东京都立程久保高中二年级的少女川岛南，去看住院的好友宫田夕纪，决定代替已住院的夕纪，帮忙加入棒球部当经理。南上任后，目标定为带着棒球部打进甲子园。

但南平日全是看而不做，不知怎样才好时，在书店内误拿了一本美国管理学大师彼得·德鲁克（Peter Drucker）1973年著作的管理学入门书《管理：任务、责任、实践》（Management: Tasks, Responsibilities, Practices）。《管理》里面写的是企业经营和组织论的本质工作。

南看完这本书，深受感动，决定采用其书内的人事管理模式，思考着顾客的定义、市场、管理学及创新的重要性，将其管理知识运用在棒球部内的管理改革上，一步步把棒球部重新架构。南的棒球部管理现在开始，并带领棒球部前往朝甲子园迈进……。

故事背景为一场史无前例的大灾害彻底摧毁了现代文明并且已经过去了十五年。故事使用双线描述，其中一支为一群孩子被圈养在某个封闭设施中，他们被告知外面世界充满各种怪物，一天时男收到一条消息询问他是否想到设施外面，而和他亲密的弥美姬则预言到外面会有两个人到来救她出去，而且其中一个人和时男样貌相同;另一支则是在外面荒废的世界，贵留子受委托作为保镖，带着小丸前去一个名为“天国”的地方。

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时间是2019年的夏天，“口袋电脑”变得普及，扩张现实亦已成为普遍现象。中央种子岛高中的“机器人研究社”面临着即将废社的危机。社内仅有的两名社员之一的八汐海翔在这样的情况下，依旧对机器人社提不起兴趣，整天猛玩机器人格斗游戏。而莽莽撞撞的社长－“濑乃宫秋穗”以完成“巨大机器人”为目标，为了避免被废社而奋斗着。

就在这样的某日，海翔发现名为“君岛报告”的 A.R.标注。里面记载一位名为君岛孝的人物，揭发一项将世界卷入其中的巨大阴谋。

本作是继《CHAOS;HEAD》和《Steins;Gate》之后，5pb.和Nitro+的协作企划“科学ADV系列”的第三部作品。

故事背景位于2019年的种子岛，世界线变动率“1.048596％”，也就是《Steins;Gate》中 TRUE END 的世界线。 因此部分《CHAOS;HEAD》和《Steins;Gate》的角色也会在本作中登场。

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