故事分为前后两部分，由“田菜编”和“横滨编”构成，属于日常空想动画类型。两部分有各自不同的舞台。前半部分．田菜编(1～12回)发生夏天的乡下城市，后半．横滨编(13～26回)是前半部分发生的二年后的都市的冬天。故事围绕着在现代日本一隅上的神秘发光体引起的事件，和与发光体相关的少年少女们的接触和交错。

故事叙述主人公－逢沢步，是个无法认同自身所处世界的少年；家庭离异，与母亲住在一起的他，不知何时连学校也不去了，完全将自己封闭在个人的小世界里，于是母亲便提议他到父亲那里住一个夏天。带着不明确且不积极的态度，步到了距东京两小时车程的郊区，那是个四周被山包围的小盆地，有着广阔水田的小镇，名字叫做“田菜”。

每集列表

【田菜编】——

【横滨编】——

只对女性有反应、世界最强的超级兵器“Infinite Stratos(IS)”。

因为IS的问世，性别平等被破坏，世界变成女尊男卑的社会。主角“织斑一夏”在高中的入学试验误入IS操纵者育成学校“IS学园”的试验会场并意外地启动了IS。成为全世界关注的“世界上唯一能操纵IS的男性”的一夏，被政府强制就读向来只有女性的IS学园，在全校师生对他充满好奇心的视线下，一夏波澜壮阔校园生活就此展开。

IS设定

IS正式名称是“Infinite Stratos”。以宇宙活动为目的制作的多功能太空服，使用反作用力力翼、流动波的干涉等理论，所有IS皆可漂浮于空中。在“白骑士事件”展露出压倒性的兵器性能后，转变为军事用的飞行强化服，成为各国军事力量的指标。目前有1～4世代版本。

IS有许多谜团。特别是相当于心脏部分的IS核心的技术，除了已知会自我进化外全部没有公开，完全是黑箱状态。另外，因为不明的原因，除了织斑一夏外，只有女性能使用IS。

因唯一能制作IS核心的篠之之束博士停止制造的缘故，IS的总机数固定在467架(实际上指登入进国际IS机构的核心数量，实际数量不明)，要制造新机型必须将旧机体解体、核心初始化。在小说第3本中的第3话—“站在条那境界线上”—(Thin Red Line)说明了在467架的IS里面，实战型IS占了467架中的322架，而其余145架就是供给各国研究机关或企业做为研究开发之用。而这些地方所研发出的许多实验机体都交给IS学园的专用机持有者使用。在IS学园里面计上教师使用机，训练机以及专用机就占了467架中的30架。而一夏等人入读的一年级里面，有专用机的人就有5人以上，以前最多似乎也只有3人。而专用机之所以有这么多人在一年级，似乎是因为第三世代专用机持有者原本就设定得比较多、和世界出现了“全世界唯一可以使用IS的男性”织斑一夏，这使各国也纷纷动作频频。

IS世代

第一世代

目标为“完成IS”的机体，现在已全数退役。

第二世代

发展装备上的多样化，拥有高稳定性。目前仍有大量第二世代机体服役。

第三世代

以实装“使用操纵者的想像界面的特殊兵器”为目标，蓝色之泪的BIT兵器、甲龙的空间压缩兵器和黑雨的AIC力场均属此类。目前各国投入大量资金和时间研究，但都只处于实验机的阶段。

第四世代

以“无需透过套件换装就能对应全领域、全情况变化的万能机”为目标，因为技术发展的幅度已经远超各国能追赶的幅度，因此符合第四世代机种定义的目前只有篠之之束博士亲自制造的“红椿”与“白式”二部机体。

公元1939年9月1日，架空的二战欧洲，专制国家日耳曼尼亚掀起了战争，并很快侵占了欧洲大片领土。公元1940年，为配合非洲的战事，日耳曼尼亚向南侵略，开始威胁阿尔卑斯山山麓的小国埃尔施塔特公国。为抗击侵略，当时的公女菲涅代表大公秘密前往中立国维斯特里亚与不列颠尼亚外相瑞德弗德会面，争取与不列颠建立同盟。

但因公国战事的爆发使得谈判未果，菲涅也被突然闯入的日耳曼尼亚军逮捕。随后菲涅与魔女伊泽塔相遇，伊泽塔是世界上最后在世的魔女，幼时便与菲涅相识。伊泽塔就帮助了菲涅安全回国。在了解当时时局后伊泽塔打算用她的魔法守卫公国。于是在魔法的介入下日耳曼尼亚的侵略计划受阻并打乱。随后公国大公逝世，菲涅继承王位。伊泽塔同时透露魔女的魔力源自地脉，只有在地脉密度较高之地才能发挥力量。在见识到魔法的力量下，日耳曼尼亚秘密开展了找寻魔女的新计划，并找到了曾经与公国结怨的白色魔女佐菲的骸骨。公国也相应的展开了宣传魔女魔法的计划，希望通过魔法的强大震慑日耳曼尼亚。伊泽塔的魔法事迹于是向全世界进行传播。此时公国暂时恢复平静。

不久在诺斯王国召开了同盟国大会，借助伊泽塔击沉日耳曼尼亚航母龙岩的展示，菲涅赢得了与会成员的信任，来自亚特兰大合众国的大使也向总统发电报请求出兵欧洲同时消灭日耳曼尼亚与埃尔施塔特。但同时因为魔法的强大使得人们既惊叹于魔法也产生了恐惧。在击沉航母时地脉的秘密也被日耳曼尼亚得知。日耳曼尼亚加快了进度，透过克隆技术将佐菲复活。并透过伊泽塔的血液唤醒了佐菲的意识。另一方面日耳曼尼亚秘密获取了可吸收地脉能量的半块魔石。但它的使用会减损寿命。一番准备后日耳曼尼亚卷土重来，伊泽塔与佐菲爆发战斗。因魔石的助力伊泽塔被佐菲击败。随后日耳曼尼亚攻占了公国首都，不久公国沦陷。菲涅与大臣逃往阿尔卑斯山藏匿，并奋力救回了伊泽塔。伊泽塔苏醒后，公国方齐克拿出了另半块魔石，伊泽塔为守卫公国接受了魔石。后来菲涅从投诚的贝格曼得知，日耳曼尼亚利用魔女的力量研发了类似核武器的战略兵器，打算摧毁公国以威胁同盟国。但战略兵器仍需要依靠地脉和佐菲的力量控制。

为阻止这场悲剧，带着魔石的伊泽塔再次跟佐菲爆发战斗。伊泽塔已和菲涅商量好，透过吸收欧洲的地脉能量使得魔法不再存在于欧洲，而菲涅赴维斯特里亚将她们的计划告诉同盟国。这也是伊泽塔提出的作战策略。最终佐菲因身体是复制体而无法承受过多的地脉能量聚集而死亡，伊泽塔虽然活了下来但落下双腿残疾，魔法从此在欧洲消失。此后亚特兰大合众国与伏尔加联邦两路出兵日耳曼尼亚。日耳曼尼亚皇帝自尽、帝国覆灭、欧洲最终恢复和平，此后菲涅致力于维护世界和平，伊泽塔则在幼时与菲涅相遇之地静养，菲涅不时会来看望伊泽塔。