“我愿意成为你的式神，一直在你身边，永远保护你。”
很久以前，年幼的男孩对着女孩定下约定，在他还不知道“将来”的意义之前──
大战时期，日本帝国陆军为将咒术运用在军事上而重新建立阴阳寮，并派任传说中阴阳师安倍晴明的后裔，土御门家当家的天才阴阳师土御门夜光担任统领，而夜光成功缔造日本咒术界的改革，成为现代咒术之父。
但在大战末期，处于败势的帝国陆军要求夜光实行大规模咒术仪式以挽回局势，但结果仪式失败，不只做为执行者的夜光身亡，还强烈的扰乱首都东京的灵气，使东京百鬼夜行、妖魅纵横。直到了战后阴阳寮改名阴阳厅，负责处理日本各地－主要是东京－发生的灵力灾害，而阴阳师也因而活跃在现代的舞台之上。
土御门春虎是个出生土御门家的少年，虽身为阴阳师名门后代，却毫无阴阳师才能可言，过着一般人的生活。某年夏天，春虎遇见了他的童年玩伴，也是土御门家的下任当家的少女夏目。过去曾允下承诺如今却分道而行的两人，在此刻相见之后，土御门的历史开始转动了起来，将要引领他走向充满曲折的“未来”。
每部作品均有单独的情节，但人物关系始终贯穿整个系列。
在1代、2代、3代作品中，主要的可玩角色是刚从法学院毕业的新手律师成步堂龙一，他在几年前曾帮助自己获得无罪的律师绫里千寻的帮助下，得以在她的律师事务所工作。千寻遇害后，成步堂在千寻的妹妹绫里真宵的帮助下接管事务所，将其更名为“成步堂律师事务所”。真宵和他年轻的表妹春美时常利用绫里家族的灵媒能力，召唤千寻的灵魂，帮助成步堂赢得案件。成步堂常跟御剑怜恃在法庭上交战，并经常获胜(连同战胜狩魔豪那一次)，从而让法庭上第三位经常将御剑看作自己弟弟的检察官狩魔冥(尽管她比御剑小几岁)，她决心一洗父亲和御剑的耻辱。而到了3代，成步堂在法庭上的主要对手是戈德，这位神秘的检察官对成步堂心存芥蒂。在成步堂的表述下，千寻的身世及绫里家其他人物的神秘面纱被陆续揭开，并且回放此前案件中的人物，正式结束成步堂篇故事。
4代时隔前作7年，因误将伪造的证据呈上而被取消律师资格的成步堂龙一，堕落为钢琴演奏者。他还收养了一位魔术师的女儿，把她改名为“成步堂美贯”，美贯将养父的事务所改名为“成步堂演艺事务所”。
5代，在王泥喜法介成功洗刷成步堂龙一所受的冤屈后，成步堂透过司法考试重新获得律师资格再度执业，并招募了另一位新人律师希月心音成为事务所的成员。
6代，因故前往西亚的神秘小国克莱因王国的成步堂龙一为了协助自己的导游而卷入了该国的纷争，而留在日本的王泥喜法介与希月心音则将面对新检察官的挑战。