在21世纪中叶，联合国强制性地减少二氧化碳排放水平，以缓和全球暖化危机。 结果，经济市场转移到碳贸易。后来，一次巨大地震毁坏了日本关东地区，在无法缴付碳税的情况下，只好把东京变成吸收二氧化碳、全世界最大的“密林区”。与此同时，阿特拉斯（アトラス）计划则开始重建东京和监督政府组织，反政府组织METAL AGE（メタル?エイジ）则由于它压迫自然环境而反对。然而，阿特拉斯只能容纳350万人，并且多数人民不允许移居进去，只能在地上以难民的日子苟延残喘。故事则围绕一名18岁的少女北条国子而展开。

用语

阿特拉斯（アトラス，Atlas）

东京都中心耸立的超级空中都市，13层的建筑物，每层面积650万平方米高数百米，只能供3,500,000人居住。平民要移居到里面只有购买“阿特拉斯公债（アトラス国债）”或抽奖两种方法。国民亦分为Ａ至Ｇ阶级，A至D级可以入住阿特拉斯，Ａ阶级者拥有生杀大权，多为阁僚及特权阶级（例：鸣濑凉子）。普通居民顶多成为Ｂ阶级人士。

阿提特斯各层名称：

第三层：新六本木

第四层：新代代木

第五层：新霞关

第六层：新迎宾馆

第八层: 阿特拉斯公社总部和和政治机能的集中地。

第零层：元皇居

第十三层：新皇居

在A阶级上尚有两种更高级的身份，即AAA和AA，其实都是指阿特拉斯下任的领袖的候选人。本来只有AA，但因为武彦为了逼使阿特拉斯最高决策层提早委任新的领袖，而追杀其他的AA成员。阿特拉斯只好在呼声最高的国子和美邦中，故意以人质和武力威逼其破解阿特拉斯的主电脑的宙斯密码，但因为两人都在指定时间内成功解码，而只好暂时把两人称为AAA和作全面保护，以备下次再选举。至于其他AA成员仅有凉子正式登场。而后宙斯突然因为其为旧日本皇室顺序合法继承人授与国仁AAA的称号，香凛以平民身份成功解码又再度增加了AAA的候选人，结果引发了操作者认为其出现故障而把格式化，结果引起自卫队的数据链路失效和金属世纪乘虚而入，展开了故事终局的战斗

阿特拉斯公社（アトラス公社，Atlas Corporation）

推动阿特拉斯计划的公司，拥有和日本政府不相上下的权力。其外观颇像出云大社。第一任总裁为北条凪子。

伊卡洛斯（イカロス，Icarus）

人造卫星，负责监测二氧化碳排放量。

美杜莎（メデューサ，Medusa）

拥有预知碳素税指数的能力、具人工智能的程式，由香凛及张等人研发，比香凛想像中成长得更快。本体位于“避税港”、马绍尔群岛海底。

秋叶原（あきはばら，Akihabara）

治外法权的地区兼非武装地带，全日本最大的黑市。多数非法组织（例：METAL AGE）均在这儿购买枪枝、武器等用品。目前态度为中立。

代达罗斯（ダイダロス，Daedalus）

是一种以遗传因子所制造出来能吸收大量二氧化碳、繁殖力极高的植物，长于“密林区”里。由于会释出有毒的氮氧化物，尽管降低了要缴付的碳税，却导致该区被污染，人类无法居住。

特别设定机械

珀耳修斯以希腊神话人物命名的，原著中全光学隐形的航空母舰，使用最新拟态装甲，甚至可以假装成别鲸鱼和小岛，即使目视也难以识别的，是日本所建造的最新锐武器，国仁亦在舰上服役。

XB-35动画中为了不被发现和骇客入侵，金属世纪特地买下这架古董的B-2的原型改良，有低可侦测性和全手动能完全电波静默，可以轻易接近阿特拉斯的防空区内。

泰坦原著中末段登场的联合国军的空中母舰，是人类历来最大的飞行器，连日本首相都不知道其存在。使用太阳能发电人造卫星供电起飞和发射荷电粒子炮，把被水蛭子附身者实子烧成骨灰。

