故事发生在一个与现代社会相近，但充斥着被称为“恶魔”的怪物横行的世界。恶魔是带着动植物、概念等所有事物的名称而诞生，超越人类智慧的怪物。人们认为该名称越是恐怖，恶魔的力量就越大。恶魔可以透过补充人类的血液维持力量和治愈伤势。占据人类尸体的恶魔称为“魔人”，虽有人类的外貌，但人格是恶魔，但有少数可保持理性的特例。恶魔猎人是指与恶魔缔结契约，以消灭恶魔为业的人，包括政府辖下的“公安对魔特异课”和民间的恶魔猎人。
故事大纲
贫困的少年电次为了偿还亡父留下的巨额债务和生计，与链锯恶魔波奇塔合作猎杀恶魔。某夜，电次遭到丧尸恶魔暗算并被肢解，濒死前，波奇塔自愿以契约的方式和电次的心脏结合，让他重获新生并拥有变身成链锯人的力量，代价是电次必须让波奇塔看到他的梦想。电次宰了债主后，被公安对魔特异课第4课收留，与早川秋和搭档帕瓦同住。
在脱离有一餐没一餐的日子后，电次开始思考自己的梦想。虽然电次的上司玛奇玛把电次当狗一样对待，但电次还是对她一见钟情，且特别想揉她的胸部。他在击败蝙蝠恶魔后，搭档帕瓦为了报答他而答应让他揉胸部，但电次却在揉完后感到空虚并陷入困境。在经玛奇玛指点后，电次了解到应该注重心灵上的交流，玛奇玛也和他约好只要打倒枪之恶魔就帮他实现愿望。枪之恶魔盯上了电次的心脏，前民间恶魔猎人泽渡茜便与它缔约，取得大量枪支后动用黑帮暗杀对魔特异课的成员。电次的多位同事因此阵亡，残存的成员被整并成一课，由玛奇玛统领。在玛奇玛派部下击溃黑帮后，也追查出枪之恶魔的动向。
虽然电次倾心于玛奇玛，但在他因避雨邂逅了于咖啡店打工的蕾洁后，心意一度动摇。然而蕾洁是枪之恶魔的同伴，在蕾洁表明自己只是想获得链锯的心脏，并使用炸弹恶魔的能力逼电次就范后，双方展开激战。电次获胜后相约与她远走高飞，但蕾洁却在与电次见面前被玛奇玛拦下并遭到杀害。在与蕾洁的战斗中，电次身为链锯人的身份透过新闻开始广为人知，各国恶魔猎人纷纷出动暗杀他。
为了保护电次，公安派出了大批人马，在与杀手的激战中死伤惨重，电次则中了杀手“圣诞老人”的暗算而倒地。圣诞老人等人召唤了地狱恶魔，将激战范围内的电次等人送进地狱。面对地狱中强大无比的黑暗恶魔，许多公安和杀手都惨遭杀害。圣诞老人因为完成与黑暗恶魔的契约——将链锯恶魔的心脏带给它，因而得到了黑暗恶魔力量，企图杀死玛奇玛。玛奇玛前往地狱将还活着的电次等人拉回人间，随后让电次与圣诞老人开战。经过一番苦战，电次成功消灭了圣诞老人，之后回归普通的日常生活，并照顾在战斗中身心受创的帕瓦。
公安准备对枪之恶魔发起讨伐，然而玛奇玛却告诉电次、秋和帕瓦，枪之恶魔早已被击败，如今它被分成好几个肉片由各个国家保管。此次行动名义上是讨伐枪之恶魔，实际上是为了抢夺其他国家的肉片，也就是国与国的战争。不久，秋透过签约的未来恶魔看见了未来——自己和帕瓦都将被电次所杀。为了改变未来，秋寻求玛奇玛的帮助，并愿意付出所有与她签定契约，只求电次和帕瓦幸福。结果玛奇玛“支配”了秋的存在，使用他和其他她支配的人一起迎击美国派来先发制人的枪之恶魔。
