《ZEXAL》的故事发生在近未来都市“心之地市”，而《ZEXALII》里则转往两个更高次元的世界：“星光界”和“巴利安世界”(又译异晶人世界，下同)。在心之地市盛行AR决斗(AR·デュエル)，AR意为扩增实境，在规则和一般站立式决斗无异。决斗者需使用“D视镜(D・ゲイザー)”和“D面板(D・パッド，D Pad)”进行决斗，这些装备只用于提升作中角色视角的视觉效果。《ZEXAL》的主流召唤方式是超量召唤(エクシーズ召喚)，借由将两个以上的怪兽“叠放”而召唤超量怪兽入场，在超量怪兽中有100张“编号怪兽”，是主角欲搜集的目标。

中学生九十九游马与学校头号不良少年神代凌牙决斗，而这场决斗改变游马的命运。于该决斗中，出现在九十九游马梦里的诡异大门突然出现，并由九十九游马利用挂坠打开。大门散发出无数光芒，站著九十九游马身旁的是从异世界来的神秘生命体阿斯特拉尔，为取回阿斯特拉尔失去的记忆，需要拿回99张编号怪兽，因此九十九游马及阿斯特拉尔两人开始一起行动。

阿斯特拉尔出现真正目的是什么?新的怪兽“编号怪兽”的存在到底是何方神圣?面对持续出现在游马面前的强力劲敌，阿斯特拉尔身上的谜团也逐渐明朗。而本作就是讲述这搭挡缔造的新决斗传说。

日本的御宅族文化在神秘组织“SSC”出现后遭到镇压，此时一位热爱御宅族文化的男子“御宅英雄”与仰慕他的三名魔法少女一起率领御宅族们挺身反抗SSC，双方展开一场壮烈的战斗。

2008年——因一股神秘的力量出现，

日本的动画、游戏、漫画、音乐、铁道、cos等御宅文化被消灭。

就这样，在维持秩序的「SSC」维护下，御宅文化几乎消失殆尽。

为了夺回御宅文化，比任何人还深爱秋叶原以及御宅文化的「御宅英雄」，

以及崇拜他的3名魔法少女「安那其」、「Blue」、「Pink」举起反旗。

舞台为2011年的日本，秋叶原革命军与SSC首领「SHOBON」展开激战。

第一代

女王之刃，四年举办一次，决定国家女王拼死相向的比武大会。遵从建国起的传统，由最强的女性来支配这个国家。只要12岁以上的女性，即便是异国的人，或者不是人类而是有知性的生物也能被认可参赛。

没有规则的竞技大会。要赌上自己的性命使用自己擅长的武器或必杀技来比赛。不到一方放弃或无法行动，就无法分出胜负。天使会用魔法在全国各地产生水晶球，战斗的盛况将透过水晶球转播到全国各地。

民众们也能观赏战况。参加女王之刃的女性斗士们，等待着她们的命运是女王的宝座，是败北的屈辱，还是死亡？

第二代—叛乱

四年举办一次，决定国家女王的比武大会女王之刃第三十回的比赛终结了。

前女王逢魔的女王 阿尔多拉败北。坐上王位的新女王是雷云之将 库洛德。

库洛德为王国带来了前所未有的繁荣，但一年后库洛德宣布废止Queen's Blade永久即位，并且四处征讨反对阵营。于是风起云涌的叛乱行动展开了。