《寻找失去的未来》作为一款十八禁恋爱冒险游戏，玩家须与游戏中4名女主角互动以推动剧情发展。玩家在游玩《寻找失去的未来》时将会花费大多数时间观看出现在萤幕上的文字叙述、人物对话以及角色心理等，借由这样的方式除了让故事获得进展外，也可以与游戏角色对话进行交流。玩家可以选择不同选项，并随着游戏的进行而与女主角关系渐趋亲密，甚至最后还有可能发生更加亲密的关系。

玩家于游戏中能够体会到4条主要故事路线。在每次阅读故事发展以及与其他角色对话后，玩家便有机会能够在与角色互动时、从游戏提供的数个选项中挑选其中一项。这时游戏会暂停一会儿以提供玩家依据先前的对话作出决定，玩家在某些关键选项之中的抉择则会影响到游戏朝特定方向展开，并进入各式分支情节中。借由决定于数个选项抉择的方式来让游戏系统判定玩家攻略的故事剧情，同时游戏中所做的决定也会影响这些角色故事后半段呈现不一样的结局。

天文学会所属的秋山奏，与很有才能的副会长佐佐木佳织、文武双全的才女会长支仓爱理、策略家的大小姐华宫凪沙、美国的交换留学生长船?KENNY?英太郎成员的独特个性，共同解决内滨学园的骚乱。

因为放学后在保健室旁的奏，听到校舍内发出震动与怪声，跑去现场后发现，全裸的少女倒在地上。自称叫唯的少女，完全不谈论当时的情况，为何好像知道奏的名字，隔日加入天文学会。

之后天文学会收到了学生会的委托，负责“校内出现幽灵”、“内滨症候群”、“事故多发地区”的事件调查。

故事描写了南春香、南夏奈和南千秋三姐妹的日常生活，以及周围人们的故事。漫画只有人物、鲜有背景，人物的水滴嘴是本作一大特色。内容亦有别于其他漫画丰富和复杂的故事情节，以平凡和轻松风趣的故事为主(空气系)，每位人物都带着一份纯真。

在日语版第二册，书带上写着“这个故事描写了南家三姐妹的日常生活。请不要有太大的期待。”，正好描述了作品的风格。而本句台词在动画版第一季和第四季中则由千秋在每集开头念出，作为固定开场白。

十七岁的高中生——土见禀生活在一个有着两道门将神界和魔界与人间界连接的一个世界中，神族、魔族和人类快乐地和平共处。在《SHUFFLE!》的设定中，神和魔并不是一般定义上的神或者魔的存在，而只是单纯地做为两个种族的名字。“神族”是一群有着稍微突出的耳朵并且并且能使用神族法术（例：治愈术）的种族，而“魔族”是一群有着瘦长且突出的耳朵并且可以使用“魔族”法术（例：破坏术）的种族。

有一天，有两个家庭突然搬到他的隔壁来了。那两个新邻居，竟是神界的神王、与魔界的魔王的家族。而更让人惊奇的是禀居然同时成了两位公主莉希安瑟丝&奈莉奈的结婚候选。而这一切的原因都来源于禀和两位公主在小的时候的初会，虽然只有那一小段短暂的时间。但是少女们并没有遗忘那时的回忆，还将那回忆深藏在心中。而随着两位公主的到来，接踵而至的事件让禀的生活再也不平静，并将禀的青梅竹马芙蓉枫和朋友也卷了进来。

“可以成为神或恶魔或是凡人的男人”。在朋友们挖苦与羡慕的眼神下，禀的崭新的生活开始了。

主角们都是在光阳町居住及活动的。

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