公元2026年，被称为“电脑眼镜”的眼镜型透明显示器已经在全世界普及了11年。在电脑内才存在的虚拟宠物、道具、或是互联网都可以戴上电脑眼镜来看到。

暑假结束时，优子（正确的念法为ゆうこ，Yūko，但通常被称巍′サコ，Yasako）与双亲还有妹妹京子搬家到大黑市，在抵达大黑市过马路的时候看到了不可思议的事情与在原住地金泽从来没有看过的道具。同时遇见了另一个“ゆうこ”，通常被称巍·サコ（Isako）的天泽勇子，以及其他的小孩子们，于是开启了优子在大黑市冒险的日子。

用语

地区与组织

大黑市（大黒市（だいこくし））

故事发生的背景城市。有着许多神社的古都，又是拥有最新电脑设备的特别行政区。普通的动物和“电脑宠物”一起存在于市内，现实与电脑空间交错而稍微不可思议的街道。标为“特别行政区”此名的空间较为脆弱，总是在哪里发生著错误。多次发生奇妙的事件，在孩子之间流传着相关于电脑、神秘的各式各样都市传说。

车站对面（駅向こう）

从优子所居住的地区来看，为大黑站对面的地域之俗称。比起优子他们所住的地区更无开发，有着田地四散的晴朗风景。

大黑市立第三小学（大黒市立第三小学校）

优子、文惠和大智等人就读的小学。体育服以外没有规定的制服。

大黑市立第一小学（大黒市立第一小学校）

分属车站对面的学区，健就读的小学。和第三小有所差异、有规定的制服。

大黑市立大黑小学（大黒市立大黒小学校）

大黑市新车站大楼最顶楼的学校。将大黑市立第三小学和大黑市立第一小学合并在一起。

MEGASI屋（メガシ屋）

眼镜婆婆经营的电脑点心铺。乍看是普通的点心铺，不过也贩卖著孩子所用的电脑道具。这些道具在大黑市空间管理室的法规中相当于违法物品，只要持有便会成为沙奇和球球的针对对象。

店铺为眼镜婆婆重建的自宅（小此木家的老家），后面直接相连着新建的小此木家。佛堂兼作眼镜婆婆的电脑工作坊，此处造就了各式各样的Meta Tag和电脑道具，并摆放于店头贩售。顺带一提，店内口头上的价格单位为1 Meta = 一万元，实际是一元日币的意思。

线圈电脑侦探局（コイル電脳探偵局）

眼镜婆婆作为领导者所结成的侦探局。一般认为目的是接受、解决各式各样有关电脑纠纷的委托，全貌和详细内容不明。优子在搬家第一天为了和眼镜婆婆取得电脑驱虫药（疫苗软件），作为交换而加入成员。与大黑黑客俱乐部对立。目前已知成员有：

会员编号零 - 眼镜婆婆

会员编号壹 - 优子的父亲

会员编号贰 - 玉子姑姑（小说版为四号）

会员编号参 - 猫目宗助

会员编号伍 - 原研

会员编号陆 - 观奈（小说版）

会员编号柒 - 文惠

会员编号捌 - 优子

大黑黑客俱乐部（大黒黒客倶楽部（だいこくヘイクーくらぶ））

大黑市立第三小学的男生所构成，大智曰：“超酷的俱乐部。”，略称“黒客”（在中文有“骇客”之意）。虽说为“俱乐部”，原来也是生物部内的一派。

从网络邮购电脑点心铺购入电脑商品，进行各式各样的恶作剧。成员以“嘿”声而非“嗨”声来应答。

元祖黑客（元祖黒客（がんそヘイクー））

因为勇子而被迫辞去大黑黑客俱乐部头目一职的大智，与电波一起成立的组织。如同以往地进行Meta Bug的收集活动，并与勇子相抗。

大黑市立大黑第三小学?生物部（大黒市立大黒第三小学校?生物部）

成员不仅有原研（部长）、文惠（副部长）、爱子、优子，大黑黑客俱乐部的各成员（除了勇子）也同属生物部。在第9话举办过亲善合宿。根据任职顾问的舞子老师之证词，实际状态“几乎像是电脑生物部”。