每集列表

话数	中文标题	日文标题	脚本	分镜	演出	作画监督
第一话	少女回归	少女帰還	大野木宽	别所诚人		清水贵子、海老原雅夫
第二话	池袋树海	池袋呪海		别所诚人	白石道太	饭饲一幸、松冈秀明
第三话	天地的层次	天地層造	根元岁三	根本清	田端昌弓	藤部生马、吉田雄一
第四话	超秋叶原	超秋葉原	加藤阳一	森健 别所诚人	野上和男 奥野耕太	内田真树、日下岳史、田中春香 河野悦隆、佐藤道雄、山根理宏
第五话	乱心岚舞	乱心嵐舞	根元岁三	平田智浩	上田繁	中村深雪
第六话	虚构战线	虛構戦線	大野木宽	饭田马之介	福田贵之	龟井大祐、池田广明
第七话	悲想恩仇	悲想恩讐	加藤阳一	あおきえい	高桥幸雄	千叶健二、武智敏光、日下岳史
第八话	口红的凄楚	口紅無殘	大野木宽	根本清	丸山由太	苏武裕子
第九话	天启阳月	天啓陽月	绫奈由仁子	杜孟子	土屋康郎	吉田雄一、江上夏树、龟井大祐
第十话	咒语之剑	言霊之剣	根元岁三	千明孝一 儿玉源太郎	上田繁 佐藤光	中村深雪
第十一话	鸟儿梦幻	胡鳥夢幻	出渊裕	森健	荒井省吾	河野悦隆
第十二话	生势流转	生勢流転	加藤阳一	根本清	福田贵之	龟井大祐、池田广明
第十三话	飞行少女	飛行少女	武半慎吾	竹内敦志	友田政晴	神户洋行
第十四话	变貌都市	変貌都市	绫奈由仁子	福田纪之		中村直人、柴田胜纪
第十五话	迷失败退	迷走敗退	根元岁三	森健	布施康之	藤部生马、吉田雄一
第十六话	狂乱树狱	狂亂樹獄	大野木宽	岩田幸大	丸山由太	中村深雪
第十七话	暗夜行路	暗夜抗路	加藤阳一	福田道生	福田贵之	龟井大祐、本多みゆき、泽田贵秋
第十八话	双头奇谭	雙頭奇譚	根元岁三	高桥幸雄		佐藤道雄、日下岳史
第十九话	东京空袭	東京空襲		大原实	上田繁	苏武裕子、小林利充
第二十话	连绵之调音	連之調音	绫奈由仁子	福田贵之		藤部生马、吉田雄一 江上夏树、龟井大祐
第二十一话	圣地消失	聖地消失	加藤阳一	小泽一浩	上田繁	千叶健二、内田真树、田中春香
第二十二话	永远之绊	永遠乃絆	大野木宽 根元岁三	森健	丸山由太	小林利充、中村深雪
第二十三话	崩坏序曲	崩壊序曲		稻垣隆行	高桥幸雄	高冈淳一、佐藤道雄、日下岳史
最终话	理想乡土	理想郷土	大野木宽	别所诚人		石井久美、高冈淳一、中村深雪 千叶健二、小林利充、中村直人 佐藤道雄、内田真树、日下岳史

巨大都市“柳木原”交织了三个年轻人命运的…三个寻常而又不寻常的故事。他们的生活和他们的恋爱及烦恼…一切的一切都被那漫天的翎羽所包覆。甚至于命运也亦然如此，是故事分章节构成，由三组的男主角和女主角各自构成的4个章节故事。故事讲述发生在随处可见的大都市‘柳木原’，巨大的商业街上有很多的人和建筑物，作品叙述了有普通烦恼的和不普通烦恼的年轻人，他们相遇了，之后也恋爱了。

动漫的背景舞台是冬季的大都市“柳木原”中进行，以“羽田鹰志”、“千歳鹫介”以及“成田隼人”三人作为主角，由四个同时发生的故事构成。每个故事的男女主人公都不同。除日常的生活之外，他们与异世界“格雷塔葛德”之间又有什么样的关联…… 主角其实是个拥有多重精神分裂和妄想症的重度精神病患者。

樱田纯是一名不愿上学而长期足不出户的中学二年生。他热衷于网上购物，喜欢在购买物件后的退货限期内退回，只是房间里还是放有许多奇奇怪怪的诅咒物品。有一天，他收到一张传单，上面只写了一句“上发条 不上发条”的选项。在好奇心驱使下，纯选择了“上发条”，之后房间就出现了一个神秘的皮箱，里面装着一个非常美丽、质感近似真人的人偶。使用附带发条转动背部的开关后，人偶像有生命般活动起来，向纯说：“我的名字是真红，蔷薇少女的第五人偶。”伴随这次相遇而来的，是更多相似的人偶，与及身份神秘的旁观者。他们一同为着某个失踪良久的认同而努力，展开一场潜越世界和时间所限的游戏……

