故事的舞台设定为2035年。30年后的未来，在少子化令人口减少的影响下，加上年轻一辈的价值观改变，认为念高中不是投身社会的唯一路径，宁愿在接受义务教育后选择就业，导致学生数量减少，面临倒闭危机的学校比比皆是，学习气氛变得死气沉沉。这天，在这样一个失去活力的学校“私立圣樱学园”出现了一位转校生，她就是元气少女──天宫学美。在第一天转学就自荐担任学生会长的她，将在这所学校掀起怎样的旋风呢？

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1998年，本应在90年代初结束的冷战因为种种原因而没有结束，这是一个铁幕依然存在的时代，美苏两个超级大国仍然在明争暗斗，世界依然被铁幕分成东西两大阵营，大国间虽然没有进行大规模的军事行动，但是各个小国间的战争和冲突依然不断发生，而各国的情报人员也进行着残酷的间谍战，而原本应被装甲车和战斗直升机支配的战场因强袭机兵“Arm Slave”的出现而发生很大的变化。

幼年遭遇飞机事故，因而在阿富汗长大的男主角相良宗介中士是神秘的国际组织秘银特殊部队成员，专门在世界各地即将发生战争或武装冲突的地区执行组织下达的秘密任务，对抗恐怖份子，缓救人质，化解各式各样危机。

而宗介最新的任务要尽快前往日本，任务内容为伪装成高中生潜入都立阵代高校，去保护一位16岁的女高中生千鸟要。这位少女似乎和普通的女高中生没有什么两样，但不知什么原因却成为各国间谍秘密争夺的目标。为了保护千鸟，宗介驾驶着80年代末才在战场中出现的新式兵器--强袭机兵“Arm Slave”与其他神秘组织对峙。

某天，神原秋人发现像是要从校舍屋顶跳出去的栗山未来。秋人向未来恳求别自杀后，未来施出她的血以形成一把刀并往秋人腹部捅去，发现他是一个不死之身的半妖梦（妖梦与人类生下来的后代）。就这样，半妖梦的少年邂逅了与血纠缠的异界士少女，二人不久后更卷进作为城镇大地主名濑家的事件。