日本药学家药谷完治因妹妹离世的伤痛，倾注一生在药物开发的工作，最终过劳而死。转生到异世界后，意外发现自己变成见习药师，身上还带有药神圣纹，能使用创造及消除物质的神术，以及“诊眼”，魔力量甚至高于拥有火神圣纹的女皇和大神官，被神殿及知情人士视为药神的化身。

一次跟随首席宫廷兼尊爵的父亲前往皇宫，眼见身患白死病（肺结核）的女皇差点被父亲和众医师、药师安乐死，便自荐自己制作适当的药物为女皇和受到传染的父亲治疗。女皇在康复后，透过首席宫廷医师及其团队观察后，确认他拥有超越时代的知识，并从书僮口中得知他想开设服务平民和贵族的药局，于是取得其父亲的出师同意，并赐予法马“宫廷药师”的官职和开设药局的批准、资金及建设的人手。

在年号“平成”二十几年21世纪的日本，延续著由江户时代开始的德川幕府，第25代将军德川庆康统治的盛世日本。而距离首都百公里的圣峰富士山山麓之上建立的巨大学园“武应学园”。在由德川家组成的学生会，执行对反抗的丰臣派的“丰臣狩猎”，在学园中掀起的巨大风暴。

就读“武应学园”亦身为柳生道场代理教练职务的柳生宗朗，对学生会的“丰臣狩猎”行动抱持疑惑，在道场中独自进行练习时，一名全身赤裸带着大小两把日本刀的少女穿过道场屋顶从天而降， 少女自称柳生十兵卫三严，并且使用华丽的剑术，击退带领风纪委员会来犯的服部半藏。之后一群拥有历史上有名武将之名的少女们也相继出现在宗朗面前……

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19岁的主人公佐桥皆人考了两次大学都没考上。他没有好朋友，更没有女友。突然在他面前出现了巫女装束的巨乳美少女。这个名叫“结”的少女后来因为饥饿昏倒后，皆人给了她一些吃的。少女对他产生了好感，透过接吻等的黏膜接触，使他成为自己的伙伴(称为“苇牙”)。原来少女是“鹡鸰计划”的参加者，这个计划是要让108位鹡鸰互相残杀，直到剩下最后一个鹡鸰，这个鹡鸰可以和她的伙伴一起支配世界的命运。

用语

鹡鸰计划

2020年M.B.I社长御中广人所发动的计划，让108只鹡鸰在新东京都展开死斗。为了作为鹡鸰们的战场，新东帝都被封锁，只有普通人能自由进出。

鹡鸰

鹡鸰计划的中心。共有108羽，其中1羽是成体、8羽是幼儿、99羽是胚胎、一共108羽鹡鸰。为了给苇牙引导到嵩天而被放出。外观是人，有共通的鹡鸰纹，每一只都有不同的战斗能力。大部分是女性，也存在男性的鹡鸰。对苇牙的出现会有反应，必须靠接吻等的黏膜接触使之羽化。以及鹡鸰心思及灵魂都会显示在能力上面，愤怒、憎恨、喜悦、悲伤及恋爱情感等等，当这些感情改变的幅度越大，能力受到的影响也会越显著。

鹡鸰调整

鹡鸰调整必须在幼时进行，成年之后就不需要。

祈祷语

鹡鸰加强自身力量或是使另一个鹡鸰停止机能所使用的咒语。若是要增强力量需要和苇牙进行黏膜接触;停止鹡鸰机能则需要触碰对方的鹡鸰纹。每个鹡鸰都有自己专属的祈祷语。

苇牙

鹡鸰的生存意义，苇牙能够帮助鹡鸰使用祈祷语。而如果苇牙死了的话，苇牙所羽化的鹡鸰会全部机能停止，但苇牙死亡鹡鸰就会机能停止的这一件事是M.B.I的秘密，所以只有少数苇牙知道，皆人是在和夏朗见面时夏朗觉得好玩而说出来的。