在东京街头，一切成谜的吃人怪兽“喰种”正悄悄的在人类世界扩张势力。

平凡的大学生金木研因为遭到喰种猎食而性命垂危，医生为他进行了器官移植手术，不料器官提供者其实就是猎食他的喰种。在病床上醒来的金木很快就感觉到身体不对劲，原本记忆中美味的食物全都走味到难以下咽。

一开始，即使好几天不吃东西他也不会饿，但不久，激烈的空腹感开始折磨他。当他意识到，能引起他食欲的对象只剩下街上擦身而过的男男女女，他绝望的日子也就此开始──

作品以日本著名推理小说家江户川乱步的诸多名作为原案，将乱步的幻想世界观与现代的舞台相结合。动画讲述在某所中学发生了教师被杀事件。就读于这所学校的少年小林，与前来搜查事件的天才侦探明智相遇。对于只搜查异常犯罪的明智感兴趣的小林，不顾朋友羽柴的反对，自愿成为其“助手”。在接连发生的奇怪事件当中，小林很快和明智展开了调查。

圣玛格诺利亚共和国每天都遭受着邻国“帝国”的无人兵器“军团Legion”的侵略。万幸的是，共和国也成功研发出同型兵器以应对其攻势，并勉强在没有人员伤亡的情况下，化解了来自邻国的威胁。

明面上确实没有人员伤亡，可是，实际上伤亡者并非为零。因为在共和国85区之外，还存在着一个不存在的“第86区”，而被烙上“86”印记的少年少女们会驾驶着“有人驾驶的无人机Regios”，并日以继夜地战斗着。

率领着年轻士兵昂首迈向黄泉的少年辛，与从大后方通过某种特殊的通信手段指挥着他们作战、名为蕾娜的少女指挥管制官(Handler)，发生在他们两人之间激烈又悲惨的战斗以及离别的故事，在此拉开帷幕。