空间管理室（空間管理室）

管理市内的电脑空间，大黑市市政府其中的一处室。优子的父亲和玉子姑姑的工作处，管辖沙奇与球球的单位。

MEGAMASS（メガマス）

电脑眼镜的关联企业。总社位于金泽市。

COILS（コイルス）

最初的电脑眼镜公司。至少约在五年前倒闭，后被MEGAMASS公司吸收。而经由MEGAMASS的委托，优子的爷爷着手调查COILS电脑眼镜技术。

电脑世界

电脑眼镜（電脳メガネ）

眼镜型的穿戴式电脑。在作品中屡次被简称为“眼镜”。只要装戴此物，能够体验到真实世界和电脑世界互相混杂的扩张现实。

附有生物测定学的功能。电脑宠物、道具、电话（手机般的“指电话”功能）、甚至是连接网络，皆能经此一架运用自如。电脑宠物和Bug必须通过“电脑眼镜”才能观看。

有手带型的辅助工具，装戴能提高操作的精确度，不过，即使未有也毫无障碍。坏掉的话，下载修复程式的价格换算成压岁钱约两年份（49720日币）。

电脑物质（電脳物質）

装戴电脑眼镜所初次认知到的事物的全部总称。包含“电脑宠物”、“电脑道具”等等，Bug和计算机程序也是被认知体。

装戴电脑眼镜，变得能看见电脑物质的形象、也能够听见其所发出的声音。能够碰触电脑道具和电脑宠物，但没有肉体性的触觉，无法如现实一样感受到手感和温度。在装戴电脑眼镜的同时，装戴者的肉体作为电脑物质及设定而被认知，所以被眼镜光线命中的肉体会看起来像缺损了一般。

尽管在现实上受到损伤的感觉不过是错觉，但加上“道子”、“那边的世界”等超越认知水平的传言，经由电脑物质，真实世界与电脑世界的分界线也变得更加暧昧。

空间（空間）

主要意指“电脑空间”。电脑物质存在于此电脑空间之中。

交通装置和红绿灯等利用了电脑空间的完全自动控制，也强烈影响到没戴电脑眼镜的人的日常生活、而普遍存在于社会。

古旧的空间由沙奇和球球删除，但在大黑市由于某种原因，古旧空间正在扩散（增值）著。以及不安定的空间，发生电脑雾（后述）的现象。沙奇和球球无法进入的空间（例如神社）也有古旧空间。

电脑雾（電脳霧（でんのうぎり））

电脑空间所发生的起雾现象，简称为“雾”。空间到了不稳定的区域会产生缺损的画面，反应加剧时会形成黑洞。

主要发生于古旧空间。尤其是过去建立的家未被转移到新的领域，家中便有可能引起电脑雾。电脑宠物在电脑雾引发处有消失的危险性。

沙奇（サッチー，Search）

正式名称：“Search Mutton（サーチマトン）”。大黑市空间管理室引进的强力防毒程式，邮政局所管辖。大黑市配备了数架。

经由“电脑眼镜”视觉化的姿态，是艳红色而带有圆球状的巨大身影（高度2.53米），无脚、但有犹如鸟爪的手，相当于腹部的地方收纳著四座球球（后述）。

一边说着“我是沙奇，请多指教（ぼくサッチー、よろしくね）”一边滑行移动，并由收纳中的球球向驱逐对象放出电子束，格式化被命中的电脑物质数据。能在墙壁与墙壁间转送自身，无视距离地接近驱逐对象。转送及现身的时候会形成“邮”字的章样法阵。