蔷薇少女(ローゼンメイデン，Rozen Maiden)

是传说中拥有生命的不可思议人偶，制作者是神秘的人偶师罗真(ローゼン)。制作非常细腻，酷似真人，但从未在市面上流通过。

蔷薇少女就如同虚幻的存在，选择她们，她们便存在于“世界”，否定她们，她们一开始便不存在于这世上，就像是被邀请的客人一般。

媒介(ミーディアム，Medium)

与蔷薇少女订下契约的人类。成为媒介者会提供自己的能量给予蔷薇少女活动的力量，不论有无媒介的情况下，蔷薇少女皆能在现实世界中使用特殊能力，但有媒介时，能力会增强。

蔷薇戒指(薔薇の指輪，Rose Fingering)

媒介与蔷薇少女之间契约的证明，在契约取消前不会消失也无法取下。在原作漫画中缔结契约的方式是契约者由蔷薇少女取得戒指，戴上后亲吻戒指表示契约形成，而动画版则是契约者必须亲吻在蔷薇少女手上的戒指，表示契约形成，此时会在自己手指上形成戒指。若同时与两名以上的蔷薇少女缔结契约，戒指会合为一体，体积也会变大。人偶过度使用力量导致媒介的力量用尽时，媒介会被戒指吞噬，最后与人偶合为一体(动画中，如果媒介的力量用尽，媒介就会死)。解除契约时，戒指会破碎消失，同时人偶也无法再使用媒介的力量。若在战斗中解除，就代表人偶在爱丽丝游戏中失败，失去成为爱丽丝的资格(动画中，解除契约的方式是由人偶亲吻媒介手上的戒指)。

爱丽丝(アリス，Alice)

存在于罗真(父亲大人)心中的女孩。比任何花都要高尚，比任何宝石都要无暇。唯一纯洁无瑕而且象征完美的少女。成为爱丽丝，是蔷薇少女们的宿命。

爱丽丝游戏(アリスゲーム，Alice Game)

蔷薇少女的宿命，必须互相战斗夺取彼此的蔷薇圣母。相信最终获胜取得全部蔷薇圣母的人偶，可成为爱丽丝;事实上，不用经过爱丽丝游戏，也能成为爱丽丝。

蔷薇圣母(ローザミスティカ，Rosa Mystica)

蔷薇少女生命的来源，也有一说是类似人造人的生命源贤者之石;失去蔷薇圣母的蔷薇少女就会成为一般的人偶，精神将成为游魂。而获得别人的蔷薇圣母的人偶，可以增强自己的力量。以及使用被夺走蔷薇少女的一切(人工精灵、武器、能力、记忆)。

除此之外，剩下蔷薇圣母的人偶只能透过感应与其他人偶对话。接收蔷薇圣母可能会有些许副作用，像是排斥反应。

N领域(Nのフィールド，N-field)

虚与实，正与负，什么都存在也什么都不存在的世界。人偶们可以以类似镜子的物质(镜子、玻璃、水面)当作进出N领域的门。而每个人偶也都拥有属于自己的N领域，在自己的领域之中战斗会比较有利。人偶在没有媒介在身旁的情形下，只能在对方的N领域中停留30分钟，若超过时限，战斗能力将会大幅减弱。

世界树(Yggdrasil)

存在于梦世界的巨树，连接着所有人类的心之树。参照→世界树

潜意识之海(無意識の海)

存在于N领域中的特殊区域，夹杂现在过去未来的时间洪流，包含所有一切思绪与记忆之海，若走在浅滩上则会看到许多幻觉。

潜意识之海也是第七人偶雪华绮晶N领域的境界地带，连接梦境与N领域，这也代表了雪华绮晶的N领域除了镜子外，梦境(睡眠)也是一道入口。

人工精灵(Artificial Spirit)

蔷薇少女所使役的助手。拥有不可思议力量的精灵，每个蔷薇少女都有一个，帮助蔷薇少女寻找媒介，战斗时也是蔷薇少女不可或缺的帮手。蔷薇水晶并不是没有人工精灵，只是其出现时间不长，因此并没有提到名称。

皮箱(鞄，Briefcase)

蔷薇少女沉睡时所放置的箱子，镶著蔷薇的标志，蔷薇少女平时也必须在皮箱内睡觉才能获得真正的休息。也可将皮箱当作飞行交通工具。

父亲大人(お父様，Father)

制作出蔷薇少女系列的人偶师，罗真(ローゼン)。