在漫长的暑假已过半的8月16日，中学三年级的长良(声：市川苍)和同学们在学校集合，但他们突然被卷入了出乎意料的事态。不只长良自己，包括神秘的转学生希(声：大西沙织)以及瑞穗(声：悠木碧)、朝风(声：小林千晃)等人在内的36名同学都从学校漂流到了异次元，而且在漂流的同时分别获得了不同的“能力”。

有人因获得了超越人类的能力而感到欢喜并尽情地大闹，有人企图作为领导者统率其他学生，有人拼命寻找回到原来世界的方法，他们之间逐渐产生了猜忌、嫉妒以及支配欲引发的对立。众人因接连发生的诡异事态而置身于求生生活当中，他们能否攻略这个世界，平安回到原来的世界……

舞台是象征理性的“青之世界”，然而正在遭受由本能支配的“红之世界”的生命体 NightflyO'Note 的袭击与侵略。17岁的主人公麻黄晶就职为青之世界研究员，随后因为能力出众而被提拔为最前线的战斗指挥官，受命负责横跨石垣岛和西表岛而构成的对位相外防卫机关，通称“琉球LAG”。在那里她遇见了在第五战斗单元经过激战而全军覆灭之后，于四年前成立的第六战斗单元“IS”的学生们。主人公作为教官，率领着又称“Scared Rider Xechs”的6名骑手(Rider)，共同浴血奋战，应对来自异世界的攻击和威胁。在这样的生活中，他们的友情也在逐渐加深。