没有高度的识别机能，仅仅带有些许Bug电脑宠物、以及类似MEGASI屋所贩卖的“稍微淘气天真的电脑道具”皆认知成可攻击的驱逐对象。因此被大黑市的孩子们害怕著。

可察觉半径20米左右的范围内目标，并经由球球拓展探索范围。在邮政局的管理区域（On Road领域）以外，没有许可就无法侵入与认知，例如民宅（HOME领域）、学校（文部局管辖）、医院、公园的土地内，以及有神社和鸟居的土地内（文化局管辖）等等。孩子们也知道这个法则，利用大黑市四处散布的神社作为隐身处。

玉子曾分别为五台沙奇取名：“波奇”、“小玉”、“小不点”、“五郎”、“三濑”。

球球（キュウちゃん）

大黑市的安全管理程式。经由“电脑眼镜”的视觉化、看上去犹如排球大小的球体，因此在小孩子之间被取作这个名称。母体为沙奇。

数枚于空中一边漂浮一边巡视市内街道，除了拓宽沙奇的探索范围，也会自行放出如电子束般的光线，能格式化小规模的Bug、修复数据的破损。

相同于沙奇，因为没有高度识别机能，就算是仅仅带有些许Bug电脑宠物，也会被无差别格式化。也同于沙奇，非管辖区的神社、学校和普通民宅没有许可皆无法侵入。

2.0（ニーテンゼロ）

外观为黑色立方体的自动机械。电脑局所管辖。出现时形成“法”字的章样法阵。拥有特别许可、能侵入神社和民宅。

主要用作大黑市的LV3-低阶格式化，此格式化能令拥有暗号炉的勇子做成极大的伤害。

比过去的沙奇来得小型而威力强大。母体和子体可分裂行动。

电脑道具

Meta Bug（メタバグ）

普通Bug损坏了电脑宠物及电脑空间之后，汲取出犹如宝石原石的形体、并产生可用机能的Bug，被称为“Meta Bug”。

大黑市的特产，不知为何在大黑市以外的地区皆无法采集。尚未得知此特产品的生成方式，且作为自然产物来利用。容易出现在空间偏离、损坏的地方。最近因为沙奇依次消除著Bug，变得稀有而提升了价值。

Meta Bug单独存在是没有用途的，需将数枚Meta Bug加工成“Meta Tag”才可使用。能完全实施此工程的登场人物为眼镜婆婆，她在自己的电脑工作坊里，由Meta Bug制造出如护身符形状的“Meta Tag”。

