少女艾琳与母亲苏洋相依为命的住在斗蛇众的村子里，由于苏洋的医术精湛，斗蛇众将斗蛇中特别善战的“牙”交由苏洋照顾。有一天，村里所有的“牙”一夜间全部死亡，苏洋因此受到处刑。艾琳虽然努力想拯救母亲却失败，沦为孤儿后受到养蜂人约翰的帮助。与约翰同住期间，艾琳在山中遇见翱翔天际的野生王兽，受到王兽飞翔的英姿吸引，艾琳决心与母亲一样成为兽医。于是由约翰引荐给过去好友艾萨尔教导师长所在的卡札姆王兽保护场住校学习。

想要了解、帮助王兽、并与它们一起生活的艾琳成长得飞快。但她发现人类用来驱使王兽与斗蛇的无声兽笛会使动物们有短时间的僵硬。她开始对兽笛是否会对它们的身体产生负担一事产生了疑问。她开始试着去与王兽进行交流，用自己优秀的记忆力，将它们的发音正确记下来，并完美地再现。在越来越了解王兽的生态之谜时，虽然不是出于艾琳的本意，却自然地成为了真王与大公之外的又一新生力量。不久之后，艾琳就站在了能够左右王国命运的立场上……

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日本的御宅族文化在神秘组织“SSC”出现后遭到镇压，此时一位热爱御宅族文化的男子“御宅英雄”与仰慕他的三名魔法少女一起率领御宅族们挺身反抗SSC，双方展开一场壮烈的战斗。

2008年——因一股神秘的力量出现，

日本的动画、游戏、漫画、音乐、铁道、cos等御宅文化被消灭。

就这样，在维持秩序的「SSC」维护下，御宅文化几乎消失殆尽。

为了夺回御宅文化，比任何人还深爱秋叶原以及御宅文化的「御宅英雄」，

以及崇拜他的3名魔法少女「安那其」、「Blue」、「Pink」举起反旗。

舞台为2011年的日本，秋叶原革命军与SSC首领「SHOBON」展开激战。

日俄战争结束后的1907年冬天，原隶属陆军第一师团士兵杉元佐一因服役期满退役。受了于1904年（明治37年）战死的同乡战友遗嘱“请治好我妻子的眼睛”之托，故而需要大量金钱的杉元，听闻北海道的河川充满沙金，便只身前往北海道淘金。在淘金时，杉元偶然听闻一起牵涉到约值八亿日圆的黄金劫案。

之后，杉元遭到熊攻击，在击退熊的过程中，结识了阿伊努族少女阿席莉帕，而阿席莉帕的父亲正是死于那起抢案的其中一人。为了探寻父亲身亡的真相，阿席莉帕同意与杉元共同行动：由自战争中生还的杉元负责战斗、因阿伊努信仰而不愿意杀人的阿席莉帕，则运用阿伊努人的智慧负责追踪与野外求生。这特别的二人组就此踏上追寻黄金的险恶之旅。