故事背景以日本的明治末期作为舞台，描述天才歌人石川啄木与同乡好友金田一京助为了揭开东京（江户）悬疑事件进行的侦探调查。故事随处可见当代文学新星汇聚“菊乳舍”清谈。

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在史上最大规模的世界大战结束后，各国认知到战争太不符合成本效益，于是在缔结和平协议，摒弃明刀明枪的光明战争后，投入大量资源训练间谍，展开以资讯战为主的影子战争。

女主角之一、代号“花园”的百合是迪恩共和国的间谍学生，因自己冒失的性格而成为学校中的吊车尾。有一天，她被招募到由实力强大的间谍“燎火”克劳斯刚创立的“灯火”小队。“灯火”是专门解决“不可能任务”的间谍组织。虽然怕死但一心想着出人头地的百合到了“灯火”的根据地“阳炎宫”后，在大堂遇见其他六名少女，才发现这支小队除了长官克劳斯之外，其他成员都是跟自己年龄相近，而且在其他间谍学校也是吊车尾的问题学生。再者，克劳斯虽然身怀极为高超的间谍技术，却因自己太过于天才而缺乏教导他人的能力，更令百合对一个月后的任务担心不已。她们在阳炎宫一起生活时有一些规矩，包括第26条“七人合力生活”、第27条“外出时要拿出真本事”等等，也是莫名其妙。就这样子去执行“不可能任务”，恐怕难逃一死。百合面对眼前的必死困局，下定决心展开计划。

原来在迪恩共和国最强的间谍团队“火焰”覆灭后，克劳斯身为仅存的成员，亲自从各大间谍学校中挑选多名少女，创立间谍团队“灯火”。他根据“火焰”最后任务惨败的情形，判定“火焰”中存在叛徒，而且阳炎宫内可能存在窃听器，因此在各大间谍培育学校中，刻意选取尚未毕业的吊车尾学生，以避免人员情报外流。在第一次任务前，“灯火”一直假装成团队内只有七人来混淆视听。在成功完成生化武器夺还任务后，克劳斯原本打算解散“灯火”，并将成员送回培育学校。不过，在成员的坚持下，“灯火”继续运作。