网络上有非合法的店铺，可以买到非爆炸性的Meta Bug；货币单位为“Meta”。（1 Meta = 1 日圆）

电脑道具（電脳ツール）

在电脑空间内能够使用的便利道具。大黑市的孩子通常购买于“MEGASI屋”和网络邮购电脑点心铺。

黑色Bug喷雾器（黒バグスプレー）

将Bug喷吹而出，可在空间打开一块黑洞。沙奇和球球会修复首先被打开的孔洞，仅有一点时间能进入内里。

电脑钓竿（電脳釣りざお）

为了救出闯进古旧空间的电助，文惠所使用的道具。在钓线前绑上“老头子”、使之进行搜索，也能够使用钓线互相通讯联络。除了MEGASI屋之外似乎没在贩卖。

砖墙（レンガ壁）

10枚300日圆。可暂时避开沙奇和球球的电子光线、用来保护身体的防御墙。

铁墙（鉄壁（てつかべ））

砖墙的进化版，碰到多少的攻击也无须在乎。

直进君（直進くん）

电脑导弹的一种。形式为四方形的多联发导弹发射机。因为只能直线前进，命中率颇低。

跟踪君（追跡くん）

电脑导弹的一种，直进君的强化版。形式为子弹状，可穿越缝隙来追踪目标。一发价值200 Meta。

快捷方式（ショートカット）

大智改装构造不安定的电脑空间所制造的隧道。连接相离的电脑空间，能够传送与监视电脑物质。外观为忽亮忽灭的闪亮圆洞。使用时会发出声响。

Meta Tag（メタタグ）

线圈电脑侦探局的基本道具。电脑道具的一种，作成原料为Meta Bug。

模仿纸币（护身符）的形状，表面描绘着犹如暗号密码一样的字样图形。每张的图样和效果各不同。向目标黏贴、投掷来使用。和暗号式有兼容性。

玉子也能够制作Meta Tag，不过其效力劣于眼镜婆婆的制品。其它电脑道具可以使用网络邮购取得，唯有Meta Tag只在MEGASI屋贩售。

眼镜光线（メガネビーム）

通称“眼镜哔”。使用电脑眼镜来发射可破坏电脑物质的光线。发射10秒的价格为300日圆。

孩子们和眼镜婆婆作为武器的道具。面对沙奇和球球直接攻击也能令其暂时停住。

电脑绿灯（電脳青信号）

贴上红绿灯、能够强制改变成绿灯。此举是为了影响可控制汽车举动的“电脑导航”系统，变成红灯一侧的汽车将自动刹车。

下载加速剂（ダウンロード促進剤）

促进修复下载，一枚20日圆。为了促进“电助”的修复下载而使用。

电脑驱虫药（電脳虫下し）

不破坏“电脑宠物”和“伊利加尔”两方、并将之分离的防毒软件。

COIL Tag（コイルタグ）

由于电脑线圈现象（后述），现实的身体与电脑体相分隔的时候，用以回复元神的Meta Tag。

现实的身体和电脑体需在三米的距离内才有效用。不同于眼镜光线或电脑驱虫药等Meta Tag，表面颜色为全黑。

似乎已经没有原料所用的Meta Bug，眼镜婆婆手边只剩一枚。玉子拥有的份数是四年前从眼镜婆婆那里所得来。也因为制作艰难、玉子无法再制。

大黑市的都市传说

在大黑市屡次发生著有关电脑的奇妙事件，在孩子们之间作为都市传说正广为流传。

伊利加尔（イリーガル，Illegal）

感染电脑宠物的新型电脑病毒，巨大化的黑色病毒体。屡次现身于大黑市内的电脑空间，不过并未正式公开其存在。

主要居住于古旧空间，在那里与电脑宠物体内之外便难以保持生存。宠物被感染的话，将被逐步侵蚀身体。喜食Meta Bug。传言是从Bug所进化、或是神秘骇客所制作，目前仍无法明白其详。

