故事背景为一场史无前例的大灾害彻底摧毁了现代文明并且已经过去了十五年。故事使用双线描述，其中一支为一群孩子被圈养在某个封闭设施中，他们被告知外面世界充满各种怪物，一天时男收到一条消息询问他是否想到设施外面，而和他亲密的弥美姬则预言到外面会有两个人到来救她出去，而且其中一个人和时男样貌相同;另一支则是在外面荒废的世界，贵留子受委托作为保镖，带着小丸前去一个名为“天国”的地方。

每集列表

没有存在感的少年主角和没有未来的患者女主角，他在捡到她的日记《共病文库》后，在班上原没有交集的两人，生命自此有了改变。对少年来说，他想要患有胰脏疾病的少女恢复健康，对少女来说，她想要正常的人生活着下去。个性相反的两人相遇后，情感得到互补。

“没有名字的我，没有未来的她”

对他人毫无兴趣，总是独自一人读书的高中生“我”。这样的“我”有一天，偶然捡到一册写着《共病文库》的文库本。那是，天真烂漫的班上人气王·山内樱良私下记录的日记本。里面记载着她身患胰脏的疾病，已经时日无多……。

隐藏自己的疾病度过日常的樱良，与知晓其秘密的“我”。

——两人的距离，还没有名字。

在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“深渊”。

不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，栖息着奇妙奇怪的生物们，

沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。

“深渊”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。

如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，陆续得到了“探窟家”的名号。

住在建造于深渊边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可，

梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并解开深渊的谜团。

这样的某一天，莉可在探索深渊的途中，捡到了有着少年样貌的机器人……？

深渊的分层

深界一层 “阿比斯之渊”（アビスの渊）：0 - 1350米。

深界二层 “诱惑之森”（诱いの森）：1350 - 2600米，底部为监视基地所在的“逆之森”

深界三层 “大断层”（大断层）：2600 - 7000米。

深界四层“巨人之杯”（巨人の杯）： 7000 - 12000 米。

深界五层“亡骸之海”（なきがらの海）：12000 - 13000 米，高度最低、宽度最大的区段，大型地底湖沉积著大量生物残骸。

深界六层“来无回之都”（还らずの都）：13000 - 15500 米。生骸村所在地，“歼灭之莱莎”曾在此发现真身不明、疑似雷古同族的人形生物。

深界七层“最终极之涡”（最果ての涡）：15500 - ????? 米。

深界极点“奈落之底”（奈落の底）：20000 米以下。

深渊的诅咒

自深渊向上返回超过10米高时，探窟家会遭遇因深渊“力场”而对人体（集中在大脑、心脏、脊髓等维持生命的关键部位）造成的作用现象，下潜越深，上升负荷越大，可借由游走力场较弱处或是弹药包来回避。通常来说，离纵穴越远力场越弱。

自深界一层返回 - 轻微的晕眩与呕吐感。

自深界二层返回 - 严重呕吐感、头痛、末端神经麻痹。

自深界三层返回 - 平衡感异常、幻听、幻觉。

自深界四层返回 - 浑身剧烈疼痛、全身孔洞流血。

自深界五层返回 - 丧失所有感觉、意识混乱、自残行为。似乎无法影响人类没有的感觉。

自深界六层返回 - 丧失人性、人体机能，甚至致死。

自深界七层返回 - 绝对死亡。

探窟家的笛

探窟家的笛是通行证，也是身份的证明，一般也常以笛的颜色代指探险者的级别。

持铃生：学生，为了成为探窟家而学习。

赤笛（红色）：见习生，仅能下潜至多550米。

苍笛（蓝色）：可独当一面的探窟家，可以下潜至深界二层。一般要15岁后才能获得。

月笛（紫色）：教师级探窟家。

黑笛（黑色）：大师级探窟家，可以下潜至深界四层。

白笛（白色）：传说级探窟家。其持有的白笛皆为使用遗物“生命回响之石”加工而成，且只有本人可使用，被生骸村的人们称为“梅迪波图特”（人类结晶之乐器，需至少牺牲一名人类）。深界五层“前线基地”内进入深界六层的唯一突破口需要以白笛启动，除此之外还能让身上的所持遗物觉醒，发挥超常力量。

已知的白笛

歼灭卿“歼灭之莱莎”

不动卿“不动如山之奥森”

黎明卿“崭新之波多尔多”

神秘卿“神秘之斯拉乔”

先导卿“天选之瓦库那”