开端

花垣武道看到前女友橘日向及其弟直人卷入“东京卍会（东卍）”斗争丧命的新闻，接着他因事故穿越回中二时，他借机告诉直人未来之事，谁知讲完话后双方握手，武道就回到现代，而原应死亡的直人成为刑警出现。直人拜托武道回2005年，阻止使东卍从暴走族壮大为黑帮的“佐野万次郎”与“稀咲铁太”相遇以拯救日向。武道再穿越，认识了东卍总长万次郎与二把手龙宫寺坚，他发现两人都非恶人，与后来无恶不作的东卍迥异，遂回现代寻找线索得知龙宫寺当年死于东卍内斗。

8.3斗争

武道至2005年，此时东卍为了复仇与“爱美爱主”开战，虽胜利告终，也有一成员自首，万次郎与龙宫寺却因此龃龉。虽然在武道干涉下两人和好，但想趁机生事的爱美爱主余党及东卍叛徒，仍在8月3日袭击龙宫寺，不过龙宫寺因武道等人的努力而获救。回到现代历史已变，日向也存活，但没多久日向又因东卍策划的车祸死亡。武道后来得知龙宫寺成为死刑犯，而一切恶行皆是稀咲指使。

血之万圣节

武道至过去碰上“芭流霸罗”下战帖，东卍为添势力任命原爱美爱主的稀咲为参番队队长。壹番队队长场地圭介叛变至芭流霸罗，副队长松野千冬向武道表示，场地是去卧底找寻稀咲为幕后黑手之证据。武道因穿越得知此次大战：东卍旧成员羽宫一虎将刺杀场地，万次郎会打死一虎，稀咲则藉善后之机掌权。2005年10月31日，他力阻命案发生，最终场地仍身亡，但一虎未死。尔后武道成为壹番队队长，他再回现代已成东卍高级干部。总长代理稀咲指武道、千冬为内鬼，枪决千冬，武道被一虎救走。武道发现东卍因稀咲与原黑龙组的加入导致变质，甚至过去的自己竟遭稀咲利用谋杀日向，他再度穿越至2005年。

圣夜决战

武道发现要退出东卍的柴八戒，就是将杀死其兄黑龙总长柴大寿并带黑龙加入东卍者。他对千冬坦白穿越一事，而对八戒欲弑兄以救被家暴的姐姐柚叶，他们碍于跟黑龙之和平协议，只能私下阻止。2005年12月25日，稀咲与半间假意帮助实则作梗，使武道等人与黑龙起冲突，真正的行刺者柚叶趁机下手未遂，最后万次郎到场摆平大寿。黑龙认输，继承者干、九井宣布加入东卍，稀咲终于因怂恿柚叶行刺被除名。新年后武道回到现代，却发现不单日向车祸死亡，东卍成员也陆续遇害，而嫌犯竟是万次郎。万次郎要武道杀了他，两人僵持中直人从旁击毙万次郎。武道再度穿越至过去。

关东事变

2006年初横滨的帮派“天竺”攻击东卍，武道听闻他在天竺的友人鹤蝶说总长黑川伊佐那被稀咲利用。武道回现代找寻情报时巧遇柴大寿，他对武道和直人说明当年“关东事变”的结局为天竺与东卍抗争后合并，总长为万次郎，其之下是稀咲、伊佐那，之后东卍成了犯罪集团。谈话间东卍人马现身要抓武道与直人，两人遭枪击，武道与重伤的直人握手后穿越。定于初代黑龙成立之日的2月22日当晚一决胜负，另一边稀咲却对艾玛痛下杀手，此等不幸使万次郎、龙宫寺斗志全失，再加上之前东卍两名队长遭偷袭受伤、伍番队叛离，其他人本不欲应战，但经过武道和千冬的激励，众人昂然赴会。日向对万次郎与龙宫寺揭露武道穿越一事后，三人便至决斗现场，最终伊佐那于打斗中输给了万次郎，并且为救鹤蝶而被稀咲枪杀身亡，稀咲则遭遇车祸而死。

本作的剧情以19世纪末不列颠治世时代的英国为背景。英国贵族莫里亚蒂伯爵的少爷艾伯特·詹姆斯·莫里亚蒂一直想将阶级制度当道、人人生而不平等的英国整顿一番，他在一间孤儿院中发现一对兄弟，兄弟中的哥哥怀抱着和他相近的理想，以及过人的才学，艾伯特于是将兄弟俩收为家族的养子。1866年三人策划了一场火灾，将莫里亚蒂宅邸所有人全部烧死。哥哥窃取了莫里亚蒂家族次子威廉·詹姆斯·莫里亚蒂的名字，而弟弟也成为莫里亚蒂家族的正式成员路易斯·詹姆斯·莫里亚蒂。三人继承了家族的一切，开始他们的改革事业。

13年后的1879年，威廉以21岁之龄当上了大学教授，艾伯特成为陆军中校，而路易斯则担任威廉的副手。三人的目标是解决掌握大权的邪恶贵族和阶级制度，为此他们采取的方针是借由将伦敦化为“犯罪都市”，以有意义的“死亡”和“犯罪”来惊醒英国国民。在多名忠心手下的效力之下，威廉在幕后以“犯罪顾问”的身份消灭了多名邪恶贵族，艾伯特也取得秘密情报局MI6的指挥权。在一次行动当中，威廉遇见了侦探夏洛克·福尔摩斯——也就是詹姆斯·莫里亚蒂未来的宿敌。威廉希望将他纳为自己计划的一部分，借由设局让他侦破邪恶贵族的死，进而将贵族的腐败事迹公诸于世。就这样，詹姆斯·莫里亚蒂和手下抱着不惜一死的决心，持续将英国推往他们理想的样子。