闪亮 Bug（キラバグ）

一般认为有通常MetaBug之三十倍、附有特殊价值的Meta Bug，不过，只存在于都市传说而无法了解更详细。

道子（ミチコさん）

呼唤其出便能达成己愿，但有着“呼唤成功的小孩将被带往‘那边’去”的流言。依据不同地域有着各式各样的怪奇物语。

“那边”的世界（あっちの世界）

在孩子们的对话中甚少出现的单字。也有简称为“那边”的说法。闪亮Bug和道子似乎是从“那边的世界”而来的存在。

根据都市传说所言，似乎有小孩不摘眼镜就睡着、而在梦中进入了“那边”。

通往“那边”的门（あっちの世界への扉）

与“那边的世界”相连的钥匙孔状入口。被称作“通路”。

十字交叉点（はざま交差点）

在大黑市都市传说所登场的交叉点。路上一角固定配置了四个排水道孔盖，因为排水道孔盖上刻印着“金泽市裂缝”而被如此称呼。

也出现于动画片头曲与片尾曲的画面之中。

IMAGO（イマーゴ）

被认为是电脑眼镜之隐藏功能。一般认为是只用头部思绪就可操纵电脑眼镜的谜之机能。亦有人认为是能够听到古旧空间的超能力。

线圈现象

电脑线圈（電脳コイル）

集合某种条件、电脑体将与现实的身体分离的现象。若将电脑体分离、现实的身体即失去意识，而透过电脑眼镜观看、现实的身体会显示“NO DATA”。发生原因仍不明。

四年前、玉子开启“通往‘那边’的门”的时候诱发了电脑线圈现象，发生装戴眼镜的孩子们突然失去意识的事件。

线圈节点（コイルスノード）

COILS所制作的实验电脑体。有着连接线圈领域（Ｃ领域）的力量。

电脑医疗（電脳医療）

应用IMAGO机能而能寄送、接收人类的意识。于医疗用的电脑空间取出意识，使之逆流并加以操纵。治疗患者的“心”的医疗方法。

Null（ヌル）

被认为是最古老的伊利加尔，Null Carrier所野生化的产物。口中一边说着“拿来、拿来”一边行动着。存在无数于古旧空间，能带领触碰其之人的电脑体前去古旧空间。因古旧空间的暴走而变得会共同袭击人类。

Null Carrier（ヌルキャリア）

原先目的是COILS公司调查、探索“古旧空间”所用，为了传送人类的意识至古旧空间，作为前往古旧空间的交通工具。但COILS公司破产之后也就因此被野生化了。

在十字交叉点的钥匙孔入口所出现的Null Carrier，除了戴上COILS制造的眼镜的人并不让以外者引发电脑线圈现象，可作为正规的Null Carrier来看待。

暗号师（暗号屋）

被认为是“电脑空间的魔术师”的骇客之存在。据说也做着不合法的行为。勇子也是暗号师之一。

暗号式（暗号式）

暗号师使用电脑空间的干涉方法。在作品中屡次被称为“暗号”。用电脑粉笔在地面或墙面上书写暗号式，便能干涉电脑空间与电脑物质。

能将特定的空间伪装成无法管理区域，可隐匿而骗过沙奇与球球。好像也可以用于搬运。有着即使遭到沙奇的攻击也不毁损的坚实类型、也有仅被踩了就坏的精致样式。万一损坏、也有走火（成为不能控制状态）的可能性。

