在遥远的神话时代，当天帝之神宙斯将陆地的支配权交给女神雅典娜并且消失踪影后，无论是海皇波塞顿、冥王黑帝斯等诸神都在觊觎人类赖以生存的陆地。因此女神雅典娜为了守护人类和陆地与他们展开连续战争。此时人类中一些正义善良的少年围绕在女神身边和她并肩作战。他们被称作“雅典娜的圣斗士”。雅典娜和圣斗士们从神话时代开始就与无数的神展开许多漫长多年的圣战。
时间来到现代，新时代的圣斗士少年星矢、紫龙、冰河、瞬、一辉等五个青铜圣斗士在战争中渐渐成长，与现任的女神雅典娜——城户沙织并肩作战，他们在圣域十二宫中与篡位教皇宝座的双子座撒卡所派来的白银圣斗士和黄金圣斗士展开战斗，经过激烈的打斗中终于打败敌人，之后他们跟意欲淹没一切的海皇波塞顿，对抗企图位陆地带来永久黑暗的冥王黑帝斯展开大战，即使陷入劣势的星矢一行人依然发挥出他们的小宇宙开始战斗。
《银河擂台赛篇》
英雄传说复活！
燃烧！天马流星拳
白鸟！冰原战士
天龙！无敌之拳和盾
奇迹的复活！友情的小宇宙
凤凰！地狱战士
争夺！黄金圣衣
打败！暗黑凤凰军团
《暗黑圣斗士篇》
强敌！暗黑四天王现身
紫龙 危险！圣衣的坟墓
决战！恐怖的黑死拳
抓住！友情的星云锁
燃烧著！火焰一击
失败！幻魔拳
终于身世大白！一辉之谜
《黄金圣衣争夺篇》
巨大！杜拉狄斯的猛袭
拯救！沙织的危机
加勒比海之幽灵圣斗士
生与死的魔界岛血战
认真的决战！莎尔娜的反击
无情！师徒的对战
火焰中复活！不死身的一辉
《教皇的刺客篇》
白银圣斗士！超级刺客
天马飞翔！彗星的表现
战斗！女神雅典娜的真相
是敌是友！钢铁圣斗士
星矢化成石头！美杜莎之盾
天龙！拼命一击
诱拐！袭击沙织的乌鸦军团
燃烧著！爱的小宇宙
幻魔！生死线
大爆发！死亡皇后岛
龙虎激战！天龙之泪
再见吧朋友！安静睡眠吧
生死之旅！张开天龙之眼
震惊！12件黄金圣衣
面具的叫喊！是爱是死
激战！黄金圣斗士
光速！超光速的强拳
《圣域十二宫篇》
前进！我们的旅程
圣域大决战！雅典娜的最大危机
最终的小宇宙！第七感
大恶战！金牛宫的战斗
双子宫！光与黑的迷宫
恐怖！往异次元的漂流
吠叫！攻防一致的星云锁
再见冰河！勇者睡眠了
天龙！死之国苏醒
爱！春丽的祈祷
昇龙！紫龙愤怒的小宇宙
不明！无牙的黄金狮子
亚力士！传说的魔皇拳
男子汉！在爱中死去的卡西欧士
一辉！被折去翼的凤凰
永远的友情！呼叫雅典娜
沙加！神一般之男
不存在的恐怖！张开眼睛的沙加
壮烈！友情消失的一辉
苏醒的白鸟！生与死与爱
冰河的复活！生命回复
是降是死！翼是有限制的
前进冰河！自豪光荣的勇者
响亮！圣域的黄金圣衣
少年！他们是受女神委托的
圣剑咆叫！修罗对天龙
啊 紫龙！星消失了
再见了！是师父是朋友
美的战士！阿布罗狄
恶宫毒玫瑰！死的花香
安息！瞬、最后的微笑
火焰时计消失！教皇的真正身份
星矢 前进！朋友的逝去
友情的结集！女神的根源
《北欧亚斯格特篇》
极北之敌！传说的神斗士
希露达！渐入魔道的女神
巨人特路！憎恶的小宇宙
巨星之泪！为希露达而死
咬牙切齿！北方之狼芬尼路
悲哀！狼爪光速拳之宿命
于冰原消失！悲伤的呼号
弗尼亚！为爱而来的死斗
舞动白鸟！冰里的灼热地狱
妖异之竖琴！引导瞬受死之序曲
死的宣言！竖琴镇魂曲
悲哀的勇者！冰涷的憎恶
不死鸟！燃至深红的翅膀
魔紫水晶！圣斗士的墓场
炎之剑！可怕的野心
邪恶之祭物！精灵之森林
回头的星矢！昇龙之小宇宙
燃烧 瞬！黑牙所隐藏之谜
旋涡！瞬的究极星云气流
巴特！宿命的双子星
兄弟情结！史特眠于祖国
高雅的使者！苏醒之传说骑士
