第1季

天才黄金脑(Phi-Brain)是指拥有黄金比例大脑之人，而主角大门界人作为Phi-Brain的候补者之一，为解开传说中的“神之谜题”而展开一场冒险。热爱解谜的私立路德学园高一学生大门界人，在偶然的机遇下挑战了潜藏在学园近郊地下遗迹中的“不可解之谜”，那是由神秘的智囊集团POG所制造的、招致生命危险的“贤者之谜”。被真相激怒的大门界人漂亮地攻克了贤者之谜和愚者之谜，意外地从中获得了“Solver(解答者)”的指名。于是大门界人与青梅竹马的少女井藤野乃叶以及其他拥有解答者身份的同伴们一起，以存在于世界各地的“贤者之谜”和“愚者之谜”为舞台，与POG展开解谜对决。

第2季

与POG结束战斗的界人及同伴们，不断挑战世界各地馀下的愚者之谜并过着和平的学园生活。

有一天，持有俄尔甫斯手镯的谜之团体“Orpheus Order”将整个路德学园封锁了。

接受了从Orpheus Order发出挑战的界人，在学园内的制裁之谜内与普利谢尔对决。可是，之后等着他的，是被由复制的俄尔甫斯环操控着的路德学园学生所制作的致命谜题。

第3季

在Orpheus Order之战后，成功晋级并开始了平稳的学生生活的大门界人面前，新的敌人莱赛尔出现了！

第2轮的挑战开始了！握有关键的是挑战“神之谜题”的男人——真方仁。而最终界人是否能掌握“仁的真实”呢？

童年即为好友的大岛裕树与住吉千里，一同升上了拥有超过6000名学生的“私立高藤学园”二年级，并和以前的朋友木场美冬共同参加了“食品研究部”，虽然这个社团只不过是大家买零食分享，可说是废社中的废社，社团的成员却都很喜欢这样的社团相聚时光。不过危机发生了，最有可能当选下届高藤学园学生自治会会长的东云皋月宣布，要整顿学校中没有实绩的社团，“食品研究部”更是被点名解散。为了避免食品研究部面临解散的危机，食品研究部决定，要在选举中击败东云皋月。 于是，住吉千里将大岛裕树拱上台面参选，阻止食品研究部免解散的危险，社员们积极的投入这次的选战，中途加入并且很少说话流露情感的社员森下未散，也在这过程中改变著。 另一方面，在参选的过程中，认识经济特优生青海衣更与前学生会长毛利夜云，逐步发现学校的问题点。为了社团的存续，以及对于学校问题的改革，裕树决定与社员们一起，认真投入学生会选举。

每集列表

话数	日文标题	中文标题	脚本	分镜	演出	作画监督
第1话	廃部！	废部！	高山克彦	喜多幡彻	唐户光博	立川圣治
第2话	出馬！	出马！			秋田谷典昭 朝木幸彦	森前和也
第3话	戦略！	战略！		高本宣弘	驹屋健一郎	小关雅
第4话	資金！	资金！		堀之内元	铃木芳成	安形佳己
第5话	祭典！	祭典！		金崎贵臣	中智仁	片冈育 平野勇一 岛千藏
第6话	開票！	开票！		后信治		中原清隆
第7话	合宿！	合宿！		堀之内元	安藤贵史	铃木勇 诸石美雪 百濑惠美子
第8话	真実！	真实！		伊藤真朱	岩田义彦	森前和也 古川美树
第9话	事故！	事故！		金崎贵臣	驹屋健一郎	井口真理子 余岛郁枝 谷友子
第10话	錯綜！	错综！		池田隆史	秋田谷典昭 朝木幸彦	立川圣治 中原清隆
第11话	捜索！	搜索！		小林智树	中智仁 野亦则行	片冈育、服部宪知 平野勇一、谷川政辉
第12话	投票！	投票！		堀之内元	安藤贵史	铃木勇、猪股雅美 立川圣治、梅津行则 诸石美雪、森前和也
第13话	恋妹！	恋妹！			仁昌寺义人	立川圣治、猪股雅美