大黑市各处留下了勇子所写的暗号式痕迹，被不知道暗号式意义的孩子们以为是都市传说。

根据玉子姑姑说法，其基础同于眼镜婆婆所制作的Mata Tag，大半有解读的可能。也因此和Mata Tag有相容性。再者，暗号也有新旧分别，猫目使用的是旧型暗号。

暗号炉（暗号炉）

拥有IMAGO力量者方能使用，既能与IMAGO直接连结、又可从思考直接使出暗号的构造体。使用方法为埋进人类的电脑体。

由于暗号炉吸收暗号（具古流和相容性），变得能够连续使用此能力，也有损伤肉体和神经等危险的副作用。

实际上，即使该人并不是暗号师，也能使用暗号炉，在动画22及23集，优子为了救勇子及大智而使用了暗号炉。

每集列表

话数	日文标题	中文标题	脚本	分镜	演出	作画监督	播放日期
1	メガネの子供たち	戴眼镜的孩子们	矶光雄	矶光雄	安川胜	本田雄	2007年 5月12日
2	コイル電脳探偵局	线圈电脑侦探局		村田和也			5月19日
3	優子と勇子	优子和勇子		横山彰利		伊东伸高	5月26日
4	大黒市黒客クラブ	大黑市黑客俱乐部		笹木信作	安川胜	板津匡覧	6月2日
5	メタバグ争奪バスツアー	争夺梅塔BUG巴士之旅		横山彰利	池添隆博	押山清高	6月9日
6	赤いオートマトン	红色的自动机器		大冢雅彦 松林唯人	木村延景	秦绫子	6月16日
7	出動!! コイル探偵局	出动!!线圈侦探局	矶光雄 宫村优子	笹木信作	野上和男	尾崎和孝	6月23日
8	夏祭り、そして果たし合い	夏季、再来是决斗	矶光雄	增井壮一	岩崎太郎	新井浩一	6月30日
9	あっちのミチコさん	那边的道子		笹木信作	野上和男	井上锐	7月7日
10	カンナの日記	观奈的日记		平松祯史		向田隆	7月14日
11	沈没! 大黒市	沉没！大黑市		横山彰利	野上和男 高桥知也	井上俊之	7月21日
12	ダイチ、発毛ス	大智长毛		矶光雄	木村延景	秦绫子	7月28日
13	最後の首長竜	最后的长颈龙		村田和也	野村和也	押山清高	8月4日
14	いきものの記録	生物纪录		安川胜	高桥知也	井上俊之	9月1日
15	駅向こうの少年	车站对面的少年	矶光雄 荒木洋一 松泽洋介	野村和也	安川胜	板津匡覧	9月8日
16	イサコの病室	勇子的病房	矶光雄 松泽洋介 深野正明	池添隆博	青柳宏宜	井上俊之 吉川真一	9月15日
17	最後の夏休み	最后的暑假	矶光雄 荒木洋一	福田道生 矶光雄	野村和也	井上俊之	9月22日
18	異界への扉	通往异界之门		笹木信作	野上和男	秦绫子	9月29日
19	黒い訪問者	黑色的访问者	矶光雄 松泽洋介	鹤冈耕次郎 矶光雄	木村延景	本间晃 押山清高 秦绫子	10月6日
20	カンナとヤサコ	观奈和优子		笹木信作	野上和男 安川胜	板津匡覧	10月13日
21	黒いオートマトン	黑色的自动机械	矶光雄 荒木洋一	笹嶋启一 野村和也	笹嶋启一	井上俊之 吉川真一	10月20日
22	最後のコイル	最后的线圈	矶光雄 三上幸四郎	村田和也 野村和也	木村延景	押山清高	10月27日
23	かなえられた願い	愿望成真		野村和也	青柳宏宜	本间嘉一 秦绫子 青山浩行	11月10日
24	メガネを捨てる子供たち	舍弃眼镜的孩子们	矶光雄 松泽洋介	高桥知也		本间晃 押山清高	11月17日
25	金沢市はざま交差点	金泽市异界交差点		野村和也		板津匡覧	11月24日
26	ヤサコとイサコ	优子与勇子	矶光雄		安川胜 木村延景	井上俊之	12月1日

本剧设定在2000年9月13日，南极大陆上发生大爆炸，造成南极的冰川融化、地轴扭曲，随之而来的海平面上升、全球气候异常，加上后来引发的战争等因素，导致世界人口减半。随着接连不断的大规模战争结束，各国军队编入“国联”军队。此次侵袭人类的大灾难被称为第二次冲击，“国联”发表的大灾难原因是“大质量的陨石撞击南极”。实际上却是为了在其他使徒觉醒之前将第一使徒亚当还原成卵的结果，而秘密组织SEELE凭借其巨大影响力隐瞒了事实真相。

SEELE经由《死海文书》获悉了相关讯息，事先采取了一系列措施。使徒拥有强大的A.T.力场(绝对领域)，一般的武器无法消灭它，为阻止使徒毁灭人类而设立Gehirn开发泛用人型决战兵器——人造人Evangelion(简称：EVA)，并且建立起要塞都市——第3新东京市，也是Gehirn总部所在地。Gehirn之后改组为NERV，全力推行人类补完计划。

剧情

剧中的2015年，在被称为“第二次冲击”的全球大灾难过去十五年后，14岁的碇真嗣应其关系疏远的父亲碇源堂的要求来到了未来都市第3新东京市。其父正是特殊准军事组织NERV的司令。在抵达这个城市后，真嗣目击了作战部队对不明物体“使徒”的作战。死海古卷曾预言过使徒这种巨型怪物的觉醒，而NERV的巨型人形生物兵器EVA是唯一能阻止使徒毁灭人类的武器。为了驾驶这种人形兵器，驾驶员必须在EVA内部与其进行神经系统的同步。NERV成员葛城美里护送真嗣进入NERV复杂的地下都市，在那里真嗣的父亲迫使他驾驶EVA初号机对阵使徒。

