在黑暗中隐藏自己的姿态，称得上是阴的存在。拥有阳的力量可将阴消灭，驱魔术正是用此原理运作，也正是人类的阴阳术。此外，陆生的“明镜止水·樱”也是阳的力量。 |
| 式神 | 阴阳师自在施法的超常存在，既是鬼神也是守护神，每个人所能使用的式神并不同。每次操作式神会消耗精神力，同一时间能够操纵的式神数量与持久度，必须视施展者本身精神力强弱而定。 |
| 退魔刀（妖刀） | 由阴阳师所制成的特殊刀刃，对于妖怪有相当程度的杀伤力。目前被制出的已知名妖刀有三把：
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| 活肝脏信仰 | 起源于中国妖怪们互相争夺三藏法师的胆（内脏）的传说，婴儿、巫女、皇女等这些越是尊贵的生命，越是拥有增幅妖怪力量的能力，妖怪们深信不疑且誓死追求，变成活肝脏信仰。 |
| 畏 | 身为妖怪，让人感到恐吓、威严、或尊敬之念，是作为妖怪的存在感。
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| 庆长封印（螺旋封印） | 封印京都的地点，所在地分别为贰条城、相克寺、鹿金寺、西方愿寺、清永寺、龙炎寺、柱离宫、伏目稻荷神社。当年羽衣狐被击败后，花开院秀元特地设下的结界封印。由于封印路径形状如同螺旋般，因而得名。 |
| 鵺池 | 位于第一封印贰条城的地下池，中央的石柱封印着京都的怨念，由于京都长久累积的怨念汇流于此，因此池水浊黑。是生育“鵺”的池子。羽衣狐就是在此准备生育并产下鵺(安倍晴明) |
| 战略妖塞（宝船） | 奴良组特有的交通工具，长著一双眼，拥有手臂持扇飞行的船只。船帆印有奴良组的代纹，有会议室，宿舍和厨房。拥有自我意识会说话。 |
| 重轻石 | 被供奉在鸟居前的特殊石头，可借由拿起它来预知吉凶，若是尝试者拿起重轻石的感觉比想像中还要重，不幸的事就会降临在尝试者身上。 |
| 依代（依り代） | 有些拥有转生能力的妖怪（例如羽衣狐），会借由投胎转世的手段，附身在某个人的身上。被该类妖怪附身的肉身，便称做依代。被妖怪附身占据的肉身，会被妖怪占领自我意识，并且失去被附身前的记忆。每逢妖怪附身的肉身死去时，那些拥有转生能力的妖怪将会离开该名肉身，寻觅下一位附身的对象。一旦肉身的体质产生了排斥作用或是回忆起被附身前的记忆，妖怪将无法继续附身在该名肉身的躯壳里。 |
| 地狱 | 所有人类或妖怪，死后必定会前往的地方。有的妖怪在得以重生（或转世）以前，也会在地狱等待转世的时机来临。 |
| 百鬼的茶锅 | 掌权之人世代流传，只有“怀有畏之人”才能使用，能够收集“畏”的茶锅。 |
| 人入之符 | 当人类需要进入非人类的领域或逃离妖怪的追击时，就会需要名为“人入”的阴阳术，来保护自己顺利通过非人类的地带，而注入这股力量的符咒，就叫做人入之符。当使用者抱持拒绝妖怪的心使用人入之符时，甚至可以借此消灭妖怪。另外，玛瑙制的手链，则是可以用来作为被妖怪攻击时的替身。不过人入之符和玛瑙手链最大的缺点，就是使用一次后，力量就会全部消失。夏实和沙织在百物语篇使用的护身符咒就是由罗给予的人入之符。 |
故事主角夏目智春在三年前空难意外幸存后，开始被自称守护灵的青梅竹马水无神操绪依凭，在高中开学前搬进了其兄长夏目直贵曾居住过的闹鬼房屋鸣樱邸，同日，穿着黑色服装的美女黑崎朱浬受其兄长之托将银色手提箱交给了夏目智春，并唤醒了名为“机巧魔神”的谜之兵器。被下达了必须运用兵器拯救世界的智春，却又遇上了自称恶魔的巫女，还有同样被幽灵缠上的学生会长等人，作品就以这些人为中心展开。
用语解说
黑科学
以下是关于本篇科学部部长代理?黑崎朱浬归纳关于黑科学的说法与主要部分(参照第一卷)。
自古以来，魔术和科学是相同一起的，炼金术遗留下来的东西对今日的化学贡献做了很大有名地的事，不过，但不仅只有那个。 现在的科学是将过去在于多样的领域还原到极限继续追究只为当作一个准则，现在为了试图也日夜尝试找寻着。 所谓“黑科学”是指在那个提出想法上对主张不同的事物。
炼金术成为转换化学并且代表一种手段，数学与卡巴拉密术(塔罗牌)是最先进的秘诀，天文学与占星术也因诞生。 在重新考虑此处的话，截至上述“只有一个准则”以实际来说是很奇怪的事。在魔术打破一切相关规则。 占卜?卡巴拉与炼金，不过，黑魔术和善意(白)法术存在于魔术里。 有时，如果像黑科学也像必然对立的两个不相容不必然性地存在可笑。 换句话说，现在以广泛而闻名的现代在科学上做对立的还有一个理论体系，那个就是“黑科学”。
机巧魔神（アスラ?マキーナ）
总数二十一部，为了对抗恶魔而仿造的机械恶魔仿造品，称为“魔神(机神)”，高约四米。
从演操者的影子中出现，消耗副葬处女的灵魂，根据演操者的命令而活动。 各个机体都有自己各自的特性, 因此拥有的特殊能力也因机而异. 召唤及使用特殊能力时会念出各机独有的咒文。机巧魔神只会在装载着副葬处女的容器被破坏，演操者死亡或副葬处女的灵魂消耗之情况之下才会机能停止。
存在着机能扩张用的增设物品。
小说原本设定中，是说其中十部有金属名字的机巧魔神更为强力。
以下为已登场的机巧魔神（如无特别注明的话是第二巡世界之人）:
黑铁（クロガネ）
演操者:橘高冬琉（前任）→夏目智春、副葬处女:橘高秋希（前任）→水无神操绪、能力:重力制御
漆黒的魔神，在机巧魔神中以高性能为自豪。
其能力“黒之拳撃”，可以产生出高重力能源球用作攻击，及歪曲空间构成防御壁来防御。正体为黑洞的生成及操作，拥有凌驾光速，核心为无限重力之状态，改变时间流动的能力(根据与蔷薇辉一战中在时间停止状态中仍能活动来推断)。
召唤语为“来吧，黑铁！”（来い、黑鐡!）
咒文为““出自比黑暗更为黯淡的深渊－其为、科学之光所投下之影！”（闇より暗き深淵より出でし―其（そ）は、科学の光が落とす影!）
黑铁·改（クロガネ?かい）
演操者:夏目智春、副葬处女:水无神操绪、能力:重力制御·空间切断
恶魔相关
恶魔（悪魔）
表面上与普通人类并无区别，根据种族的不同所能使用的能力也有所区别。
尤其是女性恶魔通过与人类进行“契约”，可以获得召唤使魔的能力，而男性恶魔则在基础战斗能力上有较大优势。
使魔（使い魔）
女性恶魔给与契约者的力量的具现化的象征，从属于契约者。
由恶魔属性的不同具有诸多特殊能力，有着与机巧魔神匹敌的战斗能力。
分为幼体与成年体两种形态，虽然具体的成长条件不明，不过若父母双方（即恶魔与契约者）之前的关系不好则使魔也会难以得到成长。
魔神相克者（アスラ?クライン）
参见“机巧魔神相关-魔神相克者”
学生会（生徒會）
第一学生会（第一生徒會）
洛芦和高中公认的学生会之一。隶属于被称为神圣防卫队的国际治安维持组织，负责保证校内的安全，以及管理运动系社团。
他们主张恶魔的存在是世界灭亡的原因，所以要清除校内危险的恶魔。
第二学生会（第二生徒會）
洛芦和高中公认的学生会之一。又被称为巡礼者商联盟，负责校内委员会的活动的管理。
他们主张为了防止世界灭亡需要大量的资金，为了赚钱，他们接受了许多非法的工作依赖。
第三学生会（第三生徒會）
洛芦和高中公认的学生会之一。是被称为王立科学狂会的国际学术机构的支部组织，他们研究的是被称为黑科学的技术。负责管理文理系社团。
他们主张恶魔的能力是拯救世界灭亡的关键，与第一学生会相对立。