自西历20XX年，人类从肯尼亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立计算机程序以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)链接的链接实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完全从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。

到了四千多年后，在游戏开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔(后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔)所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。

另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Realian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲着索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……

设定

第二次世界大战后，日本因为战败而必须将忍者组织废除，然而仍有为数20万的忍者隐藏在现代日本社会的各个角落，执行各种暗杀或秘密任务。这些忍者使用的忍术并非超能力或魔法，而是光学迷彩服和电击棒等科技制品。

剧情大纲

主角云隐九郎是最低阶的忍者，在历经长期失业后，接下渗透进讲谈高中的任务。在他正式潜入前，有位渴望成为忍者的俄罗斯人来到日本，并误以为只要切除三根阴茎就能成为忍者，进而在地方引发骚动。九郎派高中生吉田去探听此事，并辗转击败了那名俄罗斯人，以佐佐魔为首的三位忍者让俄罗斯人成为同伙。在上司加藤的协助下，九郎潜入讲谈高中，和此前潜入的三名忍者会合。击败敌对小组后，九郎和对方的首领打成平手。

菜穗在高二那年收到一封信，寄信人是10年后的自己。未来的她有许多后悔的回忆，为了不让现在的菜穗拥有相同的悔恨，才寄来这封信。从她进教室的这一刻，所示事情都如同信上的内容所说的一一成真。

菜穗此后也慢慢的了解，从翔转学过来的第一天到翔离开人世的这段期间，自己的一举一动都有可能会扭转未来，原本会离开人世的翔，可能因此存在于10年后的未来。但真正的重点并非做出怎样的选择，而是要拯救翔的心，才有可能让未来的菜穗不再留有遗憾。现实能否与未来的10年有所交错，菜穗的决定是最终关键…