故事发生在建立于日都岛(日都ヶ島)的小镇之上，男主角网代慎平由于青梅竹马小舟潮的逝世而重回故地，却卷入了牵涉到日都岛一个古老传说的重大事变中，并开始尝试和同伴们一道阻止即将到来的灾祸。

故事发生地的原型为友岛(友ヶ岛)，位于纪淡海峡，与淡路岛隔海相望，现实中是无人岛群，直到二战结束前都是军事要地，禁止一般人进入，颇具神秘色彩。

故事设定

“影子”为本作的虚构生物，能够复制其他人类、生物，甚至死物的讯息，并借此构成自己的外观。影子的设定随着剧情发展而慢慢揭露。在故事开首，提及日都岛的传说相传“见到自己的另一个(影子)不久就会死去”。

影子能够通过对人或物发出闪光照射来获得目标人类或物件的全部信息(包括肉体遗传信息、记忆、人格等)，然后生成类似投影的立体物。影子的本体是平面，受伤害后不能自行恢复，需要重新照射原件来重新获得信息修复;而立体身体受伤害后可自行恢复。立体的人体能潜入影子本体中来快速移动，但身体就会无法呼吸。影子本体讨厌被碰触，而成为慎平等人判断的方法。影子本体被钉固定就能限制其行动。影子本体受到对应人体的致命伤害则可以被消灭。影子的数据会慢慢消失，需要将复制的本体弄死后侵蚀消去才能永远存在，本体被消去的表面会留有黑印;对于物品也是同样，否则复制出来的物品无法使用。影子可以使用自身的一部分复制出其所掌握数据的实物。影子复制其他数据过多会劣化，失去拟态的能力，成为野生影子，退居野林。被影子复制过的本体，在其对应的影子被消灭后，就不能再被复制。影子复制的信息能被带到慎平的每次轮回中。除了影子波稻能多次复制出子代影子外，其他影子只能复制子代一次。

慎平曾在一次轮回中推断认为这是来自地球外的陨石带来物，然后通过复制海底生物为生，直到1732年(享保十七年)复制成鲸鱼而被冲上日都岛岸边，复制了渔民的女儿雁切波稻，再将全岛居民变成影子后度过饥荒，并设立蛭子神来供奉。最终目的似乎是2018年7月24日祭典上将岛上全部人侵蚀，菱形青铜后来交代是为了让影子波稻回到自己的故乡。
 

茂野大吾是个有着现役职业棒球选手的父亲的小学生。他因为向往曾经在棒球大联盟活跃的父亲·吾郎，而开始了在少年棒球队“三船海豚队”的棒球训练。

但是，因为背负着茂野二世这个称号的压力，无法发挥出原来的水平，以至于1年还不到就放弃了打棒球，过起了缺乏朝气的生活。在迎来小学6年级的春季里，一个从美国海归的转学生出现在了大吾的面前。转学生的名字是佐藤光。自称是佐藤寿也的儿子・小光的登场，让大吾的棒球人生开始有巨大转变…?

少棒篇(单行本1卷第1话～10卷第90话)

茂野大吾的父亲茂野吾郎是一名活跃的棒球场上的球员。大吾希望能成为像父亲一样活跃于大联盟的球员，于是在四年级时加入三船海豚少棒队。然而，在二世称呼的压力下，又发觉自己没有打棒球的才能，不到一年的时间就退出了海豚队，并过着无所事事的生活。到了小学六年级的春天，从美国回来的转学生佐藤光突然出现在大吾的面前，而他的父亲正是茂野吾郎的搭档佐藤寿也，从此大吾的人生开始有了转变…。

中学篇(单行本10卷第91话～)

从青少棒引退的两年后.....，与光约定会再次见面的大吾，升上姐姐所就读的学校枫林中学。二年级当上棒球社队长，但大部分成员都被开除，只剩下第一次当投手的睦子、横滨少棒出身的相良太凤、泽弥生女子组，以及后来加入的藤井千里、关鸟星兰还有对社团有点意见的仁科明和椛岛阿妮塔所组成的枫林中学棒球社，即将迎来第一次的比赛!?.....