故事讲述一位中二病女大学生花园百合铃偶然从魔界召唤了恶魔邪神酱，却不知道让邪神酱回去的方法。邪神酱说让召唤者死亡就行了，于是邪神酱为了回到魔界开始各种暗杀行动，然而花园百合铃拥有彻底碾压邪神酱的强大武力，因此两人被迫展开日常喜剧的同居生活。

花园百合铃（大森日雅 配音）是一个标准的中二少女，虽然已经升入了大学，还整日里一副哥特萝莉的打扮，虽然右眼带着眼罩，但实际上视力毫无问题。表面看来，百合铃有些古怪和难以接近，可实际上，她对待朋友非常的热情友善。一次偶然中，百合铃竟然从魔界里召唤出了恶魔邪神酱（铃木爱奈 配音），她可是那里里地位最崇高的恶魔。

邪神酱一心想要回到魔界，而回去的唯一方法就是杀死她的召唤者百合铃，可是实际上，邪神酱是一个笨手笨脚的废柴，每当她设计想要袭击百合铃时，总是会被后者在有意无意之中一招化解。除了邪神酱外，美杜莎（久保田未梦 配音）、佩柯拉（小坂井祐莉绘 配音）等恶魔也降临人间。

2040年，医学高材生水原怜人罹患一种无法医治的罕见疾病“细胞硬化症”，他听从医生的建议进入冷冻睡眠五年，以便届时解药开发成功而得到治疗。不料这五年间，被称为“MK病毒”(Male Killer，男性杀手病毒)的病毒席卷了全世界，人类感染就会全身肤色变成紫色，三天内致死，病毒能透过空气传染，传染力相当强，瞬间就在全球爆发大规模疫情，导致全世界包括怜人在内只剩五个男人生存。

虽然怜人因为患上细胞硬化症而存活下来、产生抗体治愈了MK病毒，且细胞硬化症也在之后由解药完全治愈，但苏醒后的他却必须肩负与大量女性交配、让人类得以延续的使命。

由于流失大量科学家与技术人员的世界，许多科学技术因此失传，人类面临很大的存亡危机，虽然幸存下来的女性在UW女性临时政府的控制下保持着最低限度的生活。因此男性成为世界最重要的资源，幸存的男性都被安排了防护官，尽管担任怜人防护官的周防美来不断告诫他自己的使命，但怜人因对行踪不明的青梅竹马橘绘理沙仍抱有感情，选择暂时拒绝与众女性交配，想要先用一个月的时间先寻找绘理沙。

数次突发事件后，在意识到还有为数百万的男性进入冷冻睡眠暂缓死亡和自己的男性亲人还生存时，他发现绘理沙留下讯息告知MK病毒是人造病毒，于是他争取可以自交配设施外出、进入MK病毒的研究设施的权利并选择投入医学研究寻找病毒的解方，以解除人类的绝种危机并逃避交配。

与此同时，UW日本支部的领导层持续监视男性，并推行着机密计划，而第三名男性，原是男高中生的土井翔太也在此时苏醒，他在他的专属防护官神谷花莲的诱导下开始与众女性交配，而满意的领导层因此决定解职周防美来，更替怜人的专属防护官。

2049年，幸存的男性于疫苗开发成功5年后陆续回归社会，此时日本的男女比率约为1:10000(男性5000人，女性5000万人)。病毒的后遗症造成男性丧失了性欲与生殖能力...

「……我好像喜欢你」「好！就来证明这份恋情吧！」在研究中倾注热情的理科女子和理科男子如果相恋的话？以集合了独具个性的理科生们的大学研究室为舞台，山本阿里弗雷德所描绘的爆笑+心动的『从恋爱的定义开始』的实验理系恋爱喜剧登场！！『理系女子』×『理系男子』=理充（现充）！？