双龙对战！十万分之一的取胜机会
海魔女！美妙的死亡曲调
奇迹出现！奥丁圣衣
雅典娜！永远高贵的祷告
《海皇波塞冬篇》
海皇波塞冬出现！圣战再度展开
一定要将之粉碎！七海中之巨柱们
发出神秘的光辉！金色的青铜圣衣
危险 瞬！可怕的魔兽之牙
屠魔兽！不灭之黄金锁
圣剑！栖宿在右腕的修罗之魂
梦无痕！再会却是死的约会
心之猎人！无情的隆奈狄斯
艾萨克！拥有冰的心之男
努力吧贵鬼！悲哀的决斗
听吧！雅典娜的美妙歌声
朋友！让我们死时也在一起吧
两个的灵魂！海皇复活之道
把海皇射倒吧！黄金的一矢
并发著光辉的友情之星！永远之少年传说
《冥王黑帝斯十二宫篇》
新的圣战即将到来
恸哭的三人
蠢蠢欲动的身影
半神的赎罪
短暂的重逢
古代的斗士
黑衣人群
犹疑时刻
矜持的边际
金色的冲突
震撼的圣域
女神的圣衣
决战的清晨
《冥王黑帝斯冥界篇前章》
强渡！阿格龙河
肃穆的法庭
传说的圣斗士！奥路菲
奥路菲 悲伤的镇魂歌
黑帝斯！惊愕的附体
激战！通向朱迪卡之路
《冥王黑帝斯冥界篇后章》
(07)神罚！最终日蚀
(08)一辉！恸哭之拳
(09)女神！以性命为赌注
(10)绝望！叹息之墙
(11)集结！黄金圣衣
(12)永别了！黄金圣斗士
《冥王黑帝斯极乐世界篇》
前往极乐世界道路之死斗
死神与睡神
黄金之援军
复活！传说中的神圣衣
自神话时代以来的觉醒
前往充满光的世界
天界篇序奏
主条目：圣斗士星矢 天界篇 序奏～overture～
2004年，相隔前作15年后再次推出剧场版，车田正美勾划出冥王篇后续部份——天界篇序章。为迎接新的《天界篇序奏》剧场版动画上映，车田正美绘制了8页天界篇短篇 漫画，刊登于集英社的《SUPER JUMP》，天界篇漫画为剧场版的情节作简要铺垫。
本集讲述冥王黑帝斯之战结束后，但对于圣斗士来说伤亡何其惨重。黄金圣斗士全部阵亡，星矢一行人和少数白银圣斗士跟青铜圣斗士在最后的决战中生还，但是身受重伤的星矢 需要由雅典娜沙织来照顾，但天斗士突然出现并透露雅典娜之胞姊月神阿提密斯为了惩处多次跟神展开激战的星矢，因此亲自派出天斗士处决他，还跟诸神将黄金圣斗士的灵魂给封印 于石柱都不得安宁的方式来警惕世人。雅典娜为了赦免星矢一行人与世人的罪行，自愿舍弃女神的位置和陆地的支配权跟随姊姊阿提密斯接受诸神的处分，但是她希望星矢一行人能激 发他们的小宇宙跟对手对抗到底，星矢在伤势未愈的情况下跟其他的同伴面对处于劣势中激发小宇宙击败所有的天斗士，抵达雅典娜的所在之处继而与阿提密斯正面交锋。星矢凭意志 奋力击倒天斗士后重遇雅典娜，但出现雅典娜及阿提密斯之胞兄——太阳神阿波罗，星矢爆发全身小宇宙亦只给阿波罗一处小小的划伤。
圣斗士与天界之神的苦战由此展开，天界篇序章故事到此结束。
圣斗士星矢Ω
主条目：圣斗士星矢Ω
“圣斗士星矢Ω”是继2008年8月“圣斗士星矢极乐净土篇”播毕后的新作电视动画，于2012年4月开始播放。圣斗士星矢Ω是完全的电视原创作品。
NEXT DIMENSION冥王神话
2006年4月27日，车田正美推出漫画新作《圣斗士星矢NEXT DIMENSION冥王神话》，刊登于秋田书店《周刊少年Champion》。连载于2006年8月3日正式开始。由于《NEXT DIMENSION冥王神话》采取不定期连载的方式刊登。