战斗告一段落后，在玛奇玛的设计下，变成枪之魔人的秋找到了电次，在回忆停留在过去的情况下无意识地攻击电次，电次不得已只能变成链锯杀了他。秋的死让电次濒临崩溃，于是使用当初与玛奇玛的约定（杀死枪之恶魔就帮他实现愿望），让自己变成玛奇玛的“狗”，服从她的指挥，如此一来就不用感到痛苦。然而契约成立后，玛奇玛随即杀了帕瓦，并揭露电次封闭的回忆——他童年时差点被酗酒的父亲所杀，结果为了自保就杀害了父亲——来摧毁电次的心智，使他彻底服从自己。
由公安岸边发动的讨伐玛奇玛行动随即开始，玛奇玛命令电次出击，使他转换成完全的链锯恶魔型态，瞬间摧毁了对方的战力。面对岸边的质问，玛奇玛坦白了自己的立场。链锯恶魔在因为濒死而转换成波奇塔型态之前，是只要有人呼救就会出动的“地狱的英雄”（不过呼救者是恶魔的话也会被链锯杀掉），其攻击力可和地狱的恶魔匹敌，还拥有强大的再生能力，更重要的是被其所吃的恶魔将会永远被抹除。而玛奇玛是链锯恶魔的崇拜者，身为与日本政府签约的“支配恶魔”，她希望能让链锯恶魔屈服，再支配着它将苦难消灭，创造人人幸福的世界。玛奇玛唤出以前和链锯恶魔激战过的存在以及支配的人围攻链锯恶魔，链锯恶魔因为民众的声援而弱化，最后被玛奇玛打败。
帕瓦凭借著电次生前喝下她的血液复活，将电次救走，虽然电次已无生存欲望，但帕瓦立下电次将来一定要重新去找转生后的她的契约，将血液都交给电次让他复活。复活后的电次在岸边的帮助下休养，并看到电视上大家的声援而振奋精神。电次变成链锯，只身前往墓地和玛奇玛对峙。玛奇玛带着大量她支配的人，以数量优势攻击电次。电次斩杀了玛奇玛手下的大将，但身负重伤。玛奇玛意图彻底打倒他，于是让他恢复再战斗，最后徒手挖出了波奇塔的心脏，宣告自己的胜利。然而她所战胜的链锯只是波奇塔变成的，维持人类状态的电次混在玛奇玛支配的公安里头，趁着这时用帕瓦血液制成的链锯砍杀玛奇玛。电次早已察觉，玛奇玛眼里一直就只有链锯恶魔，没有电次这个“人类”的存在，所以偷袭才能得手。
战斗结束后，电次将玛奇玛的身体烹煮后吃了下去，打算将她吸收来共担罪业。岸边将没有记忆的支配恶魔本体那由多从中国带回来，为了避免再次被日本政府利用，于是交给电次照顾。在梦境中，波奇塔告诉电次，自己的愿望是被人拥抱，但因为力量太过强大而难以实现，而电次已经帮它实现了，所以它希望电次也能实现支配恶魔的愿望——与人建立对等的关系。在波奇塔的建议下，电次抱着那由多沉沉睡去。故事的最后，电次进入高中就读，并继续担任铲除恶魔的链锯人。
故事发生在遥远的未来。由于人类过度开采地球资源，地球变得荒芜而不再适合人类居住。人类在寻找新能源时发现了“熔岩燃料”，但“熔岩燃料”的开采会吸引来半机械生命体“叫龙”(叫竜(きょりゅう))的攻击。为对抗叫龙，幸存的人类发明了人形战斗机甲“FranXX”，并将男孩和女孩训练成“操纵者”(パラサイト，Parasite)，配成一对共同驾驶 FRANXX 与叫龙作战。其中一名男孩广在过去被视为神童。但他在一次失败后变得无法驾驶 FRANXX，这让他失去生存的欲望，直到他遇见一位名叫“02”的女性操纵者。故事由此展开。
登场机体
第13都市部队
鹤望兰(ストレリチア，Strelizia)
广与02的FRANXX机体。头部有着尖角、以白色为主的机体。02单独驾驶的情况下会进入Stampede Mode的四足野兽型态。配有名为“Queen Pike”的巨型长矛。
鹤望兰·天燕(ストレリチア・アパス，Strelizia Apus)
