在十五年之后其中一个可能的将来﹐拉克利马时空界(ラクリマ時空界)和香格里拉时空界(シャングリラ時空界)之间发生了一场残酷的斗争。拉克利马时空界是我们当前所处时空十五年后未来的可能性之一。在拉克利马时空界中地面荒废﹐人们不可避免地转入地下生活。香格里拉时空界则是旨在摧毁所有时空的十五年后的另一个未来。虽然拉克利马时空界的龙骑兵们具有超常的战斗力﹐把从香格里拉送来的兵器游击艇击破。但拉克利马时空界明显处于劣势。因此拉克利马的龙骑兵奉命寻找一种被称为“龙之转矩”(龍のトルク)的神秘物件﹐而“龙之转矩”是可以制止香格里拉入侵的关键。

现在是夏天。住在函馆的小学6年生上乃木遥享受着和朋友一起的剩余时间不多的小学生活，她唯一放心不下的是准备中学试验被母亲强制督促在家学习，精神承受压力的幼年伙伴后藤优的事情。然而就在遥的面前出现了几名身披黑色斗篷的人，他们是来自拉克利马的龙骑兵。他们称遥为“龙之转矩”并且以她为目标。其中的一个人叫鸦，是15年后在拉克利马时空界的优。

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皇历2017年，超级大国“不列颠帝国”(Britannia)朝著称霸世界的目标，征服了世界近3分之1的版图。此时，7年前被改称“11区”的日本出现了动乱，牵动了世界对抗不列颠帝国的斗心。

帝国早前与统领部分欧洲和非洲势力的E.U.达成停战协议。由于动乱出现，和平关系都随之破裂，不过在强硬的军事侵略下，E.U.并没有在战事中得到优势。一群“11区”的少年少女决定加入这场地狱战线，驾驶Knightmare参与这个目标及原因未明、战胜率只有5%的大战……

第一章《飞龙降临》

2017年，超级大国“不列颠尼亚帝国”(Britannia)朝着称霸世界的目标，征服了世界近三分之一的版图。此时，2010年被改称“11区”的日本出现了动乱，牵动了世界对抗不列颠尼亚帝国的斗心。

帝国早前与统领部分欧洲和非洲势力的E.U.达成停战协议。由于动乱出现，和平关系都随之破裂，不过在强硬的军事侵略下，E.U.并没有在战事中得到优势。一群“11区”的少年少女决定加入这场地狱战线，驾驶Knightmare参与这个目标及原因未明、战胜率只有5%、生还率为0的大战……

第二章《折翼飞龙》

皇历2017年(革命历228年)、不列颠尼亚与欧洲共和国联盟(E.U.)的战争还在持续。身处劣势的E.U.军将11区――在不列颠尼亚占领之下亡国的日本人――集结起来设定特殊部队、“wZERO队”

E.U.军向wZERO队发出了新的命令——让他们空降敌阵诈攻。这项命令太过残酷，队长蕾拉之下包括这几位队员：身为wZERO的驾驶员，同时也是在之前的战役中唯一的存活者日向瑛斗。从11区的管制区逃出，在社会阴影下生活过来的佐山流。成濑幸也，以及香坂绫乃，共计四人。这四个队员各怀心事，作战就在这样的情况下开始了。

另一边，不列颠尼亚。曾使用GEASS的力量让自己的长官自尽的真·日向·夏英格被如愿任命为圣米迦勒骑士团的总帅。他为了实在自己的野心而一步一步地推进计划。信·修加与其属下阿修罗队接到了出动命令。

为了战斗而生存下去的人，为了生存而战斗下去的人。在残酷的前线，日向瑛斗发挥出了自己令人恐惧的潜在力量，赶赴战场的真·日向·夏英格感觉到了日向瑛斗的存在。

第三章《辉芒陨落》

革命历228年，不列颠尼亚与欧洲共和国联盟(E.U.)的战争进入白热化阶段。EU本土因不列颠尼亚军师朱利叶斯·金斯利的计策而濒临崩溃。

长久以来，埋伏于暗处的真·日向·夏英格，如愿走向血腥舞台的最中间。

第四章《憎恨记忆》

革命历228年，欧洲共和国联盟(E.U.)因不列颠尼亚军师朱利叶斯·金斯利的计策而濒临崩溃。

为阻止不列颠尼亚的进攻，阿基德等人驾驶亚历山大空降奇袭不列颠尼亚的飞行兵器，并在当中与无人机激烈交战。一心想要为同伴约翰尼报仇的阿修雷·阿修罗早已埋伏于此，与阿基德、佐山流等发生战斗，最终因阿基德的Geass导致自己的红色knightmare被毁。当阿基德将要杀死阿修罗时，幸也、绫乃等通过脑电波阻止了阿基德。只是，在这个时候，安排在飞行兵器中的定时炸弹，也倒计时结束了…… 

夏英格亲自率领的圣米迦勒骑士团，以摧枯拉朽的强大攻击力荡平城中的守备力量。另一方面，E.U.东部前线部队撤退以及内部政客自乱阵脚，致令联盟发生毁灭性的动荡。

最终章《致我所爱》

信暴走的Geass。阿基德决心和哥哥进行最后的战斗。由于成濑幸也放出了的炸弹，不列颠军减少到了三分之一，不过包围了的wZERO部队处于压倒性地不利的状况的事实不变。在那里身为敌人的阿修雷作为新的朋友加入。在最后一场战斗之前，阿基德把自己的头发剪掉交给了蕾拉。

「今度の戦いでもし死んで、死体も残らなかったら……これを」

レイラはアキトを见つめる。

「私はもっとアキトと话したいことがあるのです。だから……必ずみんなと一绪にここへ帰ってきてください」

人的心结合在一起的时候，命运的秘密就会展现。

真相所示的未来究竟是希望还是绝望?命运的斗争终于迎来了结局