十四岁不良少年浦饭幽助，为救一个小孩被汽车撞死。由于他的死亡是预计之外，灵界没有他的容身之所，因此他得到一个重生的机会。经过灵界考验，幽助重回自己身体，并成为“灵界侦探”。一次任务中，幽助结识了妖怪藏马和飞影。他们三个加上死党桑原和真，替灵界解决不少案子。

其后更在“暗黑武术大会”中，一路击败众多强敌获得冠军，他们实力和友情与日俱增。为阻止意图打开魔界通道的前任灵界侦探仙水忍，幽助他们进入了魔界，战斗中幽助被仙水所杀害。但原来幽助是魔族的后代，具有第二颗心脏，因此又再复活为魔族。在魔族父亲雷禅插手“附身”下，幽助打败了仙水，事后众人亦回到人间。

幽助四人和仙水的决战，惊动魔界三国国王：雷禅、黄泉和躯。他们各自向幽助、藏马及飞影发出邀请，希望他们加入自己阵营。幽助不满雷禅打断他和仙水的决战，因此要去找他“算账”。藏马则因多年前的恩怨，加上人间界“父母”及“弟弟”被劫持，不得不接受黄泉的邀请。飞影为获得更多战斗经验，亦接受了躯的邀请。他们三人都再次进入魔界，不到一年便成为各国的次强者。

一年后雷禅因爱拒绝食人而饿死，幽助成了国王，并提议举行“魔界统一战”，胜利者可成为魔界统治者。最后雷禅昔日打架朋友“烟鬼”获胜，他订立了“不准干扰人间界”规定，希望每三年举行一次比赛。最后，幽助和藏马回到了人间界，飞影则继续留在魔界。

设定

故事中除了“人界”以外，另有“灵界”和“魔界”。灵界是人类死去后灵魂会前往的地方，而魔界则是妖怪居住的地方。

相对于妖怪的“妖力”，有天分并经过训练的人类可以发出“灵力”，并用于战斗中与之抗衡。

妖怪实力等级之分是S>A>B>C>D>E

同一级也有分为上中下的等级。例如暗黑武术大会后，飞影得知户愚吕(弟)妖力是B级上等，而自己则是B级中等。

魔界洞穴篇中，身为人类的仙水忍拥有与S级妖怪同等的实力。剧中提到目睹幽助被杀后的藏马、飞影及桑原皆提升到A级，但三人合力依然无法伤到仙水。随后幽助因魔族大隔世复活且觉醒了S级妖力，能与仙水打成平手。

9人的灵界特防队合力能制服A级妖怪，而小阎王的魔封环能封印S级妖怪。但在深不可测的魔界，灵界只能控制第一层的一半，因此在魔界与人界之间布下一道令A级或以上的妖怪无法通过的结界，仅有B级或以下的妖怪能透过空间扭曲的大小来往人界。

S级只是灵界对于妖力强大到足以令其束手无策的妖怪所给予的统称。魔界广大深远，即使同为S级妖怪，彼此之间实力也可能会有天壤之别，例如魔界三强的国王妖力皆达一百万以上，但各自阵营的次强者皆只有数十万;或雷禅仅是操控幽助，也能轻松杀死同样拥有S级实力的仙水。

21世纪初，日本的首都东京被外部入侵者“姆”(Mu)用半圆形的障壁与外界隔绝，身处障壁外部的人称该障壁为“东京木星”(Tokyo Jupiter，因障壁的外观酷似木星)，身处内部的人则相信“东京以外的世界已经灭亡”。数年之后，居住在东京的主角神名绫人在赶往模拟考试的试场途中，遇上了电车意外。绫人在寻找救援的途中，遇到了一名神秘少女“美嶋玲香”，并在她的引导之下，到了一座地下神殿。此时，东京上空突然出现了会“唱歌”的神秘“物体”，并与绫人产生了“共鸣”，使他在神殿倒下了。在混乱的意识之中，绫人说了一声“RahXephon”。然后，神殿内的“巨人”觉醒了……