故事背景为一场史无前例的大灾害彻底摧毁了现代文明并且已经过去了十五年。故事使用双线描述，其中一支为一群孩子被圈养在某个封闭设施中，他们被告知外面世界充满各种怪物，一天时男收到一条消息询问他是否想到设施外面，而和他亲密的弥美姬则预言到外面会有两个人到来救她出去，而且其中一个人和时男样貌相同;另一支则是在外面荒废的世界，贵留子受委托作为保镖，带着小丸前去一个名为“天国”的地方。

每集列表

在遥远的未来，人类为了生存，不断地与怪异的生命体“希迪亚斯”(ヒディアーズ)对抗。在一场战斗中，人类银河同盟少尉莱德和他的人形兵器“Chamber”(チェインバー)被吞入不明的时空。当他从人工冬眠中醒过来时，他发现自己连同机体被打捞至一个古旧地方——加尔冈蒂亚之内。更进一步，他发现身处的是早已被人类遗忘的起始之星——地球。如今这个行星被一望无际的海水围绕著，人们只能住在巨大的舰船，靠着打捞古文明遗留在深海中的物品生存。由于缺乏行星历史、文化以至语言方面的知识，他被逼于海中的城市加尔冈蒂亚滞留着，与对其充满兴趣的艾美一同生活……

人类银河同盟(人類銀河同盟)

同盟成员有4亿7000万人。透过讨伐黑迪亚斯，从而维护人类的安定。身体较弱者会被视为劣等者以及淘汰。

拥有军队。军人执行军务的时间达到14万5000小时(约16.5年)便拥有限定市民权、申请在同盟的根据地‧阿瓦隆进行四星期的旅游与滞留资格(拥有自由睡眠、自由饮食以及生殖的自由)。

其起源是在旧文明时代提倡以宇宙船进出宇宙，并因人道争议问题而与EVOLVER(自发进化推进派)进行战争冲突的多国组织“大陆同盟”。

在同盟内，黑迪亚斯的诞生以及与其所发生的战争都被视为机密资料。

由于组织信念的关系，大型战舰均有“人”的象征，且全是载人兵器。

其实在本篇开始前经历了数月和黑迪亚斯战斗的连败，处境极为不利，实际上人口数也不到4亿7000万，有一些成员因为恐惧这没有尽头的战争而脱离同盟，成为“漂流部族”。

黑迪亚斯(ヒディアーズ)

人类基因为基础演变出来的宇宙生命体，与人类银河同盟属于敌对状态。拥有高战斗力，可以在一瞬间摧毁人类银河同盟的舰艇及Machine Calibur。

为了应付复杂的战局而特化出了多种个体，外表类似由三片花瓣组成，可搬运的“中型攻击体”、菱形，可搭载许多攻击形并俱备反舰光束发射器官战力强大的“攻击型母舰”、和具有学习能力，可免疫相同攻击的“进化型母舰”，透过奈米机械模拟碳元素形成坚固的外骨骼的同时可高效率的将电磁波转换成能量，并且可由外部补食机械的能源，虽然不具备虫洞技术，但其战斗力远远凌驾人类银河同盟。

其起源是旧文明时代的EVOLVER(自发进化推进派)。由于冰河期逼近，而使用宇宙船进行移民需时长，人类可能在宇宙船内因衰老而自然死亡，因此主张在人类的基因组上进行调整，使人类自己的身体转变成适合在宇宙的真空环境生存。但因为如此将会使人类失去自我而成为另类生物而使的大陆同盟的人们感到非人道而且是威胁到人类的存在，无视于同盟的多次通牒而持续推广并进行基因改造研究，最终发展成长期的慢性战争。

黑迪亚斯是从鲸鱼乌贼进化演变成的，在宇宙严酷的环境以及长期的战争中演变为躯体与生存力强大的生物，失去了社会、文明以及伦理，成为威胁人类于宇宙发展的生物兵器。

鲸鱼乌贼(クジライカ)

形状类似一只巨大的鱿鱼，是地球最强的海洋生物。加尔冈蒂亚船团的住民视它为神圣的生物。特征与黑迪亚斯相似，由DNA分析证实与黑迪亚斯是同种生物。

不会主动对人类进行攻击，但受到攻击就会狂暴化，而加尔冈蒂亚船团的装备亦不可能与其进行对抗。

人类适应宇宙实验的先行海中适应实验产物，其实验体的后裔、黑迪亚斯的原型，称为 “共生体”(共生体)，由旧文明时代的人类制造，能呼吸海中的氧气，还可承受深海的水压。通过奈米机械“光虫”共生进行营养补给，和光合作用相似，但效率更高。

光虫(ヒカリムシ)

奈米机械所构成拟似生体组织。渡过地球寒冷化后人类能源的来源，组成鲸鱼乌贼的皮膜及触手，在宇宙则是黑迪亚斯的外壳。