2013年，居住在理想都市“NO.6”的少年紫苑，在9月7日迎接自己的第12个生日。不过，这同时也是改变他命运的一天。他和从“矫正设施”中逃出来、身为重大犯罪者的谜之少年老鼠相遇了。他窝藏老鼠的行为被治安局发现，令他和家人从高级住宅区“克洛诺斯”被驱逐至“下城”。四年后，由于谜之事件的影响，被卷入各种各样的事件中，和很多人相遇。然后知道了理想都市背面的现实，及理想都市NO.6所隐藏的本质与意图……

作中用语

NO.6（ナンバーシックス）

有理想都市、神圣都市等称号。医疗、教育非常发达，是世界仅存的6个理想都市之一，详细地点不明。边界以高墙围住，完全与外部隔离。NO.6的外侧分为东南西北四个区域。北部是广大的自然山林，完全受到保护；南部及东部是为NO.6提供大半食物的农地和牧地。西区参见下方。

市庁舎/月の雫（しちょうしゃ）

市中央的一个从地下5层至地上10层的圆顶建筑。被称“月の雫”。市庁舎周围有个超大的森林公园，占市内面积的1/6。

治安局

表面上是守护市民的警察。实际上是把反派的市民逮捕、抹杀、当爱丽乌丽亚斯（エリウリアス）研究用的政府机关。

保健卫生局

管辖市立中央医院，公园管理事务所和老人设施“黄昏之家”。每年选拔2岁的天才幼童。

负责爱丽乌丽亚斯研究（实验样本从矫正施设运来）。研究寄生蜂的成长。

市立中央病院

保健卫生局管辖的最高设备医院。参与爱丽乌丽亚斯的研究。

黄昏之家

表面上为NO.6最先端的老人安治设施，实际上是使无工作能力的老人安乐死。

中央管理局

NO.6的市庁舎的中枢机关，负责管理市民个人情报。

克洛诺斯/黑色巢穴（クロノス）

为NO.6的高级住宅区，只有被认定为智能最高级别的人以及其家属才可以入住。

下城/失落之镇（ロストタウン）

低阶市民居住的地方

矫正施设（きょうせいしせつ）

远离西区的空旷土地，以监禁、感化NO.6的罪犯。

只有一条路可通。非常巨大的建筑物，以不规则的长方体组成。

NO.6没有审判制度，以治安局负责逮捕、监禁嫌犯，并安置在此。但No.6的犯罪率几乎为0，所以主要监禁西区的人民。入监服刑时，为防止逃走会在人体内植入VC（Violence-Chip）芯片。刑期以年齢、前科、罪名而定，从1年至无期不等。

实际设施内负责研究爱丽乌丽亚斯（エリウリアス）的行动。需要使用人脑，除了犯罪者以外，也透过每年的“大扫除”获得。

西区

位于NO.6外部。矫正施设附近的特别警戒地域。是NO.6以外有市民的地方。沿着No.6外壁的密集建物。有许多旅店和餐厅，有着繁荣的商业。但是大多数的房子都很破烂，比失落之镇还糟，而且没有警察，治安极差。市民需要特别许可证明才能进入，且申请特别许可证明的考察非常严格。

爱丽乌丽亚斯（エリウリアス）（声优：大地真央）

与森之民生活，并拥有比人类高的智慧。寄身在有大脑的生物中（人类最好），有着像蜂的外观。被森之民以“神”称之。因为她的力量引发了NO.6的“大虐杀”。矫正施设也为了做实验而成立。

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现代日本出现“锈蚀之风”，以东京爆炸洞为中心，在全日本不断吹拂，风化一切事物，摧毁文明。锈蚀之风出现的原因已不可考。人类为了生存，在各县边界筑起防风高墙，围城在日本成为常态。而东京、埼玉等以前曾经繁荣过的城方，则已经成为“北埼玉铁沙漠”等人类不能生存的地方。锈蚀之风亦会令人类患上不治之症“锈蚀病”。

赤星毕斯可是人称“食人菇赤星”的“蕈菇守护者”。他为了寻求传说中能够医治锈蚀病的灵药“食锈”，跟师父贾维从群马前往忌滨。

战后，日本国内政府及财政动荡不安、人心惶惶，侦探职业正值没落，被称为“无冠之王”的海胜麟六，掌握有海量的通讯设备与情报，并且可以迅速的整理庞大的讯息作出推理分析，仅凭此就解决了相当数量的难题事件。

以“最后的名侦探”自称的结城新十郎与其助手因果，实际上挖掘出了事件的真相，事后海胜麟六却以顾全大局为考虑发表不同的结论，世人以此嘲讽新十郎为“战败侦探”。而此同时，各式各样的事件正在这时局不安的社会接连不断发生，结城新十郎与因果将挑战并解决这些曲折又奇妙的事件。

用语

结城侦探事务所（結城探偵事務所（ゆうきたんていじむしょ））

结城新十郎的侦探事务所。

日本正义网络集团企业（ジャパンジャスティスネットワークシステムホールディングス，JAPAN JUSTICE NETWORK SYSTEM HOLDINGS）

简称JJ系统集团，由海胜麟六创立的企业，以在战后垄断日本的通信基础而著名。

检察厅联合调整部（検察庁連合調整部（けんさつちょうれんごうちょうせいぶ））

虎山泉所属的部门，在战后日本面对各国压力而建立的特殊部门，拥有独立的行政执行权力。

御魂（御魂（みだま））

据因果所说，来自人心中真实的想法的呐喊。在作品中以紫蝶来表现，因果以此为食。

失去一小部分御魂并不会对人体造成太大影响，只会稍微虚弱一段时间。但是如果丧失过多就会死亡。

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