在没有黎明的行星上，有一片称为“琥珀之地(Amber Ground)”的大陆。有一班位于首都上的人工太阳照射不到的危险地域执勤国家公务员，国民把他们的“心”托付于重要的“信”中运送出去。这就是被“信蜂”的工作。

少年拉格以“信件”的身份遇上信蜂葛修，两人于旅程中互相扶持克服逆境，逐渐培养出真挚的感情，促使拉格有了要成为信蜂的目标，并借此获得首都晓的通行证以寻找自己的母亲……

这部漫画描述一种跟人类有少许不同的生物，他们在年轻人之间都被昵称为“亚人(Demi)”。男主角高桥铁男是一个人类，他在读书时想做亚人的相关研究，却一直未能接触到亚人，毕业后到柴崎高等学校担任生物老师。没想到，他不但在这间学校邂逅亚人，而且人数不只一个!?

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《ZEXAL》的故事发生在近未来都市“心之地市”，而《ZEXALII》里则转往两个更高次元的世界：“星光界”和“巴利安世界”(又译异晶人世界，下同)。在心之地市盛行AR决斗(AR·デュエル)，AR意为扩增实境，在规则和一般站立式决斗无异。决斗者需使用“D视镜(D・ゲイザー)”和“D面板(D・パッド，D Pad)”进行决斗，这些装备只用于提升作中角色视角的视觉效果。《ZEXAL》的主流召唤方式是超量召唤(エクシーズ召喚)，借由将两个以上的怪兽“叠放”而召唤超量怪兽入场，在超量怪兽中有100张“编号怪兽”，是主角欲搜集的目标。

中学生九十九游马与学校头号不良少年神代凌牙决斗，而这场决斗改变游马的命运。于该决斗中，出现在九十九游马梦里的诡异大门突然出现，并由九十九游马利用挂坠打开。大门散发出无数光芒，站著九十九游马身旁的是从异世界来的神秘生命体阿斯特拉尔，为取回阿斯特拉尔失去的记忆，需要拿回99张编号怪兽，因此九十九游马及阿斯特拉尔两人开始一起行动。

阿斯特拉尔出现真正目的是什么?新的怪兽“编号怪兽”的存在到底是何方神圣?面对持续出现在游马面前的强力劲敌，阿斯特拉尔身上的谜团也逐渐明朗。而本作就是讲述这搭挡缔造的新决斗传说。