没有受过训练的真嗣在战斗中很快就被打倒，进而使得初号机失控，并自行野蛮地消灭了使徒。经过住院治疗后，真嗣搬到美里住处并开始在第三新东京市的定居生活。在第二次战斗中真嗣在情绪激动下不顾命令摧毁了一个使徒，但之后被指责而产生负面情绪，并试图逃跑。

最终真嗣面对美里并决定继续担任驾驶员。与此同时，此前在实验中受损的EVA零号机已被修复，而真嗣试图与其驾驶员——神秘而冷漠的14岁女孩绫波丽交流。美里制定的一项名叫“屋岛作战”的作战计划成功的击败了另一个使徒，但驾驶EVA零号机的绫波在战斗中受伤，而真嗣也险些丧命。

NERV的首席科学家赤木律子告知真嗣，被称为第二次冲击的那场全球大灾难并不是像正式报告中提到的那样由流星撞击南极洲造成的，而是第一个出现在地球上的名叫亚当的使徒在南极引发的爆炸。在打倒海上出现的使徒后，EVA二号机的驾驶员——一个同样14岁的女孩惣流·明日香·兰格雷，也搬来同美里和真嗣住在一起。之后真嗣同明日香一起联手击败了一个会分身的使徒。

真嗣班上一个名叫铃原冬二的男孩被选作EVA三号机的驾驶员，但在他第一次进行同步测试时，三号机突然被使徒控制。在真嗣拒绝同被认定为使徒的三号机战斗后，他驾驶的初号机被切断操控，并由独立的模拟插入栓系统所取代，因而初号机野蛮地撕开了三号机并压碎了载有冬二的插入栓。真嗣在这次与被迫对冬二驾驶的三号机进行的作战中心受重伤，并暂时退出驾驶EVA，但为了消灭之后新出现的已经接连打倒明日香和丽的使徒而被迫回归。在接下来的战斗中，明日香因为被使徒进行了心理攻击，失去了自信心陷入了精神崩溃。丽为了救真嗣而启动零号机的自毁系统与使徒同归于尽。当美里和真嗣之后前往医院时，在那里发现还活着的丽，但其自称是“第三个丽”。美里迫使律子透露NERV的黑暗另一面，EVA墓地以及模拟插入栓系统是使用丽的克隆人来运行的。

明日香因意志消沉，精神彻底崩溃而昏迷，来自Seele的少年渚薰取代她成为贰号机的驾驶员。真嗣最初同薰成为好友，但之后发现他其实是最后的使徒。薰与真嗣战斗，并在见到封印在地底深处的莉莉斯之后发觉自己遭到人类欺骗，并且意识到如果人类要茁壮成长，他自己就必须死。他要求真嗣杀了他。而真嗣在犹豫过后最终杀死了薰。这一行为引发了人类的强制进化，被称为“人类补完计划”，所有人类的灵魂都将被合并成一个。在最后一集中，真嗣的灵魂在精神上扭转了他自身存在的理由，并达到一种顿悟，使他能够摧毁整部片中折磨着他的由消极态度和情感所组成的墙。在结尾，真嗣笑着感谢大家，而其他人也都为他鼓掌。

21世纪初，日本的首都东京被外部入侵者“姆”(Mu)用半圆形的障壁与外界隔绝，身处障壁外部的人称该障壁为“东京木星”(Tokyo Jupiter，因障壁的外观酷似木星)，身处内部的人则相信“东京以外的世界已经灭亡”。数年之后，居住在东京的主角神名绫人在赶往模拟考试的试场途中，遇上了电车意外。绫人在寻找救援的途中，遇到了一名神秘少女“美嶋玲香”，并在她的引导之下，到了一座地下神殿。此时，东京上空突然出现了会“唱歌”的神秘“物体”，并与绫人产生了“共鸣”，使他在神殿倒下了。在混乱的意识之中，绫人说了一声“RahXephon”。然后，神殿内的“巨人”觉醒了……