故事讲述1990年，星矢在《圣斗士星矢》最终决战中被冥王黑帝斯之剑刺入胸口陷入昏迷，即使返回现世也无法将其拔出来。如果不在三天内拔除冥王之剑，否则星矢将会当 场丧命。身为女神雅典娜的沙织为了拯救星矢决心返回前圣战时代摧毁冥王之剑。从极乐净土之战中唯一返回的瞬也决定跟随雅典娜同行，然而，雅典娜长期与诸神展开斗争已经引起 许多奥利匹斯山诸神的愤怒，（特别是雅典娜的姐姐月神阿尔忒弥斯）。雅典娜决心即使她要面对惩处也要拯救星矢的生命，她与时间之神柯罗诺斯做个交易穿越的时空抵达前圣战的 圣域。
另一方面在前圣战时代，上代天马星座的圣斗士天马与喜爱绘画的温柔少年亚伦互为挚友关系，在圣域中刚从青铜圣斗士上升为黄金圣斗士的童虎和史昂得知冥王的人间体所在的 地方，于是他们尚未获得较黄的同意私自行动。当童虎和史昂发现亚伦是冥王的人间体正要袭击他时，天马却出现却穿上天马星座的青铜圣衣并向童虎和史昂挥拳相向。但天马因为实 力悬殊而被打倒在地于是在趁乱之际带亚伦逃走，却不知道有人蠢蠢欲动想要对亚伦下手。此时的圣域不仅正遭受冥斗士的攻击，更有部分黄金圣斗士选择投靠冥王。而且在背后还有 传说中的‘第十三位黄金圣斗士蛇夫座’正策划推翻雅典娜借此颠覆圣域......眼看在前圣战时代更有空前严峻的挑战与试炼在等待著雅典娜，与此同时跟随在雅典娜身旁的瞬 、冰河、紫龙与一辉也迅速往前圣战时代展开他们的战斗。
在发生革命后数年的堤亚穆帝国，被蔑称为任性皇女的米雅被革命军推上了断头台处决……因此惊醒的米雅原本以为只是一场恶梦，却发现现在十二岁的自己身边有本日记，内中记载了之后几年米雅的未来，直到她二十岁那年被处刑为止。
为了回避这样糟糕的未来，米雅决心要以“自身的安全第一”为目标，远离过去的仇人，拉拢起有力的人脉来重建帝国，但她不经意间的举动，却误打误撞的改变了整个大陆的局势。
随着剧情发展，米雅成功解除了上断头台的命运，那本染血日记也化作光芒消失。在镇压革命的半年之后，优雅地享受春假的米雅面前，米雅贝尔出现了。 “我呀，一直好想见到祖母大人喔!”这名少女是米雅来自未来的孙女，回到过去与米雅一起再次改变历史。
在未来的帝位继承斗争中，米雅遭到毒杀，皇室禁止提起米雅的名字，米雅的亲友忠臣包括迪欧娜、克萝伊、路德维希、迪奥都在保护其孙女贝尔的过程中殒命，即将遭杀害的贝尔在手中米雅皇女传引发的奇迹之下回到过去，要与祖母一起改变未来。
剧情描述一位12岁少年小杰·富力士寻找父亲——金·富力士的故事。猎人（HUNTER）一词是故事设定的世界中各种领域的社会菁英。此外，此本作的角色及设定用语请参考以下条目介绍。
猎人试验篇 No.001－038（单行本1卷 - 5卷）
自小生长在鲸鱼岛的小杰小时候因误入母狐熊的势力范围，就快要被攻击时，一名路过、名叫凯特的男子救了他。原来凯特是他的父亲──金的徒弟，凯特告诉小杰许多关于他的父亲及猎人相关的事情，因此小杰对金及猎人这个职业有很大的憧憬。他在考试的过程中结识酷拉皮卡、雷欧力、奇犽等好友，并与西索结下再战之缘。最后，在互相帮助下小杰通过试验成为猎人。
揍敌客家族篇 No.039－043（单行本5卷）
小杰、酷拉皮卡和雷欧力皆通过了猎人试验，为了带回回到家族的奇犽，三人往奇犽的家出发。三人顺利地来到奇犽家门口却无法进去，原来要进入揍敌客家必须打开沉重的“试炼之门”，否则就会被看门犬视为入侵者后咬死。后来在大门看守人皆卜戎的协助下，三人终于具备开门的能力，往本邸前进。被囚禁在家的奇犽在得知小杰等人已来到家中，在与父亲长谈后便前往与其会合；虽然奇犽的母亲反对父亲这么做，但奇犽的父亲却意味深长的表示，奇犽总有一天会再回来。
