东京篇

主角绯村剑心流浪至东京，因为神谷薰的挽留而留在东京。其后认识了明神弥彦、相乐左之助及高荷惠等人，又与前幕府杀手鹈堂刃卫、御庭番众首领四乃森苍紫决斗，其间剑心经历了多次战斗，令剑心自觉慢慢变回昔日的刽子手拔刀斋(千人斩拔刀斋)(人斩り抜刀斎)。最后在与幕末时代的对手前新撰组第三小队组长斋藤一决战及得知志志雄一党的阴谋后，独自前往京都与志志雄一党对决。(漫画、电视动画)

京都篇

前维新志士志志雄真实及他的同党正在秘密活动，目的是推翻明治政府，由他带领日本成为强国。剑心为了阻止志志雄的计划得逞，独自离开东京前往京都。后来剑心的同伴亦逐一赶到京都寻找剑心，剑心从师傅比古清十郎身上学会飞天御剑流的最终奥义“天翔龙闪”后，与其同伴相乐左之助及斋藤一、四乃森苍紫联手，终于打败了志志雄一党。(漫画、电视动画)

漫画及电视动画的东京篇及京都篇在故事上大致相同。在京都篇完结后，由于当时漫画只是刚开始连载人诛篇，跟不上电视动画的制作进度，因此电视动画另行制作了岛原篇、胜海舟篇、由太郎篇(黑骑士团篇)及风水篇。但受到原作版本的读者批评与原作版浪客剑心的世界观相异，因此后期收视不太理想，在风水篇后便终止制作。

追忆篇

故事发生于剑心在幕末身为长州派维新志士时担当刽子手的年代(东京篇之前的故事)。故事讲述剑心与第一任妻子雪代巴的过去，解明了剑心左边面颊的十字疤之谜。OVA故事共分四幕，第四幕尾段雪代巴为阻挡敌人向剑心发出最后一撃的同时，亦被剑心一剑杀死，临死前用自杀的小刀在剑心面上划上一刀，与未婚夫清里和剑心死斗时划下的一刀，交织成剑心脸上的十字疤。漫画版的追忆篇连载于人诛篇初期剑心的回忆自述，而OVA则独立讲述剑心的过去。(漫画、OVA)

OVA版本的追忆篇内容虽然与漫画原著并无太大出入，但其风格却与之前的电视动画版大大不同。彻底摆脱了少年漫画的风格，特别是拔刀斋出招时其没有像过往一般大喊出必杀技名称，而一般很难于少年漫画及电视动画中出现的大量血花四溅的残酷场面亦一一呈现。坊间对此等手法毁誉参半，例如其血腥露骨的场面可能不适合原作的主要读者(小学生、中学生)，但亦得到一般未看过原作的人支持。而本作于日本海外评价亦相当高，在美国的销售亦曾登上全年DVD销售榜的第7位。

人诛篇

雪代巴之弟雪代缘当年亲眼看到姐姐死于剑心的刀下，长大后集合了“六人同志”，向剑心展开复仇行动(在上海流浪垂死之际被好心日本家庭收留，却因为只想练能攻克剑心武功的念头而杀死对方一家并取走武功秘笈单刀法而自练出倭刀术以及其绝招虎伏绝刀势)。由于雪代缘的阴谋，使剑心一度以为神谷薰被杀而意志消沈(神谷薰之死令当时少年JUMP周刊的读者引起一阵回响)。最后剑心回复斗志并打败雪代缘，雪代缘持着其姊的日记消失在剑心等人面前。(漫画)

番外篇

结束连载以后以SP模式连载两个番外篇，分别是《早春樱花》及《弥彦的逆刃刀》。前者提到了结局之后众人各自的新旅程，如左之助的世界一圈之旅到了蒙古。后者是弥彦以神谷活心流行侠仗义的活跃篇。

第零幕

2012年初由日本漫画杂志“JUMP SQ”公开了《浪客剑心》将于八月号开始推出新连载《第零幕》，与1999年结束的连载相隔十三年的新篇章。

北海道篇

2017年9月连载的新续篇，故事发生在“人诛篇”后5年(1885年)，绯村剑心和神谷薰动身前往北海道寻找薰的父亲神谷越路郎，同时和环游世界回来的左之助、在日本流浪的宗次郎、在北海道服刑的安慈、与调往北海道的斋藤一重逢。就连新撰组的永仓新八，也将在“北海道篇”出现。

砂刑历93年—被砂海覆盖的世界中，有一群在小岛般的漂泊船“泥鲸”上生活的人们。这座几乎与世隔绝的岛上的人口是，513人。拥有以感情为源头的超能力、但却以短命为代价的“印”，以及没有能力却长寿的“无印”，分为这两个种族的他们，形成小共同体并平稳地度日。

岛的记录员“印”查克罗，某天在调查漂流到“泥鲸”的废墟船时，与神秘少女“莉可丝”相遇了。对于岛上的人而言，这是他们首次与外界人类的接触。这会是打开新世界的福音吗——。

用语

情念动（情念動（サイミア））

“印”能够使用的超能力。为沙海狩猎是不可欠缺的能力。虽然以感情作为发动源，但在无法控制感情下使用，被认为是禁忌。

泥鲸（泥クジラ）

查克罗等人生活的巨大漂泊船。除了五个塔，还有农场和蓄水池等。帝国称泥鲸为“法莱那”。

魂形（魂形（ヌース））

灵魂的形状。为船只航行的动力源，会吸收人类的情感。泥鲸上的魂形为不会吸收人类感情的异质魂形，位于体内区域的深处。

长老会（長老会）

由年长的“无印”所组成，知晓泥鲸的秘密，掌握泥鲸的实权，年满六十一岁的无印即可加入长老会。

体内区域（体内エリア）

泥鲸的体内区域，无法使用情念动，被做为关押犯人的场所。

印（印（しるし））

能够使用以感情作发动源的超能力“情念动”的人们。寿命较短，只能活到三十岁上下。约九成在泥鲸生活的人为“印”。

无印（無印（むいん））

无法使用“情念动”的人们。寿命较长，多掌管泥鲸行政，长老会皆为无印组成。于泥鲸上只有一成的少数派。

帝国（帝国）

崇尚将自己的情感交给魂形，认为有情感是相当恶心碍事的国家，拥有八艘装载魂形的船舰。百年前将不愿舍弃情感的人们，送上同有不会吸收情感缺陷的法莱那，欲将他们囚禁于沙海之中。为了不让法莱那落入他国手中，决定将法莱那摧毁。

每集列表

故事描写了南春香、南夏奈和南千秋三姐妹的日常生活，以及周围人们的故事。漫画只有人物、鲜有背景，人物的水滴嘴是本作一大特色。内容亦有别于其他漫画丰富和复杂的故事情节，以平凡和轻松风趣的故事为主(空气系)，每位人物都带着一份纯真。

在日语版第二册，书带上写着“这个故事描写了南家三姐妹的日常生活。请不要有太大的期待。”，正好描述了作品的风格。而本句台词在动画版第一季和第四季中则由千秋在每集开头念出，作为固定开场白。