上条当麻是学园都市的一名高中生。在这座位于东京都西部的封闭都市中，学生占到了总人口的八成，“超能力开发”被列为绝大多数学生的必修课，在Level 0到Level 5的等级排名上相互竞争。不幸地，上条当麻被评定为无能力者；但他的右手有着能将一切异能消除的不明力量，他本人称其为“幻想杀手”。似乎是连同神的祝福一同抹杀的关系，他每天都过着不幸的生活。

暑假的一天，在宿舍的阳台上，上条当麻遇见了一位挂在阳台栏杆上的修女。她自称“禁书目录Index”，脑海中装有十万三千册“魔道书”，正在从不为人所知的“魔法”世界逃亡。就这样，上条一脚踏进了魔法与科学的纷争。

本作的世界观以现实世界为蓝本，但并未说明详细历史时期，大致可以推测故事发生在虚构的近未来[d]。其历史与现实世界有共通点（如前两次世界大战、冷战等；亚雷斯塔更是现实中存在的人物），但也有显著的差异。

学园都市是科学势力的大本营，同时也是本作的主要舞台。位于日本东京西部，居住着230万人口，其中八成人口是学生，而这些学生大都是超能力开发的实验对象。学园都市具有领先世界20-30年的科技实力，掌握着多种近未来高科技兵器，并公开地培养超能力者；事实上是由统括理事会所主导的、严格封闭的国中之国。

而魔法势力则较为分散，主要由名目繁多的宗教组织和魔法结社构成，也有不属于任何组织的魔法师存在。教会势力中，十字教有三大主要教派：英国清教、罗马正教和俄罗斯正教（分别以英国圣公会、天主教和东正教为原型）；而魔法结社则包括以黄金黎明为源头的黄金系结社、依靠北欧神话理论的“捣蛋鬼”，阿兹特克系的“有翼者的归来”等。魔法势力之间常会出于各自不同的目的互相斗争，魔法师出于个人信念私自行动的现象也广泛存在。

在魔法势力与科学势力之外，尚有两不从属的一般组织与国家，如美国；作品中也出现了许多虚构的政权，除学园都市外，还有“伊莉沙里纳独立国同盟”、“巴格吉城”等。

本作中，除“现实世界”之外，尚存在更高等级的、无法以一般手段探知的其他次元的“位相”；神、魔神、天使、妖精、无法以语言名状的高等级存在[e]，也均在作品中有所提及。

一个不能再打拳击的天才拳击手神田英司(泷泽秀明 饰)，因缘际会下成为“Antique”蛋糕店学徒，以及该蛋糕店出身富裕的店长兼老板橘圭一郎(椎名桔平 饰)、有女性恐惧症的天才蛋糕师傅小野裕介(藤木直人 饰)、神秘的保镖小早川千影，围绕在蛋糕店里这四位帅哥身边的故事。除了四位男主角的故事之外，其他来店的顾客个个也都像是谜一般的人物，各有各的故事。

由于眼部受伤，前轻量级拳王神田英司(宫野守真 配音)即将永远的告别他所热爱的拳击事业，于此同时一去不复返的，是英司对生活的热情和不懈的奋斗。一次偶然中，英司来到了一间名为“西洋古董”的西式糕点店，被香甜美味的糕点治愈的英司当即决定，要在这里学习，成为一个合格的糕点师。

在店中，英司结识了各路有趣的人等。平时敦厚老实，但一到夜晚就会变身为“魔性的同性恋”的小野裕介(三木真一郎 配音);身为糕点店的所有人却非常讨厌吃甜食的橘圭一郎(藤原启治 配音);橘的忠犬守护者，患有女性恐惧症的小早川千影(花轮英司 配音)，这些表面上大大咧咧的作者们，在英司看不见的过去中，其实都藏有着悲伤晦暗的回忆。

每集列表