少女宫下藤花，当她察觉到“世界之敌”的时候便会诞生出另一个名为“不吉波普”的人格。围绕着各种奇怪的事件，少年与少女们的故事慢慢展开了——

每集列表

舞台是2011年的美国佛罗里达州，空条承太郎的女儿空条徐伦因为谋杀罪而被囚入州立监狱“水族馆”。她得到从父亲那里取来的护身符，并获得了替身能力。她在监狱里结交了伙伴艾梅斯。徐伦的父亲承太郎前来探监，告知徐伦她的入狱是DIO的部下约翰格里‧A所陷害，但他们并不知道这事实上这是监狱内的神父──普奇神父的阴谋，普奇神父用他的替身白蛇偷袭徐伦，承太郎为了救女儿而失去替身和记忆、陷入假死。徐伦在寻找真凶的途中结识了伙伴：为报杀姊之仇而刻意入狱的艾梅斯、由女囚生下的小孩安波里欧、有感情与意志的浮游生物F‧F、杀人犯安那苏和失去记忆的天气预报。

随着故事的进展，普奇神父的目标也更为明确。在第三部的故事之前，普奇与DIO相遇了，DIO对普奇提到了“上天堂”的概念，他认为精神的力量会不断进化，最后所抵达的境界就是天堂，并写下具体做法。而在第三部故事之后，普奇按照DIO的方法进行计划，他首先取得了DIO的遗骨并因此获得了DIO的力量、接着他在新月的夜晚前往一个指定地点。由于DIO与乔斯达家的血脉相连，间接使得徐伦知道他的目的地是卡纳维尔角。

徐伦、艾梅斯和安波里欧逃狱后成功“复活”了承太郎，而安纳苏与天气预报也跟随在后。徐伦与她的伙伴对抗DIO的三个儿子，这导致天气预报取回了自己的记忆并战败被杀。徐伦等人最终追上了普奇神父并试图与他抗衡，但普奇神父已经完成了DIO的指示，进而让自己的替身进化成“天堂制造”。天堂制造可以让时间加速，在加速期间，普奇杀死了徐伦、承太郎、艾梅斯、安纳苏。当时间到达宇宙的尽头后产生了新的平行世界，在这个世界中所有幸存的人类都能预先了解自己的命运，进而对此觉悟，而这也是普奇神父所坚信的幸福。在平行世界中，安波里欧也借着天气预报的能力杀死了普奇，只有安波里欧一个人成功活到新世界，新的故事也即将展开。

讲述冈岛绿郎，本来是一位普通的日本公司职员，在一次运送公司违法资料的途中被绑票，期间向公司求助时被公司抛弃后在一个名为黑礁商会的佣兵船队里做见习水手的故事。故事的地点设在一个虚构的泰国海滨城市——罗阿那普拉（Roanapur）。黑礁商会的雇主多为聚集在罗阿那普拉的各个黑帮势力，任务一般是在海上运送各种各样的“货物”或协助别人逃跑。黑礁商会主要的运输工具是一艘配备鱼雷的海上快艇。

本作包含大量对暴力和犯罪的描述，同时亦加插了些许黑色幽默。从故事的背景设定以至角色和其对白都可以看出作者对科恩兄弟和昆廷·塔伦蒂诺等导演，与及暴力美学的致敬。同时基于作者对枪械的浓厚兴趣，在黑礁里出现的各种武器和运输工具大部分都在现实中存在的。而在动画中对武器的描写也非常细腻，因此黑礁无论是漫画抑或动画均受一部分军事、枪械迷爱戴。

世界观设定

黑礁商会

罗阿那普拉当中小有名气的运输业者，与大部分组织的关系良好，目前成员只有四个人，主要的受雇工作内容大多都是以运输军火和窃取重要文件等非法物品运输业务为主。

莫斯科大饭店

俄罗斯黑手党，为罗阿那普拉众多黑帮中最强的势力之一。，在罗阿那普拉的分枝由巴拉莱卡带领，成员大多为前苏联红军。

三合会（中国香港黑帮三合会罗阿那普拉分部）

在罗阿那普拉担任调停以及联系各帮派的和事佬角色，与莫斯科旅馆和黑礁商会的关系良好。

暴力教会

当地的一家教堂，由神职机构以及慈善事业的掩护下进行军火走私以及毒品贩卖，为故事中当地最大且唯一被其他黑帮所同意下经营的军火供应商，所有神职人员都一律配带武器，此处为中立地带，任何擅自以武力攻击此处者都会遭受毁灭性的反击。

裴洛基欧家族

罗曼阿普拉的意大利黑帮，由于无法在当地占据有利地位而被祖国的总部施压，原本打算以汉赛尔与葛丽特打乱平衡，趁机占有一席之地，但计划失败后打算将双胞胎灭口，却反被汉赛尔与葛丽特全部铲除。

国家社会主义白人团结党

美国的少数派激进政党，信奉纳粹主义，企图建立新纳粹的势力。

鹫峰组

日本东京的黑道组织。

香砂会

和鹫峰组同为加盟和平会的黑帮。

真主党

存在于现实的伊斯兰教恐怖组织，为黎巴嫩的主流党派之一，立场上与以色列敌对，较为同情巴勒斯坦，因此多次与以色列隔空交火，甚至支持对以色列进行恐怖攻击的巴勒斯坦解放组织（PLO），令临近的沙特阿拉伯和约旦敌视。