热门社交游戏“魔法少女育成计划”，为数万人之中仅一人能成为魔法少女的奇迹般游戏。幸运地获得魔法，过着充实生活的众少女。然而，就在某一天，她们收到法布传来“因人数过多，为了确保魔力供给足够，要裁掉一半的魔法少女”的片面通知，需在16人中削减8人，于是由16位魔法少女所带来的残酷激烈、惨无人道的殊死竞存比赛，由此拉开序幕。
然后在经过一场大规模的战斗后，魔法少女存活人数达到7人，但法布突然宣布“因为途中有给出魔法道具的关系，魔力供给依旧不足，将存活人数下修到4人。”于是残存的魔法少女在生存威迫下再度展开一场殊死厮杀。
以“真正的实力、真正的平等到底是什么?”为主题，描写全新的学园默示录。
因某个理由而在入学考试偷工减料的主角绫小路清隆，被分配到了被揶揄为次品聚集地的D班。与同一个班级、成绩优秀但性格超麻烦的美少女堀北铃音，还有由牵挂与善良构成的天使般的少女栉田桔梗的相遇，使得状况开始发生改变。
这个社会是否平等呢。真正的“实力”是什么——。东京都高度育成高等学校。那是宣扬彻底的实力至上主义，以升学率·就业率100%而引以为豪的升学学校。升入那里，被分配到1年D班的绫小路清隆，却发现学校与实力至上主义的招牌相反，学生每个月会得到相当于10万日元、与现金同等价值的分数，在授课和生活态度方面也贯彻放任主义。在梦幻般的高中生活当中，不断地挥金如土、过着自甘堕落日子的同班同学们。但，不久他就得知了学校系统的真面目，并被打入绝望的深渊……!来自吊车尾聚集的D班的少年少女们所发现的，是世界的矛盾，还是正当的实力社会?
作品设定
高度育成高等学校(高度育成高等学校)
99.9% 能够就职于期望的工作，拥有最新的设备。每个月学校发放货币，发型和私有物的携带等等极其自由的校风。学校指南的小册子里是个由梦幻般文字书写而成的学校。然而其真实情况则是一切皆由自身实力来衡量，完全的实力主义教育学校。入学测试的综合分数(包括笔试、面试、国中时的评价)按照高到低，从A班开始分配。一开始能力就很高且无不良纪录的人必然被分到A班。而因为能力低或拥有不良纪录的人则会被分配到D班，因此入学后的点数必然会被越拉越开。优秀的人会被作为优秀的存在而被郑重其事地对待。因为比起笔试，面试，也就是个人的外在占的比重更大，所以D班里必然聚集了一堆问题人物(不良品)。
S系统(Sシステム)
入学后班级人员的分配，以及班级点数增减原因，都根据此系统决定，是一个潜藏在高度育成高等学校未明朗化的系统，学生只能根据自己的手上的资讯，来推测此系统的正体，整体状况不明。
S点数(Sポイント)
又称为“班级点数”，简称“Cl”，动画简称为“CP”。每个月底班级点数汇入各班并转换成个人点数，“1 Cl”可转换成“100 Pt”。
个人点数(個人的なポイント)
简称“Pt”，动画简称为“PPt”。“1 Pt”相当于“日圆1元”，在这所学校中，只要有点数，没有买不到的东西(除了违反校规之外)。个人持有两千万个人点数可以单独转去想去的班级，是除了依靠提升班级点数超越别班之外，另一个可以往A班的方法，只是创校以来，没有任何一个学生成功达成此功绩。
就连三年前依靠违反校规的手段收集个人点数，达成创校以来收集最多个人点数纪录的3年B班学生，直到毕业前夕最高也只有收集到一千两百万，而且后来此学生还被学校退学。龙园打算在这三年内收集八亿个人点数，让C班全员转入A班。
特别考试(特別試験)
在这所学校除了其他正常学校有的考试之外，还有独特的考试，其次数甚至超过正常的考试，不如说这所学校的考试主轴就是特别考试。根据幸村的说法和实际体验痛悟，在这所学校只会学习是不行的，只会运动也是不行的，即使两者兼备，也无法只依靠这些通过这所学校全部的特别考试，直觉、灵感、感觉，这所学校依次考验在人类社会中立足所必不可缺的东西。单打独斗已经是没有出路的了，将会需要的是能把那些要素全部填补的队伍与团结。
White Room(ホワイトルーム)
绫小路清隆成长并受教育的地方，故事开始一年前，绫小路清隆都在这里度过。由绫小路清隆的父亲所掌管，在White Room 里，绫小路清隆的父亲的命令是绝对的。根据绫小路清隆的说法，White Room 不是一个很有人道的地方，甚至见不得人，还有人权等诸多问题，但是这里可以受到最好的教育，因此绫小路清隆累积了远超越一般人一生所能学习到的知识。
这里的教育不止有单纯的能在普通学校能学习到的，还有各种各样的东西，学问、学术、武术、防身术、处世术……等等，绫小路清隆的父亲认为必要的部分都是White Room 必须学习的。反之绫小路清隆的父亲认为不必要的部分，如游戏、动漫……这些世俗东西之类的，不在White Room的学习范围内，导致绫小路清隆对于世俗方面的东西不是很了解。
White Room 将绫小路清隆培养成一个全才，并称作最高杰作品。因为某些原因，White Room 暂停一年，之后再度重启，不过都没有出现有如绫小路清隆的人才，导致绫小路清隆的父亲想用各种手段把绫小路清隆从学校带回去。坂柳有栖对White Room的想法是，为了让“没有天分的人”成为天才而准备的场所，作为天才出生的人不需要那个场所。