鹤望兰的巨大FRANXX机体。
鹤望兰·真·天燕(ストレリチア・真・アパス，Strelizia True Apus)
鹤望兰变身02新娘的巨大FRANXX机体。
翠雀(デルフィニウム，Delphinium)
莓与五郎的FRANXX机体。持有两把剑型武器“Envy Shop”。
青葙(アルジェンティア，Argentea)
未来与揃目(纯位数)的FRANXX机体。配备爪型武器“Night Claw”，擅长以高速进行接近战。
金雀(ジェニスタ，Genista)
开始时由心与太操纵的FRANXX机体，后改由心与满驾驶。有着看似大衣的重装甲，配有名为“Rook Sparrow”的附刺刀重型火炮。心曾在单独驾驶的情况下进入过Stampede Mode的四足野兽型态，但只持续数秒就被满制止。
吊兰(クロロフィッツ，Chlorophytum)
开始时由生野(郁乃)与满操作的FRANXX机体，后改由生野与太驾驶。手臂上一对名为“Wing Spang”的部件足以令它飞行一段时间，内藏的高速机炮使它擅长打游击战和进行支援。
第13都市部队以外的机体
第26部队量产机(第26部隊量産機)
26部队的FRANXX机体。机身以黑色为基础，眼睛部位为护目镜式，和13部队的机体不同，无法呈现出表情。不过机体性能相当，以采取联合攻击为主。
九式(九式(きゅうしき))
9's部队的专用的白色FRANXX机体。与其他FRANXX机体不同，是由雄雌蕊都可以担任机体和负责操作。
用语
APE
由来源、身份不明的科学家组成，统治人类的机构。
黄血球(黄血球)
人造血球，身为驾驶者的孩子们的血液中特有的成分，是与FRANXX进行同调时必需的化学物质。
EXLIXIR注射(エリキシル注射)
对于体质较弱的孩子们进行的药剂注射。使其身为Parasite的适应性大幅提升，但有着只有15%生还率的副作用。
大人/小孩(オトナ/コドモ)
在这个世界上已经进化的人类，“孩子”们都被以编号(Code Number)称呼。
叫龙(叫竜(きょりゅう))
袭击人类的巨大生物们的总称。以体型大小分为最小型的康拉德级(Conrad)、约有FRANXX两倍大小的莫霍罗维奇级(Mohorovičić)，一般简称莫霍级(Moho)，和有着超大体型的古腾堡(Gutenberg)级，以及有古腾堡级数倍大小，力量足以掀翻生态堡的超雷曼级。就算是同级也有不同的姿态与能力。血液为蓝色，有着会向熔岩燃料产生的能量反应处聚集的特性，必须破坏体内的核心才能将其消灭。在FRANXX被开发出来之前，击破叫龙需要动用数枚核弹才行。
实际上是叫龙人所制造、用来对抗VIRM的生物兵器。
Stampede Mode(スタンピード・モード)
指FRANXX脱离操纵者的控制，变形、暴走状态的情况。
第13生态堡“樱”(第13プランテーション「セラスス」，Plantation Cerasus)
主人公们所属的第13部队被分配到的生态堡(Plantation)。由于02正式配属至此处，所以被列入特别观察的对象之中。
于第15话大裂口攻略战中，在山脉型叫龙的强袭、西瓜虫型叫龙们的入侵、巨臂型叫龙的镇压下，陷入半毁坏的地步。
第26生态堡“菊”(第26プランテーション「クリサンセマム」，Plantation Coleostephus)
