1992年，成为大学生的上原芽衣子开始在“电脑商店R”打工。电脑商店R其实也在开发、销售美少女游戏，店铺2楼即为“Alcohol Soft”的开发室。芽衣子擅长绘画，店长(“店长”)六田胜觉得她有前途，带她去2楼代替跑路的员工当副美。芽衣子对电脑没什么了解，美少女游戏更是一窍不通，但还是在其他前辈员工指导下努力完成美术工作。芽衣子获主美下田香织赏识，之后的作品也被拉去帮忙，后在香织推荐下担任原画，成为原画家。

不久，香织受《心跳回忆》《DESIRE》等触动，主张制作“不只有H，且是认真描写恋爱的游戏”，遭到店长和编剧“僵尸”(五味川清)反对，未能达成一致。香织感到今后的美少女游戏可能性巨大，决定瞒着店长，拉上僵尸做完最后的大作当礼物，之后从Alcohol Soft辞职。结果店长挥泪留住香织，引发僵尸不满。公司内出现香织的Alcohol Soft和僵尸的SPIRITS SOFT两个品牌。

香织在Alcohol Soft专心当制作人，公司招进女高中生双胞胎キキララ当新编剧。芽衣子原画的新生Alcohol Soft游戏第1作发售。作品大受欢迎，Alcohol Soft招募新人才，扩大规模。

时间来到1996年，当时美少女游戏正从PC-98(DOS)转移至Windows平台。Alcohol Soft也准备转移至Windows，程序员“守”(六田守)讨厌Windows，声言辞职，被キキララ说服留下。店长打算将作品移植至游戏机，和Diamond Studio著名制作人市谷合作，却碰上Diamond Studio倒闭，市谷跑路。出资1亿日元的Alcohol Soft逃过破产但损失巨大，游戏机移植计划也打了水漂。

芽衣子自荐出任下一作品的企划，称想要推出以Comiket为舞台、同人志为题材的游戏。香织认可芽衣子的激情，同时担心芽衣子的企划会否受大众认可。后来在僵尸的建议下，成功找到办法解决问题。美少女游戏专门杂志越来越多，特集文章全被竞争对手企业“Shooting Star”独占，店长出手反击。不久，芽衣子企划的Alcohol Soft新作《Comic Paradise》发售。

岚山步鸟是一名住在丸子镇的女高中生，同时在商店街的咖啡厅“SEASIDE”打工。这咖啡厅特别的地方在于服务员都穿女仆装，成为店长心目中全国流行、充满卖点的女仆咖啡厅。个性迷糊的步鸟，以及身边形形色色的人们，天天都上演着笑料不断的故事。在不同的变幻下，小镇依然如此运作……

小镇上的商店街开了一家女仆咖啡厅“SEASIDE”，但跟时下流行的女仆咖啡厅不同的是，这家咖啡厅的店长是个对女仆文化一窍不通的老太婆，她仅仅是抱着“听说女仆咖啡厅很赚钱”的想法，让员工换上女仆装，将原本普通的咖啡厅改造成女仆咖啡厅。

在尾谷高中上学的岚山步鸟(小见川千明 配音)，是SEASIDE的女仆一号。她的同班同学辰野俊子(悠木碧 配音)因为对常来店里的真田广章怀有好感，于是也成为咖啡厅的女仆二号。因为学校规定学生不能私自打工，她们的班主任森秋夏彦，来到店里阻止她们打工，最后却不了了之，反而成为咖啡厅常客之一。之后的某一天，步鸟在街上偶遇了学姐绀双叶，二人成为朋友。《女仆咖啡厅》就是以步鸟所在的小镇为背景，围绕着她和她身边的朋友而展开，在这家看起来有点寒酸的女仆咖啡厅里，发生了很多轻松搞笑的小故事……