《ZEXAL》的故事发生在近未来都市“心之地市”，而《ZEXALII》里则转往两个更高次元的世界：“星光界”和“巴利安世界”(又译异晶人世界，下同)。在心之地市盛行AR决斗(AR·デュエル)，AR意为扩增实境，在规则和一般站立式决斗无异。决斗者需使用“D视镜(D・ゲイザー)”和“D面板(D・パッド，D Pad)”进行决斗，这些装备只用于提升作中角色视角的视觉效果。《ZEXAL》的主流召唤方式是超量召唤(エクシーズ召喚)，借由将两个以上的怪兽“叠放”而召唤超量怪兽入场，在超量怪兽中有100张“编号怪兽”，是主角欲搜集的目标。

中学生九十九游马与学校头号不良少年神代凌牙决斗，而这场决斗改变游马的命运。于该决斗中，出现在九十九游马梦里的诡异大门突然出现，并由九十九游马利用挂坠打开。大门散发出无数光芒，站著九十九游马身旁的是从异世界来的神秘生命体阿斯特拉尔，为取回阿斯特拉尔失去的记忆，需要拿回99张编号怪兽，因此九十九游马及阿斯特拉尔两人开始一起行动。

阿斯特拉尔出现真正目的是什么?新的怪兽“编号怪兽”的存在到底是何方神圣?面对持续出现在游马面前的强力劲敌，阿斯特拉尔身上的谜团也逐渐明朗。而本作就是讲述这搭挡缔造的新决斗传说。

最上恭子本来只是一名京都的高中一年级生，因为青梅竹马――不破尚的请求而放弃高中随他来到东京。不破尚为成为艺人而努力，但恭子为了照顾他每天疯狂打工、完全不顾自己却无怨无悔。不破尚来东京不久后迅速走红，开始疏离恭子。终于有一天恭子发现不破只是利用她。恭子受到巨大伤害，完全失去爱人和期待被爱的心。由于不破的一句：“如果你要想报仇就进入艺能界吧。”恭子以无比的怨恨来立志成为艺人，以狠狠打击不破尚，之后故事内容就是关于女主角其后努力发展的故事。

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主人公日高佐菜是一位正在就读公立高中的的16岁少年。他在小学五年级以前一直生活在小镇，后来因为父母的工作关系而搬家到东京。然后，他在高中二年时再次回到这个小镇，故事就在那里开始。

经过5年的岁月，依旧的东西跟已经变化的东西，毫不客气地出现在他面前－在小时候经常冲去的小山丘所看到的风景，还有在海边被感受着海风吹着口哨，小学的校庭的铁栏的高度，在晴朗的夜晚可以见到很多的星星，然后是曾经是损友的健康的少年，还有曾经是初恋对象的少女，过去那闪亮的瞳孔。记忆跟现实的之间，或许就是一个鸿沟，各种各样的东西不断地在他面前出现，然后消失。各种各样的变化，如同尖刺一样刺向他的心。

出现在少年的眼中的人，物，事件，回忆…… 在已经过去的时间里，在新的学园生活中，他失去了什么，得到了什么。我本身，你本身原来的我，原来的你我还是我，你还是你生活在这个世界，当发觉谁跟自己很相符，他的人生踏进了新的一步。

故事便由一个误会的一个巴掌所展开－

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