在奇犽还未与三人会合的空档，揍敌客管家梧桐对三人进行“猜铜板”考验，并透过此考验给予小杰忠告。四人再次团聚后，雷欧力为了准备医学院的考试要离开，奇犽和小杰则一起行动，酷拉皮卡则在猎人试验时，从西索口中得知幻影旅团线索与西索约在九月友克鑫市碰面，在那之前准备利用猎人身份开始工作与寻找族人的眼睛“火红眼”，四人相约在九月一日友克鑫市见。
天空斗技场篇 No.044－063（单行本5卷 - 7卷）
小杰为了要再次与西索交手，便与奇犽一起去天空竞技场修练顺便赚钱。在那里，奇犽和同年的智喜对战，并对智喜未知的力量感到疑惑，两人见到智喜的师父云古、得知那是神秘的念能力，云古便协助他们开发这种力量。因为小杰在修行“凝”时，所放出来的念能力，表现令西索激赏，也因此西索答应与小杰展开战斗的约定。虽然结果是西索轻松胜利，不过小杰也终于还了西索在试验时给予协助的人情，之后小杰和奇犽跟着云古和智喜修练，某天疾斗及狸狈多以卑鄙手段逼迫两人与他们展开战斗，但最终结果由小杰和奇犽获得胜利，此战过后两人也离开天空竞技场，决定回到鲸鱼岛。
返回鲸鱼岛篇 No.064－070（单行本8卷）
小杰与奇犽回到小杰生长的故乡──鲸鱼岛。而后米特阿姨把小杰父亲金?富力士所留下的小箱子交给小杰。小杰从而得知“贪婪之岛”（G.I）的存在。
拍卖会篇 No.071－119（单行本8卷 - 13卷）
主角4人再次在友克鑫市相遇。故事世界中最大规模的拍卖会在友克鑫市举行。小杰、奇犽和雷欧力涌进各种方法筹集资金购买名称为“贪婪之岛”的游戏，这是藏有金的线索的游戏，在过程中也与酷拉皮卡的仇人幻影旅团发生冲突。最后小杰和奇犽顺利得到玩游戏的资格，四人再次各自旅程。
贪婪之岛篇 No.120－185（单行本13卷 - 18卷）
小杰与奇犽进入由金与他的朋友们所制作──猎人专用的梦幻电玩游戏《贪婪之岛》，当他们进入游戏之没过多久就见识到此游戏的危险之处──并遇到了神秘少女比司吉，她看不下去小杰和奇犽的战斗方式，要他们拜自己为师，之后两人在比司吉的指导下修行并且一路闯关，在最后打倒了贪婪之岛中的凶恶玩家炸弹魔甘舒，并取得一百张卡片、破关成功。
蚁王篇 No.186－318（单行本18卷 - 30卷）
小杰与奇犽使用贪婪之岛破关奖品打算去找金。但是在那里等著的并不是金，而是凯特。凯特他们在未确认生物的探索和调查中，发现巨型嵌合蚁的残骸，一行人前往NGL。小杰和奇犽了解嵌合蚁的强大，在凯特的牺牲下逃出NGL。在讨伐队还尚未准备完全之际，嵌合蚁王诞生了。王率领直属护卫队和一部分士兵，在背后统治东果陀共和国，打算进行‘选别’（挑选）。为了防止更多的人死亡以及为凯特报仇，小杰一行人再次向嵌合蚁挑战。
十二支会长篇 No.319－339（单行本30卷 - 32卷）
十二支登场，尼特罗会长于嵌合蚁之役死后，从猎人协会会长退位，开始选拔新的猎人协会会长。全世界的猎人为了新的猎人会长选举一事纷纷开始活动；另一方面，奇犽为了拯救伤重的小杰而再度回到揍敌客家族。
暗黑大陆篇 No.340－ （单行本32卷 - ）
有天自称尼特罗之子的比洋德·尼特罗在卡丁帝国支持下向全世界发表招募同伴前往暗黑大陆的影片，在十二支们接获V5所发出的“追捕比洋德”命令的同一时间，比洋德主动前来被逮捕并要求交换条件──十二支需陪同他一起至暗黑大陆。同时雷欧力和酷拉皮卡加入十二支并接替十二支的子、亥之位置。
金以No.2身份加入比洋德雇用前往暗黑大陆的专家团队，后来当卡丁帝国的船发出后，和其他包括12支的猎人也登上船，酷拉皮卡成为第八王妃奥伊特和第十四王子的保镖，其目的为第四王子手上收藏的族人眼睛。船的目的地为邻近暗黑大陆边界的假想“新大陆”，航行过程中，王位争夺战正式展开。