与“樱”连接的生态堡。第15话大裂口攻略战中被突然从正下方蹦出了山脉型叫龙击沉。
寄生植物(パラサイト，Parasite)
FRANXX的搭乘、操纵者们的总称。年纪都在十几岁左右，只会给予战斗所需的情报与资料，除此之外的事项皆为封锁状态，操纵者会给予编号互相称呼，在作息时间与活动空间都有着严格的管制。只有13都市部队成员是因为广的提议与命名才有了各自的名字。
雌蕊/雄蕊(ピスティル/ステイメン，Pistil/Stamen)
FRANXX的女性操纵者被称为雌蕊(Pistil)，男性被称为雄蕊(Stamen)。
FRANXX(フランクス)
人类为了对抗叫龙所制作的机器人兵器。
其运动性能与可施展的动作完全依照雌蕊的身体状态而定，在受创时对雌蕊会产生幻痛，受创严重的话会导致雌蕊昏厥使机体性能停止。必须要在雄蕊与雌蕊互相信赖的情况下才能发挥出机体真正的性能。
已知在搭乘的情况下会造成驾驶员的老化，如未来在大裂缝作战后就有头发发根开始变白的情况发生，若是一次大量使用机体的能量，就会像生野(郁乃)那样瞬间白头。
试作型的FRANXX为单人驾驶模式，由于当时大人的驾驶员已失去生殖能力而无法满足启动机体的需求，才需要投入具有黄血球、拥有生殖能力的孩子们驾驶，并改成现在的双人驾驶模式。
正极性脉冲/负极性脉冲(ポジティブパルス/ネガティブパルス，Positive Pulse/Negative Pulse)
搭乘FRANXX时，两名操纵者之间必须同调，为此称之为两人(操纵者)所发出的信号。
米斯特尔汀(ミストルティン，Misteltein)
通称“鸟笼”。种植园(Plantation)内“孩子”们所生活的区域。
魔物与王子殿下(まものと王子様)
02在年幼时所获得的绘本，而她亦在此学懂“Darling”一词。
绘本内容讲述身为魔物的公主希望与人类王子结婚，公主之后找到魔女并求她将自己变为人类，但时限一到公主便会打回原型，必须杀掉王子才能维持人类外表，最终公主不忍而毅然离去。
叫龙人(叫竜人(きょりゅうじん))
于本作故事开始前的6000万年前的太古时代，与来自宇宙的侵略者VIRM交战、和现在的人类有着完全不同的文明的古代种族。
VIRM(VIRM(ビルム))
来自宇宙的侵略者，被叫龙公主称为“真正的敌人”而一直警戒着。
要求宇宙中其他生命体舍弃肉体并与他们加以同化的侵略者，不从者就会对其展开全面战争。对于人类意见保持中立的态度
平凡的中学二年级少年影山茂夫，因其微弱的存在感而遭人戏称为“路人”，但不起眼的他其实是强大的天生超能力者。历经每一次的成长，路人开始认为自己的超能力是危险的存在，为了不让超能力失控，路人一直在无意识的情形下压抑著自己的情感。虽然只想平凡的度过每一天，但各种麻烦却接二连三找上他，随着被压抑的情感在内心一点点膨胀，路人体内积累的力量也蠢蠢欲动。
在其心灵导师灵幻新隆的辅导下尝试与自己的力量共存，然而环绕着其超能力，他逐渐认识其他的超能力者、恶灵、各种组织，而周围的人和势力也因为他空前的力量不断地卷入受伤害又得到救赎，在力量和感情的冲突中，他逐渐学会如何和自己的超能力相处，并必须开始在闭锁情绪和能力的选择外，思量如何在危险的世界当中，善用自己的力量与人们共存。