公元2039年夏天，某日下了大雨，敬一郎在一间庙的旁边看到被丢弃的电子亲人（Parents System，简称PS，为当时相当盛行的家用型机器人），于心不忍而捡回家。隔天，机器人突然重新启动，敬一郎因其被丢弃时手上拿着一朵向日葵，故取名为小花。于是他和小花的生活就这么开始了。在这段期间，原本郁闷的敬一郎慢慢找回笑容，虽然小花在某一天夜晚的海滩上与敬一郎度过最后的时光，但是小花也有非常开心的回忆……失去亲人的痛苦让九路敬一郎（柿原彻也 配音）丧失了生活的热情，热爱音乐的他已经很久没有碰过那把曾经珍爱的吉他了。一天，敬一郎在垃圾堆里看到了一个少女模样的机器人，她的名字叫小花（浅野真澄 配音）。因为型号过去老旧，小花被曾经的主人残忍的抛弃了。在这个夏天，这个雨季，小花和敬一郎相遇了，一段传奇般的缘分开始运转。

为了使消沉的敬一郎振作起来，个性有些迷糊的小花学习起了唱歌，可是，越来越频繁的机能中断使小花一次又一次的失去了意识。在弥留之际，敬一郎带小花来到了她梦寐以求的海边，望着蔚蓝的大海和身边的朋友，小花的口中，竟然哼唱起了敬一郎所谱写的乐曲。小花离开了，但取而代之的是一枚用她的核心所制成的八音盒，小花的歌声，将永远陪伴在敬一郎的左右。

12年前，在利姆加尔德王国发生的大事件，所有人神秘失踪而留下了一个巨大的谜团。随着时日经过人们已日渐忘却。时光流转，尤依和蕾娜两个没有血缘关系的姐妹在埃纳斯特利亚皇国度过着平稳的日常。某天，一台巨大机体袭击了埃纳斯特利亚。以这一天为分界线，少女的命运被卷入了漩涡当中。