用语

私立高藤学园

作为故事背景，拥有6000多名学生的巨型学园。校门前有两座斜张桥“双子桥(双子桥)”。

原则上禁止打工。

可自由选择通学或是住宿，同时拥有对角需步行十五分钟的广大校地。

S特

“Secret 特务员”的略称，从事类似于间谍的工作。

一边作为学生生活，一边秘密调查学校生活，并向治安部提供情报，令治安社能在发生大事前处理问题，经过一排的训练后，所有S特训练生也会有直属上司。

社团活动

拥有超过100个的同好会或社团，其中也有领了社团补助金但没有实绩的社团。

校地内有“部活栋”，拥有完善的冷暖气设备，还有露天澡堂。

食品研究部

大岛等主角们所属的社团，通称“食研”(ショッケン)。

部活动是用部费零食吃并研究的社团，但在任何人看来都是“以部费买零食吃”而已。

因为被东云列为废部候补所以参与下届自治学生会长竞选。

动画版中，部室中放置了不少希美发明品，也有所谓“食研七誓”(ショッケン七つの誓い)的社团誓言。

FNOS(“腐之巢(腐の巣)”)

简单来说就是“腐女子同好会”。

主要从事BL相关物品的购买、BL CP(配对)讨论的同好会。也有在同人志即卖会上贩卖同人志，但仍被列为部费削减对象(30%)。

FNOS是“Female Nation Of Single”的简称。

惊叹祝祭部

简单来说就是“模型部”。

主要从事模型的收集、制作或贩买的社团。因为制作成品的完成度很高，在模型界中拥有一定人气。虽然说有参与些活动并贩卖由社团制作的模型，但仍被列为部费削减对象(50%)。

新闻性社团

ASP

正式名称为“Anti Suppression Paper”。

暴露了治安部秘密处理的大泽事件，热烈讨论著“学员问题”等等的新闻部。由于自治委员会也忌讳著，而传出可能会被废部的谣言。

第一新闻部

正式名称为“高藤学园第一新闻部”。高藤学园代表性的新闻性社团，报导内容多样化。

マス研

正式名称为“マスコミ(Mass communication)研究部”。校内知名度仅次于第一新闻部的新闻性社团。

FPR18

新闻性社团之一，正式名称为“Free PaperR18”。主要报导八卦谣言等内容。

SMC

新闻性社团之一，正式名称为“Super Morning Club”。主要报导意识形态等内容。

リポ研

新闻性社团之一，正式名称为“リポーター技術研究部”。

NUY

新闻性社团之一。因为主要内容枯燥，缺乏有趣内容。

其他社团

空气相扑部

想像面前有对手并进行相扑的社团。因将大量社费花费于相扑火锅而被东云皋月说“空气的相扑火锅也可以”。

犬锅研究部

字面上容易被误会是韩国的补身汤，实际上是类似于猫锅。

但是部活动原则上禁止宠物进入，活动主旨则改成“制作让大型犬也进得去的锅子”部，但锅子的制作费被认为是不必要花费而被列为部费削减对象(50%)。

偶像研究部

发行“高藤美少女100选”的社团。

数年前“高藤美少女TOP10”的企划仍在实行时，遭到校内女学生们的反对而被自治委员会通告要求废除，而现任部长则为了要恢复社团而努力。

空气山岳部

仅在动画版出现。

一个人想像在山中登山的社团。

但是由于不透明的活动过多，同时也怀疑有善用部费，财务部数度要求提出部费明细但过了半年仍没有回应而被列为废部对象。

臭氧层破洞观察会(オゾンホール覗こう会)

仅在动画版出现。

实际活动不明、部费运用不明，同时因为部员人数暴增而要求增加部费的疑点，对于财务部的调查也处于不合作的恶劣态度而被列为废部对象。