瓦古娜利亞北海道某城市分店，一班充满独特个性的店员，包括喜欢小东西的主角小鸟游、有如吉祥物般的种岛、患有男性恐惧症的真昼、腹黑又掌握所有人底细的相马、原本是不良少女的店长杏子……等，而新加入的工读生也带来了更多有趣的话题。

继承该团体的首作《暮蝉悲鸣时》血脉，拥有完全不同世界观的作品。虽然加入了“暴风雨中的孤岛”“争夺遗产”“洋馆”“连环杀人”“预告状”“解读文”“神谜人物”“不可解的奇怪现象”等典型的Closed Circle（封闭空间）要素，是一部具有幻想要素的推理作品。本作中，07th Expansion第一次加入OP影片。

其后作品改编成电视动画（仅出题篇），于2009年7月起在神奈川电视台、千叶电视台等UHF放送局以及爱知电视台、AT-X等TXN电视台播放。

故事发生在一个名为六轩岛的小岛上。这里是大富豪右代宫本家的所在地，每年10月第一个周末，家族成员都会赴岛出席家族会议。

1986年10月4日，家督右代宫金藏病重，暂由长子藏臼主持会议，其他子女都在遗产分割问题上争吵不休。而在书房里的金藏完全不屑于理睬如秃鹫般的儿女们，闭门专注研究神秘黑魔法。孙儿女则懒理父母之间明争暗斗，相处气氛十分融和。屋内还有五名佣人，其中三位得到家督宠信，当中两位又与本家邂逅……

由于台风的缘故，六轩岛成为了与外界隔绝的孤岛。两日后台风退去，警方登岛后只看到惨绝人寰的景象。事后有人找到了一封期望解开魔女杀人真相的信，令事件成了多年来无人能解的谜题。在与世隔绝的两天里，岛上到底发生了什么事？是魔女杀人还是人类作案？

海猫鸣泣之时，无人生还。

作为悬疑推理作品，本作希望玩家在进行推理的过程中得到乐趣。但是，作者并未明示如何推理和破解谜题，以至达到胜利的方法。目前按剧情发展，要得到胜利大致上可区分成以下的4点。

解开“封闭空间”杀人之谜，锁定犯人

解明家族成员之间的关系和过去，以推理各人行动的原因

思考对抗魔女的手段，找到使所有人都不用死的方法

解开碑文之谜，找到黄金的所在处，即黄金乡

进一步来说，于本作的推理上，对手魔女会故意安排非人为所能解释的幻象扰乱推埋，玩家要分辨实际存在和妄想的产物。对于这点与前作中的“御社神”“雏见泽”“御三家”等类似。

上条当麻是学园都市的一名高中生。在这座位于东京都西部的封闭都市中，学生占到了总人口的八成，“超能力开发”被列为绝大多数学生的必修课，在Level 0到Level 5的等级排名上相互竞争。不幸地，上条当麻被评定为无能力者；但他的右手有着能将一切异能消除的不明力量，他本人称其为“幻想杀手”。似乎是连同神的祝福一同抹杀的关系，他每天都过着不幸的生活。

暑假的一天，在宿舍的阳台上，上条当麻遇见了一位挂在阳台栏杆上的修女。她自称“禁书目录Index”，脑海中装有十万三千册“魔道书”，正在从不为人所知的“魔法”世界逃亡。就这样，上条一脚踏进了魔法与科学的纷争。

本作的世界观以现实世界为蓝本，但并未说明详细历史时期，大致可以推测故事发生在虚构的近未来[d]。其历史与现实世界有共通点（如前两次世界大战、冷战等；亚雷斯塔更是现实中存在的人物），但也有显著的差异。

学园都市是科学势力的大本营，同时也是本作的主要舞台。位于日本东京西部，居住着230万人口，其中八成人口是学生，而这些学生大都是超能力开发的实验对象。学园都市具有领先世界20-30年的科技实力，掌握着多种近未来高科技兵器，并公开地培养超能力者；事实上是由统括理事会所主导的、严格封闭的国中之国。

而魔法势力则较为分散，主要由名目繁多的宗教组织和魔法结社构成，也有不属于任何组织的魔法师存在。教会势力中，十字教有三大主要教派：英国清教、罗马正教和俄罗斯正教（分别以英国圣公会、天主教和东正教为原型）；而魔法结社则包括以黄金黎明为源头的黄金系结社、依靠北欧神话理论的“捣蛋鬼”，阿兹特克系的“有翼者的归来”等。魔法势力之间常会出于各自不同的目的互相斗争，魔法师出于个人信念私自行动的现象也广泛存在。

在魔法势力与科学势力之外，尚有两不从属的一般组织与国家，如美国；作品中也出现了许多虚构的政权，除学园都市外，还有“伊莉沙里纳独立国同盟”、“巴格吉城”等。

本作中，除“现实世界”之外，尚存在更高等级的、无法以一般手段探知的其他次元的“位相”；神、魔神、天使、妖精、无法以语言名状的高等级存在[e]，也均在作品中有所提及。