就读水明艺术大学附属高中（通称水高）的神田空太，一年级夏天时在宿舍偷养弃猫而被校长叫去问话，并要他把猫赶走，不然就被迫搬出宿舍。身为爱猫一族的空太，因为反抗权威，结果被撵出宿舍，流落到学生口中“恶名昭彰”的“樱花庄”，开始了他与其他房客的生活。隔年春天，随着世界级天才画家椎名真白搬进了樱花庄，空太开始过着被这名缺乏常识的少女耍得团团转的日子。

用语

樱花庄（さくら荘（さくらそう））

本作故事的主要舞台。两层高的古老木制公寓。最初是作为一个能让水高学生的美术与音乐才能得到伸展的自由开放的地方而建立，但由于有许多在普通宿舍里出现生活问题而被赶出来的学生居住于此，故“樱花庄”也被称为“问题儿童的老巢”（問題児の巣窟）。庭院种植有樱桃树。由于樱花庄未设立宿舍护理员，故所有住户必须自行整理家务，每个月还需强制参加校外清洁。

在空太就读高二时，学校理事会曾因“抗震问题”为缘由提出拆迁樱花庄的决定。对此樱花庄的所有住户多次举行抗议活动（包括学生联署）但效果甚微，最后，仁和美咲利用毕业典礼的演讲时间进行全校动员，最终化解危机。但随着伊织等人的毕业，樱花庄依旧被予以拆除。

水明艺术大学附属高中（水明芸術大学附属高等学校（すいめいげいじゅつだいがくふぞくこうとうがっこう））

简称“水高”（「スイコー」），本作故事的次要舞台。分为普通以及艺术两种学科。艺术学科下分美术以及音乐科。空太、七海、龙之介与仁（于第六集毕业前）是就读普通科，真白、美咲则是就读美术科。虽然艺术学科的单学年总人数仅有20人，但由于菁英化的培养制度，而吸引全国各地的学生报考。

水明艺术大学（水明芸術大学（すいめいげいじゅつだいがく））

拥有艺术相关学科的大学，在水高的旁边，教育设施丰富。

每集列表

故事设定在24世纪。彼时人类在火星上进行地球化改造工程，由于两极冰帽融解的水量超乎预期，全星球有90%被海洋覆盖，因而被称为“水星”(Aqua)。在此星球上有个以过去被称为“水都”的威尼斯为范本所建造的城市新威尼斯(Neo-Venezia)，因其仿古的建筑与承袭传统的生活方式而广受观光客喜爱;而其中有一种驾驶贡多拉穿梭于运河之间、带领观光客游览整座城市的职业，称为领航员(Undine)。

出身于地球(故事中称为“行星Manhome”)的水无灯里，以成为能独当一面的领航员为目标而来到新威尼斯，在“亚利亚公司”(Aria Company)见习;身为半熟手的她，每天都持续练习操控贡多拉及观光导览。《水星领航员》便是在描写灯里以及她身旁的朋友在一年四季中的日常生活点滴。

在本作品里出现的Undine(本意为水之精灵温蒂妮)指的是专为观光导览的贡多拉操控者。能从事的只有女性，是Aqua的明星职业。

领航员手上是否有戴手套为能力的指标：见习生的手为双手套(Pair)，半熟手为单手套(Single)，能独当一面的老手则无手套(Prima)。这是因为有本事的领航员不必使用过多的力量即可操控贡多拉、手也不大会起水泡，所以也就没有戴手套保护的必要了。

Pair 升级 Single 的测验是操控贡多拉到达称为“希望之丘”的地点，而此为测验内容、其位置与路程皆禁止泄漏;要升格为Prima，虽须通过贡多拉协会特定的考验，但升级并无明确标准，一般是交由各家公司或负责指导的前辈，关于测验的方法或标准完全由主考官决定。Prima 的平均升格年龄为18～20岁，成为 Prima 后便可允许为自己取个通称。

可以自由营业载客的只有无手套，单手套需有负责指导的无手套陪同。渡船(Traghetto)则允许单手套自行营业的，费用上比起Prima 较为便宜，也是由于 Prima 所操控的贡多拉较为安全之故。灯里经常使出“不收取费用，而以朋友的名义乘船”的钻漏洞招数，因为“规则上所禁止的是单手套以下的领航员所控船之营业行为，并非禁止让人一同乘船”，而周遭的人们也会默许。此招的发明者是以消磨时间为目的而想免费乘船的看火人阿晓;动画里的发明者则是小爱，只是后来阿晓也免费乘船。此外，单手套也能以助手的身份搭乘无手套所操控的贡多拉，动画中却有身为双手套的艾里须搭乘雅典娜或晃所操控之贡多拉的场面，小说里同样也有雅典娜的贡多拉让艾里须搭乘的情况。在月刊Undine第3集(18月号)里，艾里须操纵贡多拉，却在有雅典娜搭乘的情况下接受采访，想来也是用这个招数来随机应变。

领航员的制服为统一，夏天为类似水手服的衬衫(亚利亚公司的设计有很大的不同，衬衫的前襟为西服领，只有后领还保留水手服的形式)、贴身衣则为下䙓带有开口的连衣裙，再加上帽子、鞋子、和半指手套，胸口系上领结;冬季服饰方面，从长袖连衣裙的上面、肩膀的地方披着系有领结的短斗蓬(手套的设计也和夏天不同)。每家公司的服饰花样、帽子、领结、鞋子、手套、及连衣裙下䙓的开口位置不尽相同，成为各家公司的特色。另外在袖子和帽子上则带有各家公司的标识。

故事主要讲述一个基于非现实人类形态的人类世界，一群女高中生们的日常生活故事。作者也通过故事的世界观描述与角色日常话语间提及的事件，借此对现实社会的反乌托邦式的讽刺。君原姬乃是个住在彼方市里的人马高中女生，她和好朋友希、羌子，还有许多同学们，一起度过普通的高中生活。女生之间的悄悄话、话剧表演、恋爱话题、对未来的憧憬…… 作品描述在这样一个奇妙世界里的学园生活。