设定

人类的负面情绪累积混杂后会形成咒灵并对人类造成危害，日本每年不明死亡或失踪年均超过1万人大部分因此造成，只有使用被称为咒力的能量才得以祓除，而负责祓除的人称为咒术师。由于咒术师是利用负面能量(具体分为咒力和术式)与咒灵现场战斗的人，常常亲眼经历无辜杀害或悲惨死状，他们面对死亡时不可能不带有悔恨恐惧或愤怒，所以常见他们每一个战斗时总会呈现一副狰狞或者感到兴奋的模样，因此带出个人战斗风格和各自性格阴暗短处，而平常生活训练中咒术师也必须自主学会控制汲取负面情绪如杀意作为咒力。日本有两间咒术教育机构，分别位于东京和京都的咒术高等专门学校。咒物是带有强大咒力的物品，通常因难以破坏而被咒术高专保管，若经过妥善封印，可以当作地方设施辟邪。一旦出现事故，就派遣咒术高专相关人员进行处理。

剧情

高中生虎杖悠仁的祖父在逝世前嘱托他要尽可能助人，并希望他能在众人簇拥下死去。虎杖悠仁遇见来学校寻找特级咒物的伏黒惠，他为了解救因咒物而身陷危机的学长姊，吞下诅咒的手指，让“宿傩”这种诅咒跟自己合而为一。他得知只有自己能对付宿傩后，认为这是自己的使命，便加入东京咒术高专，成为最强咒术师五条悟的学生，和伏黑惠、钉崎野蔷薇成为同学。

宿傩不断地想支配虎杖的肉体。在对抗某个咒灵时，虎杖为了击败它而让宿傩控制了自己的身体，虽然宿傩轻易地取胜，但也将虎杖杀死。在宿傩和虎杖缔下誓约后，他便将虎杖复活。虎杖接受训练后，跟随咒术师七海参与实战，他们击退了由对人类的负面情绪产生的咒灵“真人”。真人决定与诅咒师夏油一派合作，共创一个只有诅咒、没有人类的世界，为了达此目的，他们要抑制五条悟并集齐宿傩的二十根手指，让宿傩取回完整的力量。

在东京与京都的咒术高专交谊会中，京都的校长下令杀掉身为宿傩容器的虎杖。在团体对战竞赛中，虎杖透过与东堂的切磋，学会控制咒力的方法。在双方热战方酣之际，真人和花御等特级咒灵入侵交谊会，取得高专保管的手指。五条在学生时代的过去表明，夏油在某次任务后对保护非咒术师的信念开始动摇，并想创造一个只有咒术师存在、不再有咒灵的世界，因此和五条分道扬镳。夏油之后遭五条杀死，但遗体被不明人士利用。

夏油一派以涩谷平民为人质，逼五条孤身对阵，尽管五条展现压倒性的强势，但他还是被以特级咒物“狱门疆”封印，虎杖等人动身营救他。

曾为咒术师的诅咒师一派，与现今身负除妖重责的咒术师们，各自为了自身的目的而相互战斗，一段惊天动地的咒术大战，逐步在日本上演。

星守——由接受人们思念而耸立的御神木，“神树”所选出的少女。她们身为神树峰女子学园的学生，过着热闹的学校生活， 另一方面，身穿神树授予的“星衣”，为了从威胁和平的神秘侵略者“伊洛斯”手中保护地球而战!

故事时间点发生于两次大战之后，由于一众老师发现学生的警觉心开始降低，于是大家就展开了年级式的分组特训，特训途中，一个叫美纱希的人闯入!?

虽然一开始让星守班的大家都吓了一跳，甚至还跟星守者们相处不来，但美纪还是热切的让大家举办欢迎会，美纱希跟大家的距离便拉近了些，可惜不凑巧的外头又出现了伊洛斯，前所未见的新型伊洛斯令美纪等人陷入劣势，但美纱希却成功击倒!?并且跟美纪说：“这种程度是不够的!”19位星守者的物语开始了!

原以为是开心的度假，却是恐怖的特训、灾难的开始，莎朵霓等人在夜游时被新型伊洛斯的屏障所困住了，平时冷漠的美纱希却是第一个冲去拯救她们的人!?

但是这次的伊洛斯也拿美纱希无能为力。但大家努力展现特训的成果想要拯救受困的她们，让莎朵霓再度想起，她，不是孤单一人!尤其是枫一直在她身边支持着她，此时两人的羁绊便化为了强大的力量，这漂亮的一击将伊洛斯成功地打倒，更得到了美纱希的认同…… 基本完全跟游戏无关，学生的叫法跟游戏也不同，也满疏远，故事全部都绕着新出现的美纱希人物在转。

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故事背景为一场史无前例的大灾害彻底摧毁了现代文明并且已经过去了十五年。故事使用双线描述，其中一支为一群孩子被圈养在某个封闭设施中，他们被告知外面世界充满各种怪物，一天时男收到一条消息询问他是否想到设施外面，而和他亲密的弥美姬则预言到外面会有两个人到来救她出去，而且其中一个人和时男样貌相同;另一支则是在外面荒废的世界，贵留子受委托作为保镖，带着小丸前去一个名